Dergiler / Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi / 2017 / Cilt: 7 - Sayı: 3

Salda Gölü Prokaryotik Çeşitliliğinin Yeni Nesil Dizileme Yöntemiyle Belirlenmesi

Determination Of Prokaryotic Diversity Of Salda Lake By Next Generation Sequencing Method

Sayfa
99–106
Yayın Tarihi
2017-09-30
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Halobacteriasınıfının Halobacterialaes ordosu Halobacteriaceae familyasının Haloarcula, Halobacterium, Halonotius,Halorhabdus, Halorubrum ve Haloplanus cinsi üyeleri de baskın olarak bulunmaktadır

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Çalışmada Salda Gölü’nden örnekleme yapılmış ve örnek için pH ve tuzluluk değerleri belirlenmiştir.Sonrasında örnekler fltreden geçirilerek, bu fltrelerden DNA ekstraksiyonu işlemi yapılmıştır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Analiz sonrası eldeedilen veriler değerlendirildiğinde en baskın bulunan Bacteria flumlarının Proteobacteria ve Actinobacteria olduğubelirlenmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Halobacteriasınıfının Halobacterialaes ordosu Halobacteriaceae familyasının Haloarcula, Halobacterium, Halonotius,Halorhabdus, Halorubrum ve Haloplanus cinsi üyeleri de baskın olarak bulunmaktadır
🔬Tür:Uygulamalı Anket & Alan Araştırması
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alkaliflik · prokaryotik çeşitlilik · Salda Gölü

Özet

Çalışmada Salda Gölü’nden örnekleme yapılmış ve örnek için pH ve tuzluluk değerleri belirlenmiştir.Sonrasında örnekler fltreden geçirilerek, bu fltrelerden DNA ekstraksiyonu işlemi yapılmıştır. Elde edilen DNAIllumina MiSeq dizileme sistemiyle dizilenmiş ve veriler QIIME Programı ile analiz edilmiştir. Analiz sonrası eldeedilen veriler değerlendirildiğinde en baskın bulunan Bacteria flumlarının Proteobacteria ve Actinobacteria olduğubelirlenmiştir. Sınıf düzeyinde ise Gammaproteobacteria, Acidimicrobia ve Actinobacteria baskındır. Ordo düzeyindeise Enterobacteriales, Acidimicrobiales, Actinobacteriales baskındır. Archaea domaini değerlendirildiğinde iseEuryarchaeota flumunun baskın olduğu belirlenmiştir. Sınıf düzeyinde Halobacteria üyeleri baskındır. Halobacteriasınıfının Halobacterialaes ordosu Halobacteriaceae familyasının Haloarcula, Halobacterium, Halonotius,Halorhabdus, Halorubrum ve Haloplanus cinsi üyeleri de baskın olarak bulunmaktadır

Abstract

In our study, water sample was taken from Salda Lake and the pH and salinity data for the samplewere determined. After that, samples were fltered and DNA extraction was performed. The obtained DNA wassequenced by the Illumina MiSeq sequencing system and data was analyzed by the QIIME program. When thedata obtained after the analysis were evaluated, it was determined that the most dominant bacterial phyla areProteobacteria and Actinobacteria. At class level, Gammaproteobacteria, Acidimicrobia and Actinobacteria weredominant. In order level Enterobacteriales, Acidimicrobiales, Actinobacteriales were abundant. When the Archaeadomain was evaluated it was determined that the Euryarchaeota phylum was dominant. Halobacteria memberswere abundant at the class level. In addition Halobacteria class, Halobacteriales order, Halobacteriaceae familyincludes Haloarcula, Halobacterium, Halonotius, Halorhabdus, Halorubrum and Haloplanus genus members

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

POYRAZ, N., MUTLU, M. B. (2017). Salda Gölü Prokaryotik Çeşitliliğinin Yeni Nesil Dizileme Yöntemiyle Belirlenmesi. Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Cilt: 7 - Sayı: 3, 99–106. https://ajindex.com/articles/257070

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (7)

  1. Antony CP, Murrell JC, Shouche YS, 2012. Molecular diversity of methanogens and identification of Methanolobus sp. as active methylotrophic Archaea in Lonar crater lake sediments. FEMS microbiology ecology, 81(1): 43-51.
  2. Asao M, Pinkart HC, Madigan MT, 2011. Diversity of extremophilic purple phototrophic bacteria in Soap Lake, a Central Washington (USA) Soda Lake. Environmental microbiology, 13(8): 2146-2157. Belkova N and Matyugina E, 2014. Vertical distribution of bacteria in Doroninskoe lake (Zabaikalie, Russia): Paradigm of Dominance. Acta Geologica Sinica (English Edition), 88(1): 53-55. Bent SJ, and Forney LJ, 2008. The tragedy of the uncommon: understanding limitations in the analysis of microbial diversity. The ISME journal, 2(7): 689-695. Bowman JP, 2014. The Family Cryomorphaceae. The Prokaryotes. Springer, Berlin Heidelberg. 1028p. Braithwaite CJR and Zedef V, 1996. Hydromagnesite stromatolites and sediments in an alkaline lake, Salda Golu, Turkey. Journal of Sedimentary Research, 66(5): 991-1002.
  3. Burns DG, Janssen PH, Itoh T, Kamekura M, Echigo A, and Dyall-Smith ML, 2010. Halonotius pteroides gen. nov., sp. nov., an extremely halophilic archaeon recovered from a saltern crystallizer. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 60(5): 1196-1199. Cabral JP, 2010. Water microbiology. Bacterial pathogens and water. International journal of environmental research and public health, 7(10): 3657-3703.
  4. Caporaso JG, Bittinger K, Bushman FD, DeSantis TZ, Andersen GL and Knight R, 2010a. PyNAST: a flexibletool for aligning sequences to a template alignment. Bioinformatics, 26: 266–267.
  5. Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, Costello EK, Fierer N, Peña AG, Goodrich JK, Gordon JI, Huttley GA, Kelley ST, Knights D, Koenig JE, Ley RE, Lozupone CA, McDonald D, Muegge BD, Pirrung M, Reeder J, Sevinsky JR, Turnbaugh PJ, Walters WA, Widmann J, Yatsunenko T, Zaneveld J, Knight R. 2010b. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data, Nature methods, 7(5): 335-336.
  6. Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Lozupone CA, Turnbaugh PJ, Fierer N, Knight R. 2011. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proceedings of the National Academy of Sciences, 108: 4516-4522.
  7. Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Huntley J, Fierer N, Owens SM, Betley J, Fraser L, Bauer M, Gormley N, Gilbert JA, Smith G, Knight R, 2012. Ultra-high-throughput micro