Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar
AI Insightİncelenen molekülün hedef moleküllerdeki 3D kenetlenmiş yapıları ve ligand reseptör komplekslerinin etkileşime giren grupları hesaplanmış ve şekillerde gösterilmiştir.
📌 3 Maddede Bu Makale
Özet
N-[2-(3-Metiltiyo(1,2,4-tiyadiazol-5-yltiyo))asetil]benzamid molekülünün (C12H11N3O2S3) en kararlı yapısı yarı deneysel AM1 hesaplamaları kullanılarak konformasyon analizi ile belirlenmiştir. Elde edilen en kararlı konformasyon, moleküler kenetlenme analizinde N-[2-(3-Metiltiyo(1,2,4-tiyadiazol-5-yltiyo))asetil]benzamid molekülünün başlangıç verisi olarak kullanılmıştır. Bu molekülün DNA ve hedef protein α5β1 integrini ile yapılan moleküler kenetlenme çalışmaları sonucunda bağlanma afiniteleri sırasıyla ΔG = -7.4 ve -7.7 kcal/mol olarak bulunmuştur. Antikanser çalışmalarda önemli rol oynayan hedef protein integrin ve DNA'nın bağlanma bölgeleri ve ligand-integrin ve ligand-DNA komplekslerinin etkileşimleri belirlenmiştir. İncelenen molekülün hedef moleküllerdeki 3D kenetlenmiş yapıları ve ligand reseptör komplekslerinin etkileşime giren grupları hesaplanmış ve şekillerde gösterilmiştir.
Abstract
The most stable structure of the N-[2-(3-Methylthio(1,2,4-thiadiazol-5-ylthio))acetyl] benzamide molecule (C12H11N3O2S3) have been determined by conformational analyses using semi-experimental AM1 calculations. The obtained most stable conformation has been used as the initial data of N-[2-(3-Methylthio(1,2,4-thiadiazol-5-ylthio))acetyl] benzamide in molecular docking analysis. Molecular docking studies of the title molecule with DNA and target protein α5β1 integrin revealed the binding affinities as ΔG = -7.4 and -7.7 kcal/mol, respectively. The binding sites of the target protein integrin and DNA and the interactions of the ligand-integrin and ligand-DNA complexes have been determined, which play an important role in anticancer studies. The 3D docked structures of the investigated molecule in target molecules and the interacted groups of ligand receptor complexes were calculated and shown in figures.