Dergiler / Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi / 2021 / Cilt: 11 - Sayı: 3

Bitki Patojeni Fungusların Tespitinde Polimeraz Zincir Reaksiyonu’na Dayalı Bazı Moleküler Teknikler

Some Molecular Techniques Based on Polymerase Chain Reaction in Detection of Plant Pathogen Fungi

Sayfa
1831–1845
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bitki patojeni fungusların neden olduğu ekonomik kayıpları azaltmak amacıyla fitopatolojik çalışmalarda moleküler yöntemlerin daha etkin kullanılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Kültür bitkilerinde ciddi kayıplara neden olan hastalık etmenleri içerisinde bitki patojeni funguslar önemli bir grubu oluşturmaktadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu patojenlere karşı etkin mücadele yöntemlerinin geliştirilmesi ve neden oldukları ürün kayıplarının en aza indirilmesi için doğru ve hızlı bir şekilde tespit edilmesi en önemli adımdır.
💡
Sonuç & Katkı:Bitki patojeni fungusların neden olduğu ekonomik kayıpları azaltmak amacıyla fitopatolojik çalışmalarda moleküler yöntemlerin daha etkin kullanılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Fungal patojenler · LAMP · (MCH)-PCR

Özet

Kültür bitkilerinde ciddi kayıplara neden olan hastalık etmenleri içerisinde bitki patojeni funguslar önemli bir grubu oluşturmaktadır. Bu patojenlere karşı etkin mücadele yöntemlerinin geliştirilmesi ve neden oldukları ürün kayıplarının en aza indirilmesi için doğru ve hızlı bir şekilde tespit edilmesi en önemli adımdır. Bu kapsamda fungal patojenlerin klasik tespitinde kullanılan morfolojik karakterlere dayalı yöntemler değişkenlik göstermekle birlikte uzun zaman almakta ve taksonomik açıdan deneyimli personel gerektirmektedir. Bu nedenle bitki patojenlerinin tespiti için çok sayıda moleküler teknik geliştirilmiş ve epidemiyolojik çalışmalarda, karantina uygulamalarında, tohum sertifikasyonunda, ıslah programlarında ve fungisit direnci tespitinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada da bitki patojeni fungusların tespitinde yaygın olarak kullanılan polimeraz zincir reaksiyonuna dayalı bazı moleküler teknikler (Loop aracılı izotermal amlifikasyon, manyetik yakalama hibridizasyon, floresan in situ hibridizasyon, yeni nesil dizileme, Real Time PCR) hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır. Bitki patojeni fungusların neden olduğu ekonomik kayıpları azaltmak amacıyla fitopatolojik çalışmalarda moleküler yöntemlerin daha etkin kullanılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Abstract

Fungi are an important group of plant pathogens and cause devastating losses in cultivated plants. Accurate and early detection of plant pathogens is the first important step for reducing yield losses caused by the pathogens and developing the effective disease control methods. The characteristics used in classical identification of fungal pathogens are very variable and these methods based on the morphological characteristics are time consuming and require taxonomical expertise. Thus, many molecular techniques have been developed for the identification of determination of plant pathogens and used widely in surveys, epidemiological studies, plant quarantine, seed certification, breeding programs, and fungicide resistance. The aim of this study was to provide detailed information about routinely used developed molecular techniques based on PCR (loop mediated isothermal amplification, magnetic capture hybridization, fluorescent in situ hybridization, next genaration sequencing, Real-time PCR i.e.) in identification and determination of plant pathogen fungi. These results will contribute to the more effective use of these molecular methods in phytopathological studies and the development of innovative methods for reducing economic losses caused by plant pathogenic fungi.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

BAYRAKTAR, H., ÖZER, G., PALACIOĞLU, G. (2022). Bitki Patojeni Fungusların Tespitinde Polimeraz Zincir Reaksiyonu’na Dayalı Bazı Moleküler Teknikler. Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Cilt: 11 - Sayı: 3, 1831–1845. https://ajindex.com/articles/524557

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (6)

  1. Adams IP, Glover RH, Monger WA, Mumford R, Jackeviciene E, Navalinskiene M, Boonham N, 2009. Next‐Generation Sequencing and Metagenomic Analysis: A Universal Diagnostic Tool in Plant Virology. Molecular Plant Pathology, 10 (4): 537-545.
  2. Amann R, Glöckner FO, Neef A, 1997. Modern Methods in Subsurface Microbiology: in Situ Identification of Microorganisms with Nucleic Acid Probes. FEMS Microbiology Reviews, 20 (3-4): 191-200. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.1997.tb00308.x. Amann RI, 1995. In Situ Identification of Micro-Organisms by Whole Cell Hybridization with rRNA-Targeted Nucleic Acid Probes. In: Akkermans A.D.L., Van Elsas J.D., De Bruijn F.J. (eds) Molecular Microbial Ecology Manual. 331-345.
  3. Springer, Dordrecht. https://doi.org/10.1007/978-94-011-0351-0_23.
  4. Amann, R, Fuchs BM, 2008. Single-cell Identification in Microbial Communities by Improved Fluorescence in Situ Hybridization Techniques. Nature Reviews Microbiology, 6 (5): 339-348. Anonim, 2014.
  5. Real-time PCR Handbook, Life Technologies, https://www.gene-quantification.de/real-time-pcr-handbook-life-technologies-update-flr.pdf. (Erişim Tarihi: 29.01.2020). Anonim, 2016. Real-Time PCR Applications Guide. https://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literatüre /Bulletin_5279.pdf. (Erişim Tarihi: 29.02.2020). Anonim, 2020a. Scorpions® Primers and Probes. https://www.biosyn.com/scorpions-primers.aspx (Erişim Tarihi: 28.03.2020). Anonim, 2020b. Dual-Labeled Probes. https://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/articles/biology/ dual-labeled-probes.html (Erişim Tarihi: 27.03.2020). Anonim, 2020c. Fluorescence in Situ hybridization (FISH). https://www.genome.gov/genetics-glossary/ Fluorescence-In-Situ-Hybridization (Erişim Tarihi: 29.03.2020). Anonim, 2020d. Illumina dye sequencing. https://en.wikipedia.org/wiki/Illumina_dye_sequencing (Erişim Tarihi: 25.02.2020). Anonim, 2020e. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (Erişim Tarihi: 25.02.2020). Anonim, 2020f. Transcriptome and analysis of gene transcription. https://slideplayer.com/slide/5880309/ (Erişim Tarihi: 25.02.2020). Anonim 2021. Oxford Nanopore Technologies. https://nanoporetech.com/applications/dna-nanopore-sequencing (Erişim Tarihi: 01.04.2021).
  6. Arnoldi J, Schlüter C, Duchrow M, Hübner L, Ernst M, Teske A, Flad HD, Gerdes J, Böttger EC, 1992. Species-Specific Assessment of Mycobacterium Leprae in Skin Biopsies by in Situ Hybridization and Polymerase Chain Reaction. Laboratory İnvestigation; a Journal of Technical Methods and Pathology, 66 (5):