AI Summary & Key Takeaways
AI InsightHowever, the edge going from central node to Yarrowia lipolytica TEM YL 19 has a weight of 0.0825 and the thickest structure.Conclusion: Thus network analysis show that phylogenetic relationship between close strain and subspecies can be confirmed and also the out-group in this phylogenetic tree is unnecessary due to the negligible change in the average weighted degree and its some statistical computations.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Aim: The objectives of this study are, first, to investigate a star network analysis of phylogenetic trees of identified Y. lipolytica strains with or without one out-group, and secondly, to show the redundancy of the out-groups in phylogenetic tree.Material and Methods: In this study we used 22 Yarrowia lipolytica strains which were identified with sequencing of D1/D2 domain of 26S rDNA region, two phylogenetic trees were reconstructed by the neighbor joining method including an out-group or not. The starlike weighted network analysis of these two phylogenetic trees was investigated.Results: The adjacency matrix formalism of our weighted phylogenetic network with the outgroup looks like a directed star graph adjacency matrix. The lowest weight is the edge from the central node to Candida sake out-group (0.00008) corresponding to the narrowest edge. However, the edge going from central node to Yarrowia lipolytica TEM YL 19 has a weight of 0.0825 and the thickest structure.Conclusion: Thus network analysis show that phylogenetic relationship between close strain and subspecies can be confirmed and also the out-group in this phylogenetic tree is unnecessary due to the negligible change in the average weighted degree and its some statistical computations.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amaçları, öncelikle dış-grup içeren ve içermeyen tanısı yapılmış Y. lipolytica suşlarının filogenetik ağaçlarının yıldız ağ analizidir. İkinci olarak filogenetik ağaçlardaki out-grupların önemsizliğinin gösterilmesidir.Materyal ve metotlar: Bu çalışmada 26S rDNA bölgesinin D1/D2 domainlerinin sekanslanmasıyla tanılanmış olan 22 Yarrowia lipolytica suşları kullanılmış ve dış-grup içeren ve içermeyen iki filogenetik ağaç neighbor joining yöntemi ile oluşturulmuştur. Bu iki filogenetik ağacın ağırlıklandırılmış yıldız ağ analizi incelenmiştir.Bulgular: Dış-grup içeren ağırlıklandırılmış filogenetik ağımızın bitişiklik matris ifadesi yönelimli bir yıldız şekilli bitişiklik matrisi ifadesine benzemektedir. En küçük ağırlık en ince hatta karşılık gelen, merkezi düğümden Candida sake dış-grubuna gelen hattır (0.00008). Bununla birlikte, merkezi düğümden Yarrowia lipolytica TEM YL 19 düğümüne giden hattın ağırlığı 0.0825 olup en kalın yapıyı teşkil eder.Sonuç: Ağ analizi, yakın suşlar ve alt türler arasındaki filogenetik ilişki doğrulanmıştır ve bu filogenetik ağaçlardaki dış-grup, ağırlıklandırılmış ortalama derecesinde göz ardı edilebilir değişiklikten ve bu nicelik üzerinden yapılan bazı istatistiksel hesaplamalardan dolayı gerekli değildir.