SavedAdd your journal

Journals / Turkish Journal of Pharmaceutical Sciences / 2021 / Cilt: 18 - Sayı: 2

Ofloksasin Stresi Altında Escherichia coli’nin Karşılaştırmalı Proteomik Analizi

Comparative Proteomic Analysis of Escherichia coli Under Ofloxacin Stress

Engin KOÇAK
Ceren KOÇAK
Pages
21–26
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

Ayrıca, proteomik analizler E. coli’nin farklı biyolojik prosesler ile direnç mekanizması geliştirdiğini göstermiştir.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:Amaç: Bu çalışmada ofloksasinin etki mekanizmasına karşı yanıt olarak Escherichia coli proteinlerinde görülen değikliklerin belirlenmesi ve E. coli’deki oflotoksin direnç mekanizmalarının değerlendirilmesi için proteomiks kullanılmıştır.
📊
Key Findings & Data:İşlevsel sınıflandırma ve yolak analizi oflotoksinin E. coli’nin proteome yapısına sistematik bir etkisinin olduğunu göstermiştir.
💡
Conclusion & Impact:Ayrıca, proteomik analizler E. coli’nin farklı biyolojik prosesler ile direnç mekanizması geliştirdiğini göstermiştir.
🔬Design:Research Article
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Domain Parameters

Abstract

Amaç: Bu çalışmada ofloksasinin etki mekanizmasına karşı yanıt olarak Escherichia coli proteinlerinde görülen değikliklerin belirlenmesi ve E. coli’deki oflotoksin direnç mekanizmalarının değerlendirilmesi için proteomiks kullanılmıştır. Gereç ve Yöntemler: E. coli’nin proteomik analizi sıvı kromatografisi/kuadrupol uçuş zamanlı kütle spektroskopisi kullanarak gerçekleştirilmiş ve sonrasında veri prosesleme aşaması MaxQuant kullanarak yapılmıştır. İşlevsel sınıflandırma ve yolak analizi oflotoksinin E. coli’nin proteome yapısına sistematik bir etkisinin olduğunu göstermiştir. Bulgular: Çalışmada 649 tane sıklıkla rastlanan proteinin yapısı oflotoksin ile muamele edilen ve edilmeyen gruplarda belirlenirken, 98 proteinin oflotoksin ile muamele gören grupta belirgin derecede farklı olduğunu göstermiştir. İşlevsel sınıflandırma ve yolak analizi oflotoksinin ribosomal prosesler, enerji yolakları (trikarboksilik asit siklusu ve glikoliz), membran proteinleri, mikrobiyal hedefler ve biofilm oluşumu üzerine sistematik bir etkisinin olduğunu göstermiştir. Sonuç: Bu sonuçlar ofloksasinin birçok hücresel prosesi ve yolağı etkilediğini göstermiştir. Ayrıca, proteomik analizler E. coli’nin farklı biyolojik prosesler ile direnç mekanizması geliştirdiğini göstermiştir.

Özet

Objectives: In the present study, proteomics was utilized to evaluate changes in Escherichia coli proteins in response to ofloxacin to understand the mechanism of action of ofloxacin and the mechanisms of ofloxacin resistance in E. coli. Materials and Methods: Proteomics analysis of E. coli was performed by using liquid chromatography quadrupole time-of-flight mass spectrometry followed by a data processing step using MaxQuant. Functional classification and pathway analysis showed a systematic effect of ofloxacin over E. coli proteome structure. Results: In total, 649 common proteins were identified in the untreated and ofloxacin-treated groups, while 98 proteins were significantly different in the ofloxacin-treated group. Functional classification and pathway analysis showed that ofloxacin has a systematic effect over ribosomal processes, energy pathways (tricarboxylic acid cycle and glycolysis), membrane proteins, microbial targets, and biofilm formation. Conclusion: The results showed that ofloxacin affected many cellular processes and pathways. In addition, proteomic analysis revealed that E. coli develops resistance mechanism with different biological processes

🔖

Cite This Article

KOÇAK, E., KOÇAK, C. (2021). Ofloksasin Stresi Altında Escherichia coli’nin Karşılaştırmalı Proteomik Analizi. Turkish Journal of Pharmaceutical Sciences, Cilt: 18 - Sayı: 2, 21–26. https://ajindex.com/articles/404069

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (4)

  1. Golkar Z, Bagasra O, Pace DG. Bacteriophage therapy: a potential solution for the antibiotic resistance crisis. J Infect Dev Ctries. 2014;8:129-136. Ventola CL. The antibiotic resistance crisis: part 1: causes and threats. P T. 2015;40:277-283.
  2. Munita JM, Arias CA. Mechanisms of Antibiotic Resistance. Microbiol Spectr. 2016;4. Cohen A, Bont L, Engelhard D, Moore E, Fernández D, KreisbergGreenblatt R, Oved K, Eden E, Hays JP. A multifaceted ‘omics’ approach for addressing the challenge of antimicrobial resistance. Future Microbiol. 2015;10:365-376.
  3. Vranakis I, Goniotakis I, Psaroulaki A, Sandalakis V, Tselentis Y, Gevaert K, Tsiotis G. Proteome studies of bacterial antibiotic resistance mechanisms. J Proteomics. 2014;97:88-99. Pérez-Llarena FJ, Bou G. Proteomics as a tool for studying bacterial virulence and antimicrobial resistance. Front Microbiol. 2016;7:410. Lima TB, Pinto MF, Ribeiro SM, de Lima LA, Viana JC, Gomes Júnior N, de Souza Cândido E, Dias SC, Franco OL. Bacterial resistance mechanism: what proteomics can elucidate. FASEB J. 2013;27:1291-1303. Blondeau JM. Fluoroquinolones: mechanism of action, classification, and development of resistance. Surv Ophthalmol. 2004;49(Suppl 2):S73-S78. Hooper DC. Mechanisms of action of antimicrobials: focus on fluoroquinolones. Clin Infect Dis. 2001;32(Suppl 1):S9-S15. Liu X, Zhang H, Li L, Fu C, Tu C, Huang Y, Wu L, Tang J, Luo Y, Christie P. Levels, distributions and sources of veterinary antibiotics in the sediments of the Bohai Sea in China and surrounding estuaries. Mar Pollut Bull. 2016;109:597-602.
  4. Zhao S, Liu X, Cheng D, Liu G, Liang B, Cui B, Bai J. Temporal-spatial variation and partitioning prediction of antibiotics in surface water and sediments from the intertidal zones of the Yellow River Delta, China. Sci Total Environ. 2016;569-570:1350-1358. CLSI. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically; approved standard. 10th ed. CLSI document M07-A10.: Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standards Institute; 2015. EUCAST. Recommendations for MIC determination of colistin ( polymyxin E ) As recommended by the joint CLSI-EUCAST Polymyxin Breakpoints Working Group. 2016. Available from: http://www. bioconnections.co.uk/files/merlin/Recommendations_for_MIC_ determination_of_colistin_March_2016.pdf Lin XM, Yang JN, Peng XX, Li H. A novel negative regulation mechanism of bacterial outer membrane proteins in response to antibiotic resistance. J Proteome Res. 2010;9: