Journals / Bitki Koruma Bülteni / 2016 / Cilt: 56 - Sayı: 1

Comparison of DAS-ELISA and RT-PCR methods for the diagnosis of grapevine viruses

Asma virüslerinin tanılanmasında DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemlerinin duyarlılıklarının karşılaştırılması

Pages
1–14
Publication Date
2016-03-31
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

DAS-ELISA test results showed that the plants were infected with GFkV, ArMV, GLRV 1, 2, 3 and 4-9 viruses.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:The present study was conducted to compare the sensibility of different methods (DAS-ELISA and RT-PCR) which are used to detect the agents of viral diseases in grapevine.
📊
Key Findings & Data:Purposive sampling was done in vineyards in Manisa and İzmir provinces and a total of 50 samples were taken from grapevines showing virus symptoms.
💡
Conclusion & Impact:DAS-ELISA test results showed that the plants were infected with GFkV, ArMV, GLRV 1, 2, 3 and 4-9 viruses.
🔬Design:Research Article
📍Scope:50 samples
⚙️Variables:Asma · virüs · DAS-ELISA

Abstract

The present study was conducted to compare the sensibility of different methods (DAS-ELISA and RT-PCR) which are used to detect the agents of viral diseases in grapevine. Purposive sampling was done in vineyards in Manisa and İzmir provinces and a total of 50 samples were taken from grapevines showing virus symptoms. DAS-ELISA and RT-PCR methods were used for identification of viral agents in these samples. Total RNA extractions were made from serially diluted fresh leaf tissue, root, bark and one year old green bark tissue using silica-based method. Purified total RNA extracts were used as template for cDNA synthesis by reverse transcription. PCR products were analysed by gel electrophoresis and visualized by ethidium bromide staining. DAS-ELISA test results showed that the plants were infected with GFkV, ArMV, GLRV 1, 2, 3 and 4-9 viruses. PCR analysis confirmed DAS-ELISA results.

Özet

Bu çalışmada asma virüslerinin tanılanmasında kullanılan farklı yöntemlerin (DAS-ELISA and RT-PCR) duyarlılık durumlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Manisa ve İzmir illerinde bağ alanlarında güdümlü örnekleme yapılmış ve virüs belirtisi gösteren asma bitkilerinden toplam 50 örnek alınmıştır. Bu örneklerdeki viral etmenlerin tanılanmasında DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri kullanılmıştır. Total RNA ekstraksiyonu silica temelli metoda göre sürgünlerin yaprak/ floem dokusundan gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılan RNA revers transkripsiyonda cDNA sentezi için kalıp olarak kullanılmıştır. Çoğaltılan PCR ürünleri agaroz jel’de yürütülmüş ve ethidium bromide ile boyanarak gözlemlenmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR testleri sonucu asma bitkilerinde GFLV, GFkV, ArMV, GLRaV 1,2,3 ve 4-9 etmenleri saptanmıştır. PCR analiz sonuçları, DAS-ELISA sonuçları ile paralel olmuş ve birbirini doğrulamıştır.

🔖

Cite This Article

ERİLMEZ, S., KAYA, A. (2016). Comparison of DAS-ELISA and RT-PCR methods for the diagnosis of grapevine viruses. Bitki Koruma Bülteni, Cilt: 56 - Sayı: 1, 1–14. https://ajindex.com/articles/38130

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (6)

  1. Anonim 2010. http://www.tuik.gov.tr. (Erişim Tarihi: 01 Temmuz 2012) Anonymous 2011. http:// www.wine.wsu.edu. (Erişim Tarihi: 05 Haziran 2015)
  2. Acheche H., Fattouch S., M'hirsi S., Marzouki N. and Marrakchi M. 1999. Use of optimised PCR methods for the detection of GLRAV 3: A Closterovirus associated with Grapevine Leafroll in Tunusian grapevine plants. Plant Molecular Biology Reporter, 17:31-42. Akbaş B. and Erdiller G. 1993. Researches on grapevine virus diseases and determination of their incidences in Ankara. The Journal of Turkish Phytopathology, 22(2-3): 55 Akbaş B., Kunter B. and İlhan D. 2007. Occurence and distribution of Grapevine Leafroll Associated Viruses 1,2,3, and 7 in Turkey. J. Phytopathol. 155:122-124.
  3. Alkowni R., Rowhani A., Daubert S. and Golino D. 2004. Partial characterization of a new Ampelovirus associated with Grapevine Leafroll Disease. J. Plant Pathology. 86, 123-133. Azeri T. 1983. Ülkemiz bağcılığında virus sorunu ve virüssüz bağ üretim programı. Bornova Zir. Müc. Araş. Enst. Müdürlüğü, Yıllık, 1(1): 61-69. Azeri T. ve Çiçek Y. 1995. Introdüksiyon ve klon seleksiyonuyla elde edilmiş bazı bağ çeşitleri ve anaçlarındaki virus ve virus benzeri hastalıkların saptanmasına yönelik araştırmalar. VII. Türkiye Fitopatoloji Kongresi, Bildiriler, s.374-377, Adana. Bora T. ve Karaca İ. 1970. Kültür bitkilerinde hastalığın ve zararın ölçülmesi. E.Ü. Ziraat Fakültesi Yardımcı Ders Kitabı, Yayın No:167, pp:43 Boscia D., Minafra A. and Martelli G.P. 1997.
  4. Filamentous viruses of woody plants, ED: Monette, 19-28. Bovey R. 1965. Identification of viruses in clonally propagated plants having one or more viruses. Proc. Conf. on Virus And Vector on Perennial Hosts with Special Reference to Vitis, 223-227. Bovey R. and Martelli G.P. 1992. Directory of major viruses and virus -like diseases of grapevines. Description, historical rewiev and bibliography. Icvg, Pp:111. Buzkan N. ve Walker M.A. 2001. İnfekteli asmalarda Asma Kısa Boğum Virüsünün (GFLV) güvenilir teşhisi için RNA ekstraksiyon yöntemlerinin kıyaslanması, Türkiye IX. Fitopatoloji Kongresi, 3-8 Eylül 2001, Tekirdağ, 496-505.
  5. Buzkan N., Karadağ S., Öztekin V., Kaya A., Minafra A. and Ben-Dov Y. 2010. First report of the occurence of Grapevine Leafroll Associated Virus-5 in Turkish vineyards. J. Phytopathol. 158: 448-449. Çağlayan K. ve Gazel M.H. 1998. Asma virüslerinin saptanmasında F (Ab') 2 Antibadi fragmentlerinin kullanımı. Türkiye VIII. Fitopatoloji Kongresi, 21-25
  6. Eylül, Ankara. 158-1