AI Summary & Key Takeaways
AI InsightIt is observed that CTX-M group 1 and aac (6’)-Ib gene region are particularly common in ESBL-positive isolates that were isolated in our hospital
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Introduction: The production of extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) and their rapid spread among pathogenic bacteria-particularly Klebsiella species and Escherichia coli-pose serious threats for treatment. In this study, we aimed to investigate beta-lactamase resistance genes and quinolone resistance genes in ESBL-positive E. coli and Klebsiella pneumoniae strains. Materials and Methods: This study was performed by ESBL-positive 108 E. coli and 23 K. pneumoniae strains. Rep-PCR [Diversilab (Repetitive Extragenic Palindromic Element-Polymerase Chain Reaction)] analysis was made in order to examine colonial association in 100 E. coli strains among these isolates. Results: Out of 113 isolates, 112 (85.5%) were detected to have CTX-M group 1 enzyme, 43 (32.1%) isolates had TEM type, 44 (32.8%) had OXA type, 31 had both TEM and OXA types and 1 (0.76%) had both TEM and SHC type of beta-lactamases. Four (3%) isolates had CTX-M group 9, 6 (4.5%) had CTX-M group 1 and 9, 2 (1.5%) had CIT, 2 (1.5%) had OXA-48 and 1 (0.75%) had VIM type beta-lactamases. aac(6’)-Ib gene region responsible for resistance to quinolones was detected in 59 (54.2%) E. coli and 15 (62.5%) K. pneumoniae strains. In addition to this gene region, three E. coli isolates and one K. pneumoniae isolate were found positive for qnrS, one K. pneumoniae isolate was found positive for qnrB and one E. coli isolate was found positive for qepA genes. Two main clones were detected in E. coli strains by rep-PCR method. All strains found in the main clones were detected to have CTX-M group 1 and TEM type beta-lactamases and aac (6’) 1b quinolone-resistance gene. Conclusion: Majority of the ESBL-positive enteric bacteria isolated form clinical specimens were determined to have beta-lactamases and quinolone-resistance genes. It is observed that CTX-M group 1 and aac (6’)-Ib gene region are particularly common in ESBL-positive isolates that were isolated in our hospital
Özet
Giriş: Klebsiella türleri ve Escherichia coli başta olmak üzere, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimi ve patojen bakteriler arasında hızla yayılımı tedavide ciddi sorunlar oluşturmaktadır. Çalışmada, GSBL pozitif E. coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarının, beta-laktamaz ve kinolon direnç genlerinin araştırılması amaçlanmıştır.Materyal ve Metod: Çalışmaya, GSBL pozitif 108 E. coli ve 23 K. pneumoniae suşu alınmıştır. Bu izolatlardan 100 E. coli suşunun klonal ilişkisinin araştırılması amacıyla rep-PCR [Diversilab (Repetitive Extragenic Palindromic Element-Polimeraz Zincir Reaksiyonu)] çalışılmıştır.Bulgular: Çalışmada 131 izolatın 112 (%85.5)'sinde CTX-M grup 1 enzimi, 43 (%32.1)'ünde TEM tipi, 44 (%32.8)'ünde OXA tipi, 31'inde hem TEM hem de OXA tipi ve 1 (%0.76) izolatta hem TEM hem de SHV tipi beta-laktamazlar saptanmıştır. Dört (%3) izolatta CTX-M grup 9, 6 (%4.5) izolatta CTX-M grup 1 ve 9, 2 (%1.5) izolatta CIT, 2 (%1.5) izolatta OXA-48 ve 1 (%0.75) izolatta VIM tipi beta-laktamaz tespit edilmiştir. Kinolon direncinden sorumlu aac(6')-Ib gen bölgesi ise 59 E. coli (%54.2), 15 K. pneumoniae (%62.5)suşunda saptanmıştır. Bu gen bölgesine ek olarak, üç E. coli ve bir K. pneumonaie izolatında qnrS, bir K. pneumoniae'da qnrB, bir E. coli'de qepA geni pozitif olarak bulunmuştur. Rep-PCR yöntemi ile E. coli suşlarında iki ana klon bulunmuştur. Ana klonlarda bulunan suşların hepsinde CTX-M grup 1 ve TEM tipi beta-laktamazlar ile aac(6')1b kinolon direnç geninin bulunduğu gözlenmiştir.Sonuç: Klinik örneklerden izole edilen GSBL pozitif enterik bakterilerin çoğunluğunda beta-laktamaz ve kinolon direnç genleri saptanmıştır. Özellikle hastanemizde izole edilen GSBL pozitif izolatlarda CTX-M grup 1 ve aac(6')-Ib gen bölgesinin yaygın olduğu görülmektedir