Erzurum Bölgesinde Sığırlarda Respiratory Coronavirus Enfeksiyonunun RT-PCR ile tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Özet

Sığırların coronavirusları (BCoV) dünya genelinde sığırcılık işletmelerini etkileyerek ciddi solunum ve sindirim sistemi enfeksiyonlarına yol açmaktadır. Bu çalışmada, sığır yetiştiriciliği yapılan işletmelerinde coronavirusların varlığını/yaygınlığını göstermek ve tespit edilen virusların diğer coronaviruslarla ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Erzurum ili ve ilçelerinde solunum sistemi semptomları gösteren, farklı ırk ve yaş gruplarında 54 adet sığır çalışmaya dahil edildi. Materyal olarak hayvanlardan burun sıvabı ve mezbahada kesilen hayvanlardan pnömonili akciğer dokusu alındı. Toplanan örneklerde viral nükleik asit ekstraksiyonu, RT-PCR ve nested-PCR reaksiyonları gerçekleştirildi. Bölgeyi temsilen bir amplikon dizi analizine tabi tutuldu. Yöremize ait coronavirus suşu ile gen bankasından sağlanan aşı ve çeşitli coronavirus suşlarına ait nükleik asit dizilimi karşılaştırılarak karakterize edildi. Coronavirus yönünden yapılan moleküler incelemeler sonucunda solunum sistemi enfeksiyonu bulunan 54 sığırdan alınan akciğer doku ve sıvab örneğinin 11 (%20.4)’inde etken pozitif olarak belirlenmiştir. Ayrıca dizi analizi sonucu bölgede sirküle olan virusun Betacoronavirus A grubunda yer aldığı ve aşı suşuyla aynı clusterda yer aldığı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile bölgemiz ve ülkemiz açısından mevcut durum güncellenerek epidemiyolojik verilere katkıda bulunulmuştur.