KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Veri Bilimi / 2021 / Cilt: 4 - Sayı: 3

İnsan Bağırsak Mikrobiyomunda Bakteri Kaynaklı İnsan Benzeri MikroRNA Tespiti

Aysenur SOYTURK PATAT
Özkan Ufuk NALBANTOĞLU
Sayfa
7–13
Yayın Tarihi
2021-12-30
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Ayrıca hastalık açısından bazı türler barındırdıkları varsayılan mikroRNA dizilerinde çeşitlilik sergilediği gözlemlenmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:MikroRNA’lar 19-25 nükleotid aralığında küçük RNA parçalarıdır[1].
📊
Temel Bulgular & Veri:Gen ifadelerinde düzenleyici oldukları yürütülen deneysel çalışmalarca ispatlanmıştır [2].
💡
Sonuç & Katkı:Ayrıca hastalık açısından bazı türler barındırdıkları varsayılan mikroRNA dizilerinde çeşitlilik sergilediği gözlemlenmiştir.
🔬Tür:Modelleme & Sayısal Simülasyon
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:metagenom · MikroRNA · Makine Öğrenmesi

Özet

MikroRNA’lar 19-25 nükleotid aralığında küçük RNA parçalarıdır[1]. Gen ifadelerinde düzenleyici oldukları yürütülen deneysel çalışmalarca ispatlanmıştır [2]. MikroRNA’lar RNA’nın kodlanmayan bölgelerinden oluşur ve kodlanmayan bu bölgelerin büyüklüğü, ikincil yapı oluştururken oluşabilecek çoklu ihtimaller sebebiyle tespit edilmeyi zorlaşmıştır. Bu düzenleyici dizi içeriklerinin türler arasında korunmuş olabileceğine yönelik hesaplamalı çalışmalar mevcuttur[3]. İnsan bağırsak mikrobiyomu birçok mikroorganizmaya ev sahipliği yapmakla birlikte birçok hastalıkla ilişkili olduğu bilinmektedir [4]. Bu çalışmanın amacı insan mikrobiyomunda konakçıyı hedeflediği düşünülen bakteri kaynaklı moleküler mekanizmalardan insan mikroRNA’sına benzer dizilerin varlığının geliştirilen makine öğrenmesi modeli kullanılarak aranması, bu dizilerin karaciğer sirozu hastası (n=58) ve sağlıklı kontrolde (n=53) anlamlı bir fark oluşturup oluşturmadığının incelenmesidir. Bu gruplarda geliştirilen model ile tarama yapılıp, insan mikroRNA’sına benzer yapılar gösteren taksonlar belirlenmiştir. Belirlenen taksonlar karaciğer sirozu hastaları ve sağlıklı kontroller arasında anlamlı bir fark oluşturduğu istatistik testler ile doğrulanmıştır. Geliştirilen model ile insan bağırsak mikrobiyomunun, insan mikroRNA’sına benzeyen çok sayıda dizi içeriği gözlenmiştir. Ayrıca hastalık açısından bazı türler barındırdıkları varsayılan mikroRNA dizilerinde çeşitlilik sergilediği gözlemlenmiştir. Bu yapıların varlığının belirlenmesi karaciğer sirozu hastalığında ilerleyen çalışmalara ışık tutacak niteliktedir.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

PATAT, A. S., NALBANTOĞLU, Ö. U. (2021). İnsan Bağırsak Mikrobiyomunda Bakteri Kaynaklı İnsan Benzeri MikroRNA Tespiti. Veri Bilimi, Cilt: 4 - Sayı: 3, 7–13. https://ajindex.com/articles/821832

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (14)

  1. A. M. Mohr and J. L. Mott, ‘Overview of microRNA biology’, Semin. Liver Dis., vol. 35, no. 1, pp. 3–11, Feb. 2015, doi: 10.1055/s-0034-1397344
  2. J. Krol, I. Loedige, and W. Filipowicz, ‘The widespread regulation of microRNA biogenesis, function and decay’, Nat. Rev. Genet., vol. 11, no. 9, pp. 597–610, Sep. 2010, doi: 10.1038/nrg2843
  3. M. Yousef, W. Khalifa, İ. E. Acar, and J. Allmer, ‘MicroRNA categorization using sequence motifs and k-mers’, BMC Bioinformatics, vol. 18, no. 1, p. 170, Mar. 2017, doi: 10.1186/s12859-017-1584-1
  4. V. Caputi and M. C. Giron, ‘Microbiome-Gut-Brain Axis and Toll-Like Receptors in Parkinson’s Disease’, Int. J. Mol. Sci., vol. 19, no. 6, p. 1689, Jun. 2018, doi: 10.3390/ijms19061689
  5. R. C. Lee, R. L. Feinbaum, and V. Ambros, ‘The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.’, Cell, vol. 75, no. 5, pp. 843–854, Dec. 1993, doi: 10.1016/0092-8674(93)90529-y
  6. R. Akhter, ‘Circular RNA and Alzheimer’s Disease.’, Adv. Exp. Med. Biol., vol. 1087, pp. 239–243, 2018, doi: 10.1007/978-981-13-1426-1_19
  7. L. Cascione, ‘Integration of Omics Data to Identify Cancer-Related MicroRNA.’, Methods Mol. Biol., vol. 1970, pp. 85–99, 2019, doi: 10.1007/978-1-4939-9207-2_7
  8. M. M. Musri et al., ‘MicroRNA Dysregulation in Pulmonary Arteries from Chronic Obstructive Pulmonary Disease. Relationships with Vascular Remodeling.’, Am. J. Respir. Cell Mol. Biol., vol. 59, no. 4, pp. 490–499, Oct. 2018, doi: 10.1165/rcmb.2017-0040OC
  9. A. Wojciechowska, A. Braniewska, and K. Kozar-Kamińska, ‘MicroRNA in cardiovascular biology and disease.’, Adv. Clin. Exp. Med. Off. organ Wroclaw Med. Univ., vol. 26, no. 5, pp. 865–874, Aug. 2017, doi: 10.17219/acem/62915
  10. L. Zhang, Q. Lu, and C. Chang, ‘Epigenetics in Health and Disease.’, Adv. Exp. Med. Biol., vol. 1253, pp. 3–55, 2020, doi: 10.1007/978-981-15-3449-2_1
  11. X. Li, Y. Wei, and Z. Wang, ‘microRNA-21 and hypertension.’, Hypertens. Res., vol. 41, no. 9, pp. 649–661, Sep. 2018, doi: 10.1038/s41440-018-0071-z
  12. K. Fisher and J. Lin, ‘MicroRNA in inflammatory bowel disease: Translational research and clinical implication.’, World J. Gastroenterol., vol. 21, no. 43, pp. 12274–12282, Nov. 2015, doi: 10.3748/wjg.v21.i43.12274
  13. S. Griffiths-Jones, A. Bateman, M. Marshall, A. Khanna, and S. R. Eddy, ‘Rfam: an RNA family database.’, Nucleic Acids Res., vol. 31, no. 1, pp. 439–441, Jan. 2003, doi: 10.1093/nar/gkg006
  14. A. O.