Dergiler / Tüberküloz ve Toraks / 2011 / Cilt: 59 - Sayı: 3

Comparative evaluation of IS6110 PCR via conventional methods in rapid diagnosis of new and previously treated cases of extrapulmonary tuberculosis

Yeni ve önceden tedavi edilmiş ekstrapulmoner tüberkülozlu hastaların hızlı tanısında IS6110 ile konvansiyonel yöntemlerin karşılaştırılmalı değerlendirilmesi

Sayfa
213–220
Yayın Tarihi
2022-11-05
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Şüpheli EPTB’li hastaların tedavi kararında fayda sağlayabilir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Gelişmekte olan ülkelerde ekstrapulmoner tüberküloz (EPTB) tanısı önemli bir problemdir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Mycobacterium tuberculosis complex’in spesifik genomunda yer alan “insertion sequence” IS6110’a ait 123bp’nin DNA fragmanı, EPTB’nin hızlı tanısı amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltıldı.
💡
Sonuç & Katkı:Şüpheli EPTB’li hastaların tedavi kararında fayda sağlayabilir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:450 örnek
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Gelişmekte olan ülkelerde ekstrapulmoner tüberküloz (EPTB) tanısı önemli bir problemdir. EPTB’de, az sayıda basil içerme özelliği, yetersiz miktarda örnek gibi birçok sorun bulunmaktadır. Bütün bu kısıtlamalar, konvansiyonel bakteriyolojik tekniklerin EPTB tanısına düşük katkısına neden olmaktadır. Nükleik asit amplifikasyon yöntemleri, mikobakteriyel DNA’nın saptanması amacıyla geliştirilen hızlı ve duyarlı tekniklerdir. Mycobacterium tuberculosis complex’in spesifik genomunda yer alan “insertion sequence” IS6110’a ait 123bp’nin DNA fragmanı, EPTB’nin hızlı tanısı amacıyla polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltıldı. Bu çalışmada, yeni ve önceden tedavi edilmiş EPTB’li hastaların hızlı tanısında IS6110 PCR ile konvansiyonel yöntemler karşılaştırıldı. EPTB şüpheli hastalardan 450 örnek toplandı ve Mycobacteria için Zeihl Neelson (ZN) boyama ve M. tuberculosis için BACTEC kültürü yapıldı. Bütün örnekler ayrıca, M. tuberculosis complex’in insertion element IS6110’un 123bp fragmanını hedefleyen primerlerle PCR amplifikasyonu ile IS6110 için çalışıldı. Testler arasında duyarlılık bakımından anlamlı fark saptandı. Dört yüz elli örnek içinde, 60 (%13.4)’ında ZN boyamada ARB pozitif, 202 (%45)’sinde BACTEC kültürü ve 283 (%63)’ünde M. tuberculosis complex için IS6110 PCR pozitifti (p 0.05). IS6110 PCR’nin hem yeni hem de önceden tedavi edilmiş hastalarda, yayma mikroskopi ve BACTEC kültüründen daha duyarlı olduğunu bulduk. IS6110 PCR, yeni ve önceden tedavi edilmiş EPTB’li hastaların tanısında kullanışlı olabilir. Şüpheli EPTB’li hastaların tedavi kararında fayda sağlayabilir.

Abstract

In developing countries the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis (EPTB) is a major burning challenge. EPTB encounters many problems like pauci-bacillary nature, inadequate specimen volume. All the limitations reflect in the poor contribution of conventional bacteriological technique in the establishment of diagnosis of EPTB. Nucleic acid amplification methods are rapid and sensitive has modified strategies for the detection of mycobacterial DNA. A fragment of DNA of 123bp belonging to insertion sequence IS6110 based on specific gene of Mycobacterium tuberculosis complex was amplified by polymerase chain reaction (PCR) for the rapid diagnosis of EPTB. The present study was to comparative evaluation of IS6110 PCR via conventional methods in the rapid diagnosis of new and Previously treated cases of extra pulmonary tuberculosis. Four hundred fifty specimens were collected from suspected cases of EPTB were processed for Mycobacteria by Zeihl Neelson (ZN) staining and BACTEC culture for M. tuberculosis. All the specimens were also processed for IS6110 based PCR amplification with primers targeting 123 bp fragment of insertion element IS6110 of M. tuberculosis complex. We found significant difference was seen in sensitivities of different tests. Of these 450 specimens, 60 (13.4%) were positive for AFB by ZN staining, 202 (45%) for BACTEC culture and IS6110 PCR were positive for M. tuberculosis complex in 283 (63%) specimens (p< 0.05). However, there was no significant difference (p< 0.05) as far as specificity of different tests. We found that IS6110 PCR has higher sensitivity than smear microscopy and BACTEC culture in both cases of new cases as well as in previously treated cases. IS6110 PCR can be highly useful in diagnosis of new and treated cases of EPTB. It may facilitate therapeutic decisions for those with suspected of EPTB.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

KANT, S., MAURYA, A. K., NAG, V. L., KUSHWAHA, R. A. S., KUMAR, M., DHOLE, T. N. (2022). Comparative evaluation of IS6110 PCR via conventional methods in rapid diagnosis of new and previously treated cases of extrapulmonary tuberculosis. Tüberküloz ve Toraks, Cilt: 59 - Sayı: 3, 213–220. https://ajindex.com/articles/618758

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (14)

  1. Kant L. Improving detection of infectious cases. Indian J Tuberc 2001; 48: 115-6
  2. Pahwa R, Hedau S, Jain S, Jain N, Arora VM, Kumar N, et al. Assessment of possible tuberculous lymphadenopathy by PCR compared to non-molecular methods. J Med Microbiol 2005; 54: 873-8
  3. Sharma SK, Mohan A. Extrapulmonary tuberculosis - Review article. Indian J Med Res 2004; 120: 316-53
  4. Roth A, Schaberg T, Mauch H. Molecular diagnosis of tuberculosis: current clinical validity and future perspectives. Eur Resp J 1997; 10: 1877-91
  5. Clarridge JE, Shawar RM, Shinnik, TM, Plikaytis BB. Large scale use of polymerase chain reaction for detection of Mycobacterium tuberculosis in routine mycobacteriology laboratory. J Clin Microbiol 1993; 31: 2049-56
  6. Ehlers S, Ingnatius R, Regnath T, Hahn H. Diagnosis of extrapulmonary tuberculosis by Gen-Probe amplified Mycobacterium tuberculosis direct test. J Clin Microbiol 1996; 34: 2275-97
  7. Noordhoek GT, Kolk AHJ, Bjune G, Catty D, Dale JW, Fine PE, et al. Sensitivity and specificity of PCR for detection of Mycobacterium tuberculosis: a blind comparison study among seven laboratories. J Clin Microbiol 1994; 2: 277-84
  8. Rocco MTL, Wagner A, Ocera H, Macias E. Evaluation of a commercial rRNA amplification assay for direct detection of Mycobacterium tuberculosis in processed sputum. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1994; 13: 726-31
  9. Eisenach KD, Cave MD, Bates JH, Crawford JT. Polymerase chain reaction amplification of a repetitive DNA sequence specific for Mycobacterium tuberculosis. J Infect Dis 1990; 161: 977-81
  10. Thierry D, Cave MD, Eisenach KD, Crawford JT, Bates JH, Gicquel B, et al. IS6110, an IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex. Nucleic Acids Res 1990; 18: 188-9
  11. Hermans PWM, van Soolingen D, Dale JW, Schuitema ARJ, McAdam RA, Catty D, et al. Insertion element IS986 from Mycobacterium tuberculosis: a useful tool for diagnosis and epidemiology of tuberculosis. J Clin Microbiol 1990; 28: 2051-8
  12. Lahiri KK, Goorha YK. DNA amplification of a repetitive sequence: IS6110 in the early diagnosis of extra pulmonary tuberculosis. Medical Journal Armed Forces India 2001; 57: 12-5
  13. Thierry D, Cave MD, Eisenach KD. IS6110 IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex. Nucl Acids Res 1990; 18: 188-92
  14. Carpentier E, Drouillard B, Dailloux M, Moinard D, Vallee E, Dutilh B, et al. Diagnosis of tuberculosis by Amplicor Mycobacterium tuberculosis test: a multicenter study. J Clin Microbiol