Dergiler / Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2019 / Cilt: 8 - Sayı: 1

Kilis, Halep ve Kıl Keçilerinde Beta-Kazein (CSN2) Genindeki Çeşitliliğin Allel Spesifik PCR, Real-Time PCR ve Sekans Analizi ile Araştırılması

Investigation on the polymorphism of Beta-Casein gene (CSN2) in Kilis, Aleppo and Hair Goats by using allele specific PCR, Real-Time PCR and sequence analysis

Sayfa
70–76
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Sonuç olarak Kilis, Halep ve Kıl keçilerinde CSN2 geninin promotor bölgesindeki g1311T>C mutasyonu ile 7. eksonun 404. pozisyonundaki C>T mutasyonu açısından çeşitlilik gösterdiği tespit edilmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Bu çalışmada Kilis, Halep ve Kıl keçilerinde Beta-kazein geninin (CSN2) promotor bölgesi ile 7. eksonunun belirli nükleotitlerindeki farklılıkların allel spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (AS-PCR), Real-Time PCR ve sekans analizi yöntemleriyle araştırılarak söz konusu keçi populasyonlarının bu açıdan genetik çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu amaçla toplam 246 DNA örneği kullanılmıştır.
💡
Sonuç & Katkı:Sonuç olarak Kilis, Halep ve Kıl keçilerinde CSN2 geninin promotor bölgesindeki g1311T>C mutasyonu ile 7. eksonun 404. pozisyonundaki C>T mutasyonu açısından çeşitlilik gösterdiği tespit edilmiştir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Keçi · Süt · CSN2

Özet

Bu çalışmada Kilis, Halep ve Kıl keçilerinde Beta-kazein geninin (CSN2) promotor bölgesi ile 7. eksonunun belirli nükleotitlerindeki farklılıkların allel spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (AS-PCR), Real-Time PCR ve sekans analizi yöntemleriyle araştırılarak söz konusu keçi populasyonlarının bu açıdan genetik çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla toplam 246 DNA örneği kullanılmıştır. CSN2 geninin promotor bölgesindeki g1311T>C mutasyonu AS-PCR ile, 7. eksonun 404. pozisyonundaki C>T mutasyonunun (CSN2C alleli) varlığı ise Real-Time PCR ve sekans analizi ile incelenmiştir. AS-PCR işlemi sonucunda CSN2 geni promotor bölgesi 1311. nükleotitte T allelinin sıklığı bütün populasyonlarda yüksek bulunmakla birlikte Kıl keçilerinde C allelinin sıklığı (0.0489) Halep (0.0190) ve Kilis (0.0188) keçilerinden daha yüksek bulunmuştur. Bütün populasyonlar değerlendirildiğinde 7. eksonunun 404. pozisyonundaki T nükleotitinin (CSN2C alleli) sıklığının (0.824) C nükleotitinden (0.176) daha yüksek olduğu gözlenmiştir. En yüksek CSN2C alleli sıklığı Kıl keçilerinde (0.8864) en düşük ise Kilis keçilerinde (0.6364) gözlenmiştir. Sonuç olarak Kilis, Halep ve Kıl keçilerinde CSN2 geninin promotor bölgesindeki g1311T>C mutasyonu ile 7. eksonun 404. pozisyonundaki C>T mutasyonu açısından çeşitlilik gösterdiği tespit edilmiştir. Bu çeşitliliğin keçi sütünün bileşimi ve beta kazein içeriğini etkileyip etkilemediğinin belirlenmesi için daha fazla araştırmaya ihtiyaç bulunmaktadır.

Abstract

The objective of this study was to investigate the genetic variability of Beta-casein gene (CSN2) with respect to certain nucleotides at the promotor region and exon 7 in Kilis, Aleppo and Hair goats by using allele specific polymerase chain reaction (AS-PCR), real-time PCR and sequencing methods. A total of 246 DNA samples were used. Presence of the mutation at the promotor region (g1311T>C) of CSN2 gene was searched by using AS-PCR, while the polymorphism at the 404th nucleotide of the exon 7 was analysed using Real-Time PCR and sequence analysis. By using AS-PCR frequency of the T allele at the 1311th nucleotide of the promotor region was found to be higher than that of C allele, while the frequency of the C allele was higher in Hair goats (0.0489) than that in Aleppo (0.0190) and Kilis goats (0.0188). When all three populations were considered, frequency of T nucleotide (CSN2C allele) at the 404th nucleotide position of the exon 7 (0.824) was higher than that of C nucleotide (0.176). The highest frequency of the CSN2C allele was found in Hair goats (0.8864) while the lowest frequency of this allele was in Kilis goats (0.6364). The results indicated that polymorphism was present with respect to g1311T>C mutation at the promotor region and at the 404th nucleotide of the exon 7 of the CSN2 gene among Kilis, Aleppo and Hair goats. Further studies are required for determining the effect of these polymorphism on the composition and beta-casein content the milk in these goat populations.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

ATLI, M. O., YİĞİN, A., BOZKAYA, F. (2022). Kilis, Halep ve Kıl Keçilerinde Beta-Kazein (CSN2) Genindeki Çeşitliliğin Allel Spesifik PCR, Real-Time PCR ve Sekans Analizi ile Araştırılması. Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 8 - Sayı: 1, 70–76. https://ajindex.com/articles/534245

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (12)

  1. Balteanu VA, Pascal C, Vlaic A, 2015: Genetic polymorphisms of Αs1-Caseın (CSN1S1) and Β-casein (CSN2) genes in carpathian goat breed. Lucrări Științifice - Seria Zootehnie, 63, 193-198.
  2. Bozkaya F, Mundan D, Karabulut O, Yerturk M, Gurler S, Aral F, 2008: An investigation on the distribution of O and D alleles of the CSN1S2 gene in goat populations raised in south eastern region of Turkey. Small Ruminant Res, 78, 193-196.
  3. Bozkaya F, Gürler Ş, Yertürk M, 2013: Genetic variability of CSN1S1 gene in goat populations raised in Southeastern Region of Turkey. Kafkas Univ Vet Fak Derg, 19, 147-152.
  4. Caroli A, Jann O, Budelli E, Bolla P, Jager S, Erhardt G, 2001: Genetic polymorphism of k-casein (CSN3) in different breeds and characterization at DNA level. Anim Genet, 32, 226-230.
  5. Caroli A, Chiatti F, Chessa C, Rignanese D, Bolla P, Pagnacco G, 2006: Focusing on the goat casein complex. J Dairy Sci, 89, 3178-3187.
  6. Chessa S, Budelli E, Chiatti F, Cito AM, Bolla P, Caroli A, 2005: Predominance of β-Casein (CSN2) C allele in goat breeds reared in Italy. J Dairy Sci, 88, 1878-1881.
  7. Chianese L, Garro G, Nicolai MA, Mauriello R, Ferrani P, Pizzano R, Cappucio LP, Addeo F, Ramunno L, Rando A, Rubino R, 1993: The nature of β-casein heterogeneity in caprine milk. Lait, 73,533-547.
  8. Cosenza G, Pauciullo A, Gallo D, Di Berardino D, Ramunno L, 2005: A SspI PCR-RFLP detecting a silent allele at the goat CSN2 locus. J Dairy Res, 72, 456-459.
  9. Cosenza G, Paciullo A, Colimono L, Mancus A, Di Berardino D, Ramunno L, 2007: An SNP in the goat CSN2 promotor region is associated with the absence of β-casein in milk. Anim Genet, 38, 655-658.
  10. Cosenza G, Iannaccone M, Pico BA, Ramunno L, Capparelli R, 2016: The SNP g.1311T>C associated with the absence of β-casein in goat milk influences CSN2 promoter activity. Anim Genet, 47,615-617.
  11. Cunsolo V, Galliano F, Muccilli V, Saletti R, Marletta D, Bordonaro S, Foti S, 2005: Detection and characterization by high-performance liquid chromatography and mass spectrometry of a goat β-casein associated with a CSN2 nullallele. Rapid Commun Mass Sp,19, 2943-2949.
  12. Feligini M, Frati S, Cubric CV, Brambilla A, Parma P, Curik I, Enne G, 2005: Caprine αs1-casein polymorphism: characterization of A, B, E and F variants by means of various biochemical and molecular techniques. Food Technol Biotech, 43,123-132. Hall TA, 1999: BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. In: Nucleic acids symposium serie