KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2020 / Cilt: 9 - Sayı: 1

A New Primer Designing for PCR-RFLP Analysis of A and B Genetic Variants of Bovine Kappa-Casein

Sığır Kappa-Kazeinin A ve B Genetik Varyantlarının PCR-RFLP Analizi için Yeni Bir Primer Dizaynı

Mevlüt ARSLAN
Sayfa
6–11
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

The primer described in this study can be used in further studies related to allelefrequency researches and breeding strategies.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Bovine milk contains about 3.4% high-quality protein and it is very essential for human nutrition.
📊
Temel Bulgular & Veri:Kappa (κ) caseinis one of the milk proteins and encoded by the CSN3 gene.
💡
Sonuç & Katkı:The primer described in this study can be used in further studies related to allelefrequency researches and breeding strategies.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Milk · κ-casein · CSN3

Özet

Bovine milk contains about 3.4% high-quality protein and it is very essential for human nutrition. Kappa (κ) caseinis one of the milk proteins and encoded by the CSN3 gene. Studies have shown that κ-casein has an important influence onmilk properties and the manufacturing of milk. κ-casein takes role as a stabilizing factor during the curdling of milk, whichmakes it desired in the cheese factory. A and B genetic variants of κ-casein are well-known and well-studied. For thegenotyping of bovines, the PCR-RFLP approach has been used. For this aim, different primer pairs have been used toamplify the polymorphic region of the CSN3 gene. In a previous study, the HinfI enzyme digestion of the polymorphic regionresulted in short and similar length fragments. In agarose gel electrophoresis, separation of very similar DNA fragments isalmost impossible and interpretation of the short DNA fragment sometimes causes challenges. Therefore, in this study, anew primer design was described. Using the new primer, longer DNA fragment was amplified successfully and HinfIdigestion of the PCR product let to a longer and very different lengths of DNA fragments, which can be easily separated andinterpreted in agarose gel electrophoresis. The primer described in this study can be used in further studies related to allelefrequency researches and breeding strategies.

Abstract

İnek sütü yaklaşık %3,4 oranında yüksek kaliteli protein içerir ve insan beslenmesi için oldukça elzemdir. Kappa (κ)kazein, süt proteinlerinden birisidir ve CSN3 geni tarafından kodlanmaktadır. Çalışmalar κ-kazeinin sütün özellikleri veişlenmesi üzerine önemli bir etkiye sahip olduğunu göstermektedir. κ-kazein sütün kesilmesi sürecinde stabilize edici birfaktör olarak rol almaktadır; bu durum, κ-kazeini peynir fabrikalarında istenilir hale getirmektedir. Kappa (κ) kazeinin A ve Bgenetik varyantları iyi bilinmekte ve yoğun çalışılmaktadır. Sığırların genotiplenmesi için PCR-RFLP yöntemi kullanılmaktadır.Bu amaçla, farklı primer çiftleri CSN3 geninin polimorfik bölgesini çoğaltmak için kullanılmaktadır. Önceki bir çalışmada,polimorfik bölgenin HinfI enzimi ile kesimi kısa ve benzer uzunlukta fragmentler oluşturdu. Agaroz jel elektroforezinde çokbenzer DNA fragmentlerinin ayrımı neredeyse imkansızdır ve kısa DNA fragmentlerin yorumlanması bazen zorluklara sebepolmaktadır. Bu sebeple, bu çalışmada yeni bir primerin dizaynı tanımlandı. Yeni primerin kullanılamasıyla daha uzun DNAfragmenti başarılı bir şekilde çoğaltıldı ve bu PCR ürünlerinin HinfI kesimi, agaroz jel elektroforezinde kolaylıkla ayrılabilen veyorumlanabilen çok farklı uzunlukta DNA fragmentlerinin oluşmasını sağladı. Bu çalışmada tanımlanan primer, allel frenkansaraştırmaları ve yetiştirme stratejileri ile ilgili gelecek çalışmalarda kullanılabilir.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

ARSLAN, M. (2022). A New Primer Designing for PCR-RFLP Analysis of A and B Genetic Variants of Bovine Kappa-Casein. Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 9 - Sayı: 1, 6–11. https://ajindex.com/articles/534203

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (14)

  1. Aleandri R, Buttazzoni LG, Schneider JC, Caroli A, Davoli R, 1990: The Effects of Milk Protein Polymorphisms on Milk Components and Cheese-Producing Ability. J. Dairy Sci., 73, 241-255.
  2. Alexander LJ, Stewart AF, Mackinlay AG, Kapelinskaya TV, Tkach TM, Gorodetsky SI, 1988: Isolation and characterization of the bovine kappa-casein gene. Eur. J. Biochem., 178, 395-401. Arber W, 1978: Restriction endonucleases. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 17, 73-9.
  3. Asif M, Mehboob-Ur-Rahman, Mirza JI, Zafar Y, 2008: High resolution metaphor agarose gel electrophoresis for genotyping with microsatellite markers. Pak. J. Agri. Sci, 45, 75-79.
  4. Azevedo AL, Nascimento CS, Steinberg RS, Carvalho MR, Peixoto MG, Teodoro RL, Verneque RS, Guimaraes SE, Machado MA, 2008: Genetic polymorphism of the kappa-casein gene in Brazilian cattle. Genet. Mol. Res., 7, 623-30.
  5. Breslauer KJ, Frank R, Blocker H, Marky LA, 1986: Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 83, 3746-50.
  6. Caroli AM, Chessa S, Erhardt GJ, 2009: Invited review: milk protein polymorphisms in cattle: effect on animal breeding and human nutrition. J. Dairy Sci., 92, 5335-52.
  7. Comin A, Cassandro M, Chessa S, Ojala M, Dal Zotto R, De Marchi M, Carnier P, Gallo L, Pagnacco G, Bittante G, 2008: Effects of composite beta- and kappa-casein genotypes on milk coagulation, quality, and yield traits in Italian Holstein cows. J. Dairy Sci., 91, 4022-7.
  8. Dong Y, Zhu H, 2005: Single-strand conformational polymorphism analysis: basic principles and routine practice. Methods Mol. Med., 108, 149-57.
  9. Eigel WN, Butler JE, Ernstrom CA, Farrell HM, Harwalkar VR, Jenness R, Whitney RM, 1984: Nomenclature of Proteins of Cow's Milk: Fifth Revision1. J. Dairy Sci., 67, 1599-1631.
  10. Farrell HM, Jr., Jimenez-Flores R, Bleck GT, Brown EM, Butler JE, Creamer LK, Hicks CL, Hollar CM, Ng-Kwai-Hang KF, Swaisgood HE, 2004: Nomenclature of the proteins of cows' milk--sixth revision. J. Dairy Sci., 87, 1641-74.
  11. Fiat AM, Jolles P, 1989: Caseins of various origins and biologically active casein peptides and oligosaccharides: structural and physiological aspects. Mol. Cell. Biochem., 87, 5-30.
  12. Fodde R, Losekoot M, 1994: Mutation detection by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). Hum. Mutat., 3, 83-94.
  13. Franca LT, Carrilho E, Kist TB, 2002: A review of DNA sequencing techniques. Q. Rev. Biophys., 35, 169-200.
  14. Lai E, Birren BW, Clark SM, Simon MI, Hood L, 1989: Pulsed field gel electrophoresis. Biotechniques, 7, 3