Dergiler / Experimed / 2018 / Cilt: 8 - Sayı: 1

Fosfoproteomik Uygulama Basamaklarına Genel Bakış

An Overview of The Phosphoproteomic Workflow

Sayfa
23–32
Yayın Tarihi
2018-04-30
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Kütle spektrometresi tabanlı fosfoproteomik araştırmaların temel metodolojisinin anlatıldığı ve uygulamalarda karşılaşılan zorlukların tartışıldığı bu çalışmanın, MS tabanlı fosfoproteomik alanına ilgi duyan araştırmacılara yardımcı olacağını umuyoruz.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Proteomik çalışmalar, kütle spektrometresi ve kromatografi alanındaki teknolojik gelişmeler sayesinde patolojik ya da fizyolojik olayları daha detaylı olarak değerlendirebilmemize imkan sağlamaktadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Kütle spektrometresi tabanlı proteomik çalışmaların önemli bir araştırma alanı olan protein fosforilasyonları, hücresel işleyişin patolojik değişiminde moleküler aktivitenin dinamik belirteçleri olarak etkin rol oynar.
💡
Sonuç & Katkı:Kütle spektrometresi tabanlı fosfoproteomik araştırmaların temel metodolojisinin anlatıldığı ve uygulamalarda karşılaşılan zorlukların tartışıldığı bu çalışmanın, MS tabanlı fosfoproteomik alanına ilgi duyan araştırmacılara yardımcı olacağını umuyoruz.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Fosfoproteomik · örnek hazırlığı · zenginleştirme

Özet

Proteomik çalışmalar, kütle spektrometresi ve kromatografi alanındaki teknolojik gelişmeler sayesinde patolojik ya da fizyolojik olayları daha detaylı olarak değerlendirebilmemize imkan sağlamaktadır. Kütle spektrometresi tabanlı proteomik çalışmaların önemli bir araştırma alanı olan protein fosforilasyonları, hücresel işleyişin patolojik değişiminde moleküler aktivitenin dinamik belirteçleri olarak etkin rol oynar. Bu nedenle hastalıkların moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasında ve etkin tanı-tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde fosfoproteomik çalışmalar artan öneme sahiptir. Fosfoproteinlerin tanımlanması ve miktar analizlerinin yapılabilmesi oldukça verimli tekrarlanabilir yöntemlerin kullanılmasını gerektirir. Bu amaçla fosfoproteomik uygulamalardaki verimliliğin en üst düzeye çıkarılmasında mevcut yöntemler geliştirilmeye devam etmektedir. Kütle spektrometresi tabanlı fosfoproteomik araştırmaların temel metodolojisinin anlatıldığı ve uygulamalarda karşılaşılan zorlukların tartışıldığı bu çalışmanın, MS tabanlı fosfoproteomik alanına ilgi duyan araştırmacılara yardımcı olacağını umuyoruz.

Abstract

Proteomic studies permit the evaluation of pathological or physiological events in more detail through technological developments in the fields of mass spectrometry and chromatography. Protein phosphorylation, an important research area of mass spectrometry-based proteomic studies, plays an active role as a dynamic marker of molecular activity in the pathological alteration of cellular processes. Therefore, phosphoproteomic studies are gaining importance in the elucidation of molecular mechanisms of diseases and the development of effective diagnostic and treatment methods. Identification and quantitative analysis of phosphoproteins requires the use of highly efficient and reproducible methods. The development of existing methods is ongoing in order to maximize the efficiency of phosphoproteomic applications. We hope that this study, which explains the basic methodology of mass spectrometry-based phosphoproteomic research and discusses its practical challenges, will be useful for researchers interested in MS-based phosphoproteomics.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

SÜRMEN, M. G., SÜRMEN, S., PENÇE, S. (2018). Fosfoproteomik Uygulama Basamaklarına Genel Bakış. Experimed, Cilt: 8 - Sayı: 1, 23–32. https://ajindex.com/articles/50866

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (13)

  1. Abdallah C, Dumas-Gaudot E, Renaut J, Sergeant K. Gel-based and gel-free quantitative proteomics approaches at a glance. Int J Plant Genomics. 2012;2012:494572. Aebersold R, Mann M. Mass spectrometry-based proteomics. Nature. 2003;422(6928):198-207.
  2. Aebersold R, Mann M. Mass-spectrometric exploration of proteome structure and func-tion. Nature. 2016 Sep 15;537(7620):347-55.
  3. Aryal UK, Ross AR. Enrichment and analysis of phosphopeptides under different expe-rimental conditions using titanium dioxide affinity chromatography and mass spectro-metry. Rapid Commun Mass Spectrom. 2010;24(2):219-31.
  4. Bantscheff M, Lemeer S, Savitski MM, Kuster B. Quantitative mass spectrometry in pro-teomics: critical review update from 2007 to the present. Anal Bioanal Chem. 2012;404(4):939-65.
  5. Batth TS, Olsen JV. Offline High pH Reversed-Phase Peptide Fractionation for Deep Phosphoproteome Coverage. Methods Mol Biol. 2016;1355:179-92.
  6. Beltran L, Cutillas PR. Advances in phosphopeptide enrichment techniques for phosphop-roteomics. Amino Acids. 2012;43(3):1009-24.
  7. Blacken GR, Volný M, Diener M, Jackson KE, Ranjitkar P, Maly DJ, Turecek F. Reactive landing of gas-phase ions as a tool for the fabrication of metal oxide surfaces for in situ phosphopeptide enrichment. J Am Soc Mass Spectrom. 2009;20(6):915-26.
  8. Boersema PJ, Foong LY, Ding VM, Lemeer S, van Breukelen B, Philp R, Boekhorst J, Snel B, den Hertog J, Choo AB, Heck AJ. In-depth qualitative and quantitative profiling of tyrosine phosphorylation using a combination of phosphopeptide immunoaffinity puri-fication and stable isotope dimethyl labeling. Mol Cell Proteomics. 2010;9(1):84-99.
  9. Boersema PJ, Mohammed S, Heck AJ. Hydrophilic interaction liquid chromatography (HILIC) in proteomics. Anal Bioanal Chem. 2008;391(1):151-9.
  10. Caprioli RM, Farmer TB, Gile J. Molecular imaging of biological samples: localization of peptides and proteins using MALDI-TOF MS. Anal Chem. 1997;69(23):4751-60.
  11. Carruthers NJ, Rosenspire AJ, Caruso JA, Stemmer PM. Low level Hg(2+) exposure mo-dulates the B-cell cytoskeletal phosphoproteome. J Proteomics. 2018;173:107-114.
  12. Carson RH, Lewis CR, Erickson MN, Zagieboylo AP, Naylor BC, Li KW, Farnsworth PB, Price JC. Imaging regiospecific lipid turnover in mouse brain with desorption elect-rospray ionization mass spectrometry. J Lipid Res. 2017;58(9):1884-1892.
  13. Chen H, Talaty NN, Takáts Z, Cooks RG. Desorption electrospray ionization mass spect-rometry for high-throughput analysis of pharmaceutical samples in th