KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Erzincan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi / 2021 / Cilt: 14 - Sayı: 1

Altı DNA bölgesinin bazı Polygalaceae’de Maximum Likelihood (ML) ve TaxonDNA yöntemleri ile in slico olarak değerlendirilmesi

An in-silico approach for the evaluation of six DNA barcodes by using Maximum Likelihood (ML) and TaxonDNA approaches for some Polygalaceae

Deniz Aygören Uluer
Sayfa
270–283
Yayın Tarihi
2022-10-11
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Sonuçlar göstermiştir ki, altı DNA bölgesinden hiçbiri ideal değildir, ancak Polygalaceae familyası için en uygun DNA barkodu matK gen bölgesidir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Polygalaceae kozmopolit bir yayılıma sahip, 27 cins içinde yaklaşık 1,200 türe sahip geniş bir familyadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu çalışmada altı tane yaygın olarak kullanılan DNA barkodu, rbçL, matK, trnL-F DNA bölgesi (trnL intron+trnL-F dahil), tüm ITS (ITS1+5.8S+ITS2), ITS1 ve ITS2 DNA bölgelerinin, Maximum Likelihood (ML) ve TaxonDNA yöntemleri ile DNA barkodu olarak performansları değerlendirilmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Sonuçlar göstermiştir ki, altı DNA bölgesinden hiçbiri ideal değildir, ancak Polygalaceae familyası için en uygun DNA barkodu matK gen bölgesidir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Polygalaceae kozmopolit bir yayılıma sahip, 27 cins içinde yaklaşık 1,200 türe sahip geniş bir familyadır. Ancak birçok bitki grubu gibi, Polygalaceae türlerinin tanımlanması genellikle çiçek ve meyva karakterlerine bağlıdır. Bu nedenle DNA barkodlama yontemi steril materyalin doğru tanımlanmasını sağlayabilir. Bu çalışmada altı tane yaygın olarak kullanılan DNA barkodu, rbçL, matK, trnL-F DNA bölgesi (trnL intron+trnL-F dahil), tüm ITS (ITS1+5.8S+ITS2), ITS1 ve ITS2 DNA bölgelerinin, Maximum Likelihood (ML) ve TaxonDNA yöntemleri ile DNA barkodu olarak performansları değerlendirilmiştir. Sonuçlar göstermiştir ki, altı DNA bölgesinden hiçbiri ideal değildir, ancak Polygalaceae familyası için en uygun DNA barkodu matK gen bölgesidir.

Abstract

Polygalaceae is a large family with a cosmopolitan distribution, comprising ca. 1,200 species in 27 genera. However, similar to many plant groups, the identification of Polygalaceae species mostly depends on floral and fruit characteristics; therefore, DNA barcoding could easily warrant the correct identification of sterile material. In the current study, the utility of six widely employed plant DNA barcode loci, namely rbcL, matK, trnL-F region (including trnL intron+trnL-F intergenic spacer), the entire ITS (ITS1+5.8S+ITS2) as well as subunits ITS1 and ITS2 have been explored by performing Maximum Likelihood (ML) and TaxonDNA analyses. The results have shown that, while none of the six loci reviewed here completely fulfils the ideal DNA barcoding criteria; yet, matK region is the most useful DNA barcode for the Polygalaceae.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

Uluer, D. A. (2022). Altı DNA bölgesinin bazı Polygalaceae’de Maximum Likelihood (ML) ve TaxonDNA yöntemleri ile in slico olarak değerlendirilmesi. Erzincan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Cilt: 14 - Sayı: 1, 270–283. https://ajindex.com/articles/505432

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (8)

  1. Alvarez, I., and Wendel, J.F. 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference. Molecular Phylogenetics and Evolution, 29(3):417– 434. doi:10.1016/S1055-7903(03)00208-2.
  2. Aygoren Uluer, D. and Alshamrani, R., 2019.
  3. DNA barcoding of a complex genus, Aesculus L. (Sapindaceae) reveals lack of species-level resolution. Botany, 97(9), 503-512.
  4. Baldwin, B.G. 1992. Phylogenetic utility of the internal transcribed spacers of nuclear ribosomal DNA in plants: an example from the Compositae. Molecular Phylogenetics and Evolution, 1(1): 3–16. doi:10.1016/1055-7903(92)90030-K. CBOL Plant Working Group. 2009. A DNA barcode for land plants. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106(31): 12794– 12797. doi: 10.1073/pnas.0905845106. Chase, M.W., Cowan, R.S., Hollingsworth, P.M., van den Berg, C., Madrinan, S., Petersen, G. et al. 2007. A proposal for a standardised protocol to barcode all land plants. Taxon, 56(2): 295–299. doi:10.1002/tax.562004.
  5. Chen, S., Yao, H., Han, J., Liu, C., Song, J., Shi, L. et al. 2010. Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PloS One, 5(1): e8613. doi:10.1371/journal.pone.0008613. Clement, W.L., and Donoghue, M.J. 2012. Barcoding success as a function of phylogenetic relatedness in Viburnum, a clade of woody angiosperms. BMC Evolutionary Biology, 12(1): 73. doi:10.1186/1471-2148-12-73.
  6. Cowan, R.S., Chase, M.W., Kress, W.J., and Savolainen, V. 2006. 300,000 species to identify: problems, progress, and prospects in DNA barcoding of land plants. Taxon, 55(3): 611–616. doi:10.2307/25065638. Forest, F., Chase, M.W., Persson, C., Crane, P.R. and Hawkins, J.A., 2007. The role of biotic and abiotic factors in evolution of ant dispersal in the milkwort family (Polygalaceae). Evolution, 61(7), 1675-1694.
  7. Hajibabaei, M., Singer, G.A., Hebert, P.D., and Hickey, D.A. 2007. DNA barcoding: how it complements taxonomy, molecular phylogenetics and population genetics. Trends in Genetics, 23(4): 167–172. doi:10.1016/j.tig.2007.02.001. Han, J., Liu, C., Li, M., Shi, L., Song, J., Yao, H., Pang, X. and Chen, S., 2010. Relationship between DNA barcoding and chemical classification of Salvia medicinal herbs. Chinese Herbal Medicines, 2(1), 16-29.
  8. Han, J., Zhu, Y., Chen, X., Liao, B., Yao, H., Song, J., Chen, S. and Meng, F., 2013. The short ITS2 sequence serves as an efficient taxonomic sequence tag in comparison with the full-length ITS. BioMed Research inte