KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2021 / Cilt: 18 - Sayı: 1

Kantitatif RT-PCR (RT-qPCR) ile MikroRNA (miRNA) Ekspresyon Profillemesi

MicroRNA (miRNA) Expression Profiling by Quantitative RT-PCR (RT-qPCR)

Özgecan KORKMAZ AĞAOĞLU
Özge SİDEKLİ
Sayfa
48–56
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu derle-mede; RT-qPCR ile miRNA ekspresyon profillemesi sürecindeki adımlar detaylı olarak özetlenmiş ve konu ile ilgili lite-ratür bilgisine yer verilmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Gen ekspresyonunun post-transkripsiyonel düzenleyicisi olarak bilinen miRNA’lar ökaryotik canlılarda çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçlerde rol oynamaktadır. miRNA'ların rollerinin ortaya konulması ile birlikte miRNA’lar üzerine yapılan çalışmaların sayısı da gün geçtikçe artmaktadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Yapılan çalışmalar ile birlikte miRNA'ların bütün hücre ve doku tiplerinde eksprese olduğu ortaya konmuştur. miRNA ekspresyon profilinin ortaya konması için çeşitli yöntemler öneril-mesine rağmen, yüksek duyarlılığı ve özgüllüğü nedeniyle RT-qPCR altın standart olarak kabul edilmektedir.
💡
Sonuç & Katkı:Bu derle-mede; RT-qPCR ile miRNA ekspresyon profillemesi sürecindeki adımlar detaylı olarak özetlenmiş ve konu ile ilgili lite-ratür bilgisine yer verilmiştir.
🔬Tür:Laboratuvar & Saha Deneyi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Ekspresyon · miRNA · normalizasyon

Özet

Gen ekspresyonunun post-transkripsiyonel düzenleyicisi olarak bilinen miRNA’lar ökaryotik canlılarda çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçlerde rol oynamaktadır. miRNA'ların rollerinin ortaya konulması ile birlikte miRNA’lar üzerine yapılan çalışmaların sayısı da gün geçtikçe artmaktadır. Yapılan çalışmalar ile birlikte miRNA'ların bütün hücre ve doku tiplerinde eksprese olduğu ortaya konmuştur. miRNA ekspresyon profilinin ortaya konması için çeşitli yöntemler öneril-mesine rağmen, yüksek duyarlılığı ve özgüllüğü nedeniyle RT-qPCR altın standart olarak kabul edilmektedir. Bu derle-mede; RT-qPCR ile miRNA ekspresyon profillemesi sürecindeki adımlar detaylı olarak özetlenmiş ve konu ile ilgili lite-ratür bilgisine yer verilmiştir.

Abstract

miRNAs, known as post-transcriptional regulators of gene expression, play a crucial role in various physio-logical and pathological processes in eukaryotic organisms. As the roles of miRNAs have been revealed, the number of studies on miRNAs is increasing day by day. Studies have shown that miRNAs are expressed in all cell and tissue types. Although various methods have been proposed to demonstrate miRNA expression profile, RT-qPCR is consid-ered as a gold standard technique due to its high sensitivity and specificity. In this review; the steps in the miRNA ex-pression profiling process by RT-qPCR were summarized in detail and relevant literature knowledge was given.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

AĞAOĞLU, Ö. K., SİDEKLİ, Ö. (2022). Kantitatif RT-PCR (RT-qPCR) ile MikroRNA (miRNA) Ekspresyon Profillemesi. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 18 - Sayı: 1, 48–56. https://ajindex.com/articles/503669

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (10)

  1. Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs. Elife 2015; 12: 4. Andersen CL, Jensen JL, Orntoft TF. Normalization of real-time quantitative reverse transcription-PCR data: a model-based variance estimation approach to identify genes suited for normaliza-tion, applied to bladder and colon cancer data sets. Cancer Res 2004; 64: 5245-50.
  2. Androvic P, Valihrach L, Elling J, Sjoback R, Kubista M. Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Nucleic Acids Res 2017; 45: 144. Arroyo JD, Chevillet JR, Kroh EM, Ruf IK, Pritchard CC, Gibson DF, Mitchell PS, Bennett CF, Pogo-sova-Agadjanyan EL, Stirewalt DL, Tait JF, Tewari M. Argonaute2 complexes carry a popu-lation of circulating microRNAs independent of vesicles in human plasma. Proc Natl Acad Sci USA 2011; 108(12): 5003-08.
  3. Backes C, Haas J, Leidinger P, Frese K, Grossmann T, Ruprecht K, Meder B, Meese E, Keller A. miF-Rame: analysis and visualization of miRNA sequencing data in neurological disorders. J Transl Med 2015; 13: 224. Becker C, Hammerle-Fickinger A, Riedmaier I, Pfaffl MW. mRNA and microRNA quality control for RT-qPCR analysis. Methods 2010; 50: 237-43.
  4. Benes V, Castoldi M. Expression profiling of microR-NA using real-time quantitative PCR, how to use it and what is available. Methods 2010; 50: 244-9.
  5. Blondal T, Jensby Nielsen S, Baker A, Andreasen D, Mouritzen P, Wrang Teilum M, Dahlsveen IK Assessing sample and miRNA profile quality in serum and plasma or other biofluids. Methods 2013; 59: 1-6.
  6. Bollati V, Dioni L. Methods for Analyzing miRNA Expression. Academic Press 2019; 379-405.
  7. Bravo V, Rosero S, Ricordi C, Pastori RL. Instability of miRNA and cDNAs derivatives in RNA prepa-rations. Biochem Biophys Res Commun 2007; 353: 1052-5.
  8. Castoldi M, Spasia MV, Altamura S, Elman J, Lindow M, Kiss J, Stolte J, Sparla R, D’Alessandro LA, Klingmullers U, Fleming RE, Longerich T, Gro-nes HJ, Benes V, Kauppinen S, Hentze MW, Muckenthaler MU. The liver-specific microRNA miR-122 controls systematic iron homeostasis in mice. JIC 2011; 121: 1386-96.
  9. Chakraborty M, Chatterjee A, Krithika S, Vasulu TS. A Statistical Analysis of MicroRNA: Classifica-tion, Identification and Conservation Based on Structure and Function. Dasgupta R. ed. In: Growth Curve and Structural Equation Modeling. Switzerland: Springer Proceedings in Mathema-tics & Statistics, 2015; pp. 223-58.
  10. Cheng HH, Yi HS, Kim Y, Kroh EM, Chien JW, Eaton KD, Goodman MT, Tr