KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2022 / Cilt: 19 - Sayı: 2

MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları

Commonly Used Normalization Approaches in MicroRNA Expression Profiling

Ali Osman TURGUT
Özgecan KORKMAZ AĞAOĞLU
Sayfa
152–159
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu derlemede, miRNA ekspresyonu çalışmalarında en yaygın kullanılan normalizasyon yaklaşımları hakkında bilgiler özetlenmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:MikroRNA (miRNA) ekspresyonlarının belirlenmesinde RT-qPCR, mikroarray platformları ve miRNA dizileme en yaygın kullanılan tekniklerdir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Normalizasyon ile biyolojik ve teknik varyasyonların sonuçlar üzerine olan etkisinin elimine edilmesi amaçlanmaktadır.
💡
Sonuç & Katkı:Bu derlemede, miRNA ekspresyonu çalışmalarında en yaygın kullanılan normalizasyon yaklaşımları hakkında bilgiler özetlenmiştir.
🔬Tür:Literatür & Derleme Çalışması
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Mikroarray · mikroRNA · miRNA dizileme

Özet

MikroRNA (miRNA) ekspresyonlarının belirlenmesinde RT-qPCR, mikroarray platformları ve miRNA dizileme en yaygın kullanılan tekniklerdir. Tüm bu tekniklerin kullanıldığı çalışmalarda en önemli hususlardan biri verilerin uygun normalizasyon yöntemi ile normalize edilmesidir. Normalizasyon ile biyolojik ve teknik varyasyonların sonuçlar üzerine olan etkisinin elimine edilmesi amaçlanmaktadır. MiRNA ekspresyonu çalışmalarında, farklı tekniklerden elde edilen verilerin normalizasyonunda kullanılan çok sayıda normalizasyon yaklaşımı kullanılmaktadır. Bu derlemede, miRNA ekspresyonu çalışmalarında en yaygın kullanılan normalizasyon yaklaşımları hakkında bilgiler özetlenmiştir.

Abstract

RT-qPCR, microarray platforms and miRNA sequencing are the most common techniques used to determine microRNA (miRNA) expressions. One of the most important issues in studies these techniques are used is the normalization of the data by using appropriate normalization method. The purpose of normalization is to eliminate the effects of biological and technical variations on study results. Numerous normalization approaches are used for normalization of data obtained from different techniques in miRNA expression studies. In this review, information about the most commonly used normalization approaches in miRNA expression studies is summarized.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

TURGUT, A. O., AĞAOĞLU, Ö. K. (2022). MikroRNA Ekspresyon Profillemesinde Yaygın Kullanılan Normalizasyon Yaklaşımları. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 19 - Sayı: 2, 152–159. https://ajindex.com/articles/503631

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (12)

  1. Ballman KV, Grill DE, Oberg AL, Therneau TM. Fas-ter cyclic loess: normalizing RNA arrays via linear models. Bioinformatics 2004; 20(16): 2778-86.
  2. Bolstad BM, Irizarry RA, Astrand M, Speed TP. A comparison of normalization methods for high den-sity oligonucleotide array data based on variance and bias. Bioinformatics 2003; 19: 185-93.
  3. Bustin SA, Benes V, Garson J, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R, Nolan T, Pfaffl MW, Shipley GL, Vandesompele J, Wittwer CT. The MIQE guide-lines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem 2009; 55: 611-22.
  4. Dheda K, Huggett JF, Chang JS, Kim LU, Bustin SA, Johnson MA, Rook GA, Zumla A. The implications of using an inappropriate reference gene for real-time reverse transcription PCR data normalization. Anal Biochem 2005; 344 (1): 141-3.
  5. Dillies MA, Rau A, Aubert J, Hennequet-Antier C, Jeanmougin M, Servant N, Keime C, Marot G, Cas-tel D, Estelle J, Guernec G. A comprehensive eva-luation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis. Brief Bioinform 2013; 14: 671-83.
  6. Donati S, Ciuffi S, Brandi ML. Human circulating miR-NAs real-time qRT-PCR-based analysis: an over-view of endogenous reference genes used for data normalization. Int J Mol Sci 2019; 20: 1-19.
  7. Faraldi M, Gomarasca M, Banfi G, Lombardi G. Free circulating miRNAs measurement in clinical set-tings: the still unsolved issue of the normalization. Adv Clin Chem 2018; 87: 113-39. Gershon D. Microarray technology: An array of op-portunities. Nature 2002; 416: 885-91. Hammond SM. An overview of microRNAs. Adv Drug Deliv Rev 2015; 87: 3-14.
  8. Heneghan HM, Miller N, Lowery AJ, Sweeney KJ, Newell J, Kerin M. Circulating micrornas as novel minimally invasive biomarkers for breast cancer. Ann Surg 2010; 251: 499-505.
  9. Inyawilert W, Fu TY, Lin CT, Tang PC. Let-7-mediated suppression of mucin 1 expression in the mouse uterus during embryo implantation. J Reprod Dev 2015; 61: 138-44.
  10. Irizarry RA, Hobbs B, Collin F, Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ, Scherf U, Speed TP. Exploration, normalization, and summaries of high density oligo-nucleotide array probe level data. Biostatistics 2003; 4(2): 249-64.
  11. Izumi H, Kosaka N, Shimizu T, Sekine K, Ochiya T, Takase M. Bovine milk contains microRNA and messenger RNA that are stable under degradative conditions. J Dairy Sci 2012; 95(9): 4831-41.
  12. Korkmaz Ağaoğlu Ö, Sidekli Ö. Kantitatif RT-PCR (RT-qPCR) Çalışmalarında uygun housekeeping genlerin (HKGs) se