Dergiler / Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi / 2017 / Cilt: 48 - Sayı: 2

Keçiboynuzunun Genç ve Olgun Yapraklarından DNA Ekstraksiyonu İçin Dört Farklı Protokolün Değerlendirilmesi

Evaluation of Four Different Protocols for DNA Extraction from Young and Old Carob Leaves

Sayfa
73–79
Yayın Tarihi
2017-10-14
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Genç yapraklarda en düşük emilim A260/280 nm ile protokol A (0.76±0.02) iken, diğer protokollerdeki oranlar optimum değerler arasındadır.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Keçiboynuzu (Ceratonia siliqua L. (Cesalpinaceae) herdem yeşil bir bitkidir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu çalışmada, keçiboynozunun genç ve olgun yapraklarında dört farklı protocol kullanılarak kaliteli DNA elde etmek amaçlanmıştır.
💡
Sonuç & Katkı:Genç yapraklarda en düşük emilim A260/280 nm ile protokol A (0.76±0.02) iken, diğer protokollerdeki oranlar optimum değerler arasındadır.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Keçiboynuzu · genetic çeşitlilik · DNA

Özet

Keçiboynuzu (Ceratonia siliqua L. (Cesalpinaceae) herdem yeşil bir bitkidir. Keçiboynuzu doğal olarak ormanda yetişirken bazı bölgelerde ticari olarak da yetiştirilmektedir. Diğer bitki türlerinde olduğu gibi moleküler markırlar keçiboynuzunda da genetic çeşitliliği tanımlamak için kullanılmaktadır. Bu çalışmada, keçiboynozunun genç ve olgun yapraklarında dört farklı protocol kullanılarak kaliteli DNA elde etmek amaçlanmıştır. Genç yapraklarda, En düşük DNA konsantrasyonu protocol A’dan (5.73±0.89 ng/µl DNA) sağlanırken, protocol D’nin (900.66±23.38 ng/µl DNA) DNA konsantrasyonu diğer protokollerden oldukça yüksektir. Yaşlı yapraklarda, en düşük DNA miktarı protokol A(2.9±0.4 ng/µl DNA) ile en yüksek DNA miktarı protokol C(11.36±0.8 ng/µl DNA) şeklindedir. Genç yapraklardan elde edilen DNA konsantrasyonu 656.66±36.95 ng/µl DNA olarak ölçülmüştür. Olgun yapraklardaki DNA konsantrasyonları genç yapraklardaki bütün protokollere göre oldukça düşüktür. Genç yapraklarda en düşük emilim A260/280 nm ile protokol A (0.76±0.02) iken, diğer protokollerdeki oranlar optimum değerler arasındadır.

Abstract

Carob (Ceratonia siliqua L. (Cesalpinaceae) is an evergreen tree. It naturally grows in forests, but it is also commercially grown in some regions. As it was in other plant species, molecular markers are used to identify genetic diversity in carob. DNA isolation is the most significant factor effecting molecular marker analysis. In this study, four different isolation protocols were used to isolate quality DNA from young and old carob leaves. In young leaves, while the lowest DNA concentrations were obtained from protocol A (5.73±0.89 ng/µl DNA), DNA concentration of Protocol D were significantly higher than other protocols (900.66±23.38 ng/µl DNA). In old leaves, the lowest DNA concentrations were obtained from protocol A (2.9±0.4 ng/µl DNA) and the highest DNA concentrations were obtained from protocol C (11.36±0.8 ng/µl DNA). The DNA concentrations obtained from the freshest tip leaves measured 656.66±36.95 ng/µl DNA. DNA concentration of old leaves significantly lower than young leaves at all protocols. While the lowest A260/280 nm absorbance ratios in young leaves were observed in protocol A (0.76±0.02), the ratio in other protocols were between the optimum values.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

Pinar, H., YAMAN, M., KELEŞ, H., ÜNLÜ, M., COŞKUN, Ö. F. (2017). Keçiboynuzunun Genç ve Olgun Yapraklarından DNA Ekstraksiyonu İçin Dört Farklı Protokolün Değerlendirilmesi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, Cilt: 48 - Sayı: 2, 73–79. https://ajindex.com/articles/36928

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (8)

  1. Akinnagbe O. M., Onah C. P., Olaolu, M. O., Ajayi, A. R., 2012. Farmers’ perception of the impact of climate change on agricultural activities in Otukpo local government area of Benue State, Nigeria. In: Proceedings of the 17th Annual National Conference AESON, 11 –14 March, 2012, pp109-117, Nsukka, Nigeria. Aubakirova, K., Omasheva, M., Ryabushkina, N.,Tazhibaev, T., Kampitova, G., Galiakparov, N., 2014. Evaluation of five protocols for DNA extraction from leaves of Malus siever, Vitis vinifera, and Armeniaca vulgaris. Genet. Mol. Res. 13 (1): 1278-1287.
  2. Ausubel, F. M., Brent, R., Kingston, R.E., Moore, D.D., Seidman, J.G., Smith. J.G. et al., 2002. Short Protocols in Molecular Biology: a compendium of methods from Current Protocols in Molecular Biyology, vol. 2,Wiley, New York, NY. Balik, J., Kyseláková, M., Vrchotová, N., Tríska, J., et al. 2008.Relations between polyphenols content and antioxidant activity in vine grapes and leaves. Czech J. Food Sci. 26: S25-S32 Barracosa, P., Almeida, M.T., Cenis, J., 1996. Characterization of cultivars of carob tree in Algarve (Portugal). In: Proceeding of the III International Carob Symposium. Cabanas-Tavira, Portugal Batlle, I.M., Tous, R.J., 1997. Carob germplasm characterization using izozymes. In: Proceeding of the III International Carob Symposium. Cabanas-Tavira, Portugal. Bushra, C., Afshan, Y., Tayyab, H., Riazuddin, S., 1999. Mini-scale genomic DNA extraction from cotton. Plant Mol. Biol. Rep., 17: 1–7.
  3. Carlson, W.A., 1986. carob: evaluation of trees, pods and kernels. Int. Tree Crops J., 3 (1986), pp. 281–290
  4. Casıva, P.V., Saidman, B. O., Vılardı, J. C., Cıaldella, A.M., 2002. First comparative phonetic studies of Argentinean species of Acacia (Fabaceae), using morphometric, isozymal and RAPD approaches. AmericanJournal of Botany 89(5): 843–853.
  5. Crouch, H.K,. Crouch, J.H., Madsen, S., Vuylsteke, D.R., Ortız, R., 2000. Comparative analysis of phenotypic andgenotypic diversity among plantain landraces (Musa spp., AAB group). Theor. Appl. Genet, 101:1056–1065
  6. Dellaporta, S.L., Wood, J., Hicks, J.B., 1983. A plant DNA mini preparation: Version II. Plant Mol. Bio. Rep. 1: 19-21.
  7. Doyle, J.J., Doyle, J.L., 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12: 13-15.
  8. Edwards, K., Johnstone, C.,Thompson. C., 1991. A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis. Nucleic Acids Res. 19: 1349. Emberger, L., Maire, R., 1941. Cataloguedes plantes du Maroc.Volume IV. Minerva, Alge