KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Süleyman Demirel Üniversitesi Sağlık Bilimleri Dergisi / 2020 / Cilt: 11 - Sayı: 1

Investigation of Androgen Responsive Elements in Some Autophagy Related Genes via In Silico Analysis

Investigation of Androgen Responsive Elements in Some Autophagy Related Genes via in silico Analysis

Yalçın ERZURUMLU
Sayfa
71–77
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Materyal-Metod: Otofaji ile ilişkili hedef genlerin promotör dizileri UCSC ve EPD veri tabanından ekstrakte edilerek, androjen resepötörü bağlanma motifi için varsayılan bağlanma bölgeleri matinspector biyoinformatik aracı ile analiz edildi.Bulgular: İn silico analiz sonuçlara göre otofaji ile ilişkili 33 farklı genin promotor bölgesinde varsayılan ARE’ler tanımlandı.Sonuç: Sonuçlarımız otofaji ile ilişkili komponentlerin androjen sinyalizasyonu ile sıkı şekilde düzenlenebileceğini önermektedir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Amaç: Otofaji, hasarlı organellerin, hatalı katlanmış veya uzun ömürlü proteinlerin, ökaryotik hücrelerde lizozom aracılı uzaklaştırılmasından sorumlu olan majör bir hücresel yoldur ve mayadan memelilere kadar iyi düzeyde korunmuş fizyolojik mekanizmadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Otofaji, nörodejeneratif hastalıklar, bulaşıcı hastalıklar, metabolik hastalıklar ve kanserinde dahil olduğu çok çeşitli patolojilerle ilişkilendirilmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Materyal-Metod: Otofaji ile ilişkili hedef genlerin promotör dizileri UCSC ve EPD veri tabanından ekstrakte edilerek, androjen resepötörü bağlanma motifi için varsayılan bağlanma bölgeleri matinspector biyoinformatik aracı ile analiz edildi.Bulgular: İn silico analiz sonuçlara göre otofaji ile ilişkili 33 farklı genin promotor bölgesinde varsayılan ARE’ler tanımlandı.Sonuç: Sonuçlarımız otofaji ile ilişkili komponentlerin androjen sinyalizasyonu ile sıkı şekilde düzenlenebileceğini önermektedir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Otofaji · Androjen cevap elementleri · Prostat kanseri

Özet

Amaç: Otofaji, hasarlı organellerin, hatalı katlanmış veya uzun ömürlü proteinlerin, ökaryotik hücrelerde lizozom aracılı uzaklaştırılmasından sorumlu olan majör bir hücresel yoldur ve mayadan memelilere kadar iyi düzeyde korunmuş fizyolojik mekanizmadır. Otofaji, nörodejeneratif hastalıklar, bulaşıcı hastalıklar, metabolik hastalıklar ve kanserinde dahil olduğu çok çeşitli patolojilerle ilişkilendirilmiştir. Son çalışmalar otofajinin prostat kanserindeki rolünü vurgulamaktadır. Bu nedenle, otofajinin bilinmeyen mekanizmalar ile gerçekleşen regülasyonu ve özellikle androjen aracılı gerçekleşen regülasyonu hakkındaki bilinmeyen süreçlerin anlaşılması önem taşımaktadır. Bu çalışmada otofaji ile ilişkili genlerin promotor bölgesinde in silico analizler ile varsayılan ARE’leri araştırmayı amaçladık. Materyal-Metod: Otofaji ile ilişkili hedef genlerin promotör dizileri UCSC ve EPD veri tabanından ekstrakte edilerek, androjen resepötörü bağlanma motifi için varsayılan bağlanma bölgeleri matinspector biyoinformatik aracı ile analiz edildi.Bulgular: İn silico analiz sonuçlara göre otofaji ile ilişkili 33 farklı genin promotor bölgesinde varsayılan ARE’ler tanımlandı.Sonuç: Sonuçlarımız otofaji ile ilişkili komponentlerin androjen sinyalizasyonu ile sıkı şekilde düzenlenebileceğini önermektedir.

Abstract

Objective: Autophagy is a major cellular pathway that is responsible for removal of damaged organelles, misfolded or long-lived proteins by lysosome in eukaryotic cells, and it is a well conserved physiological mechanism from the yeast to mammalian. Autophagy has been associated with several pathologies, including neurodegenerative diseases, infectious diseases, metabolic diseases and cancer. Recent studies highlight the role of autophagy in prostate cancer. Thus, it is important to understand the unknown processes about regulation of autophagy with its different mechanisms, especially androgen mediated regulation. In this study, our aim was to investigate the putative AREs in promoter sequence of autophagy related genes by in silico analysis. Material-Method: Promoter sequences of the autophagy related target genes extracted from UCSC and EPD databases and then analyzed putative binding sites for androgen receptor binding motif by matinspector bioinformatics tool. Results: The result of the in silico analysis indicates that putative AREs in the promoter region of 33 different genes associated with autophagy are identified. Conclusions: Our data the positive correlation between suggest that autophagy related components may be tightly regulated by androgen signaling.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

ERZURUMLU, Y. (2020). Investigation of Androgen Responsive Elements in Some Autophagy Related Genes via In Silico Analysis. Süleyman Demirel Üniversitesi Sağlık Bilimleri Dergisi, Cilt: 11 - Sayı: 1, 71–77. https://ajindex.com/articles/360469

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (16)

  1. Farhan H, Kundu M, Ferro-Novick S. The link between autophagy and secretion: a story of multitasking proteins. Mol Biol Cell. 2017;28(9):1161-4
  2. Manjithaya R, Subramani S. Role of autophagy in unconventional protein secretion. Autophagy. 2010;6(5):650-1
  3. Shimizu S, Yoshida T, Tsujioka M, Arakawa S. Autophagic cell death and cancer. Int J Mol Sci. 2014;15(2):3145-53
  4. Beau I, Esclatine A, Codogno P. Lost to translation: when autophagy targets mature ribosomes. Trends Cell Biol. 2008;18(7):311-4
  5. Kraft C, Reggiori F, Peter M. Selective types of autophagy in yeast. Biochim Biophys Acta. 2009;1793(9):1404-12. 6. van der Vaart A, Mari M, Reggiori F. A picky eater: exploring the mechanisms of selective autophagy in human pathologies. Traffic. 2008;9(3):281-9
  6. Levine B, Kroemer G. Autophagy in the pathogenesis of disease. Cell. 2008;132(1):27-42
  7. Button RW, Roberts SL, Willis TL, Hanemann CO, Luo S. Accumulation of autophagosomes confers cytotoxicity. J Biol Chem. 2017;292(33):13599-614
  8. Mizushima N, Yoshimori T, Ohsumi Y. The role of Atg proteins in autophagosome formation. Annu Rev Cell Dev Biol. 2011;27:107-32
  9. Ganley IG, Lam du H, Wang J, Ding X, Chen S, Jiang X. ULK1.ATG13. FIP200 complex mediates mTOR signaling and is essential for autophagy. J Biol Chem. 2009;284(18):12297-305
  10. Morris DH, Yip CK, Shi Y, Chait BT, Wang QJ. Beclin1-VPS34 complex architecture: understanding the nuts and bolts of therapeutic targets. Front Biol. 2015;10(5):398-426
  11. Obara K, Sekito T, Niimi K, Ohsumi Y. The Atg18-Atg2 complex is recruited to autophagic membranes via phosphatidylinositol 3-phosphate and exerts an essential function. J Biol Chem. 2008;283(35):23972-80
  12. Tamura H, Shibata M, Koike M, Sasaki M, Uchiyama Y. Atg9A protein, an autophagy-related membrane protein, is localized in the neurons of mouse brains. J Histochem Cytochem. 2010;58(5):443-53
  13. Otomo C, Metlagel Z, Takaesu G, Otomo T. Structure of the human ATG12~ATG5 conjugate required for LC3 lipidation in autophagy. Nat Struct Mol Biol. 2013;20(1):59-66
  14. Lee Y-K, Lee J-A. Role of the Mammalian ATG8/LC3 Family in Autophagy: Differential and Compensatory Roles in the Spatiotemporal Regulation of Autophagy. BMB reports. 2016;49(8):424-30
  15. Miller KD, Siegel RL, Lin CC, Mariotto AB, Kramer JL, Rowland JH, et al. Cancer treatment and survivorship statistics. CA Cancer J Clin. 2016;66(4):271-89
  16. Siegel RL, Miller KD, Jemal A. Cancer statistics. CA Cancer J Clin. 2016