KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi / 2026 / Volume: 14 Issue: 1

Moleküler Docking Yöntemi ile Bazı Azo Bileşiklerinin Potansiyel Antibakteriyel Özelliklerinin İncelenmesi

Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method

Çiğdem Karabacak Atay(BURDUR MEHMET AKİF ERSOY ÜNİVERSİTESİ)0000-0001-7226-9971
Tahir Tilki(SÜLEYMAN DEMİREL ÜNİVERSİTESİ)0000-0002-1040-2375
Bülent Dede(SÜLEYMAN DEMİREL ÜNİVERSİTESİ)0000-0003-1416-7373
Sayfa
—
Yayın Tarihi
2019-05-31
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Doking sonuçları ayrıca ticari bir antibakteriyel madde olarak kullanılan triklosan ile karşılaştırıldı ve B bileşiğinin en iyi antibakteriyel özelliğe sahip olduğu bulundu.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Bu çalışmada, önceki çalışmalarımızda sentezlediğimiz üç azo boyarmaddenin, 2 - [(3,5-diamino-1H-pirazol-4-il)diazenil]-5-nitrobenzoik asit (A), 2-[(3,5)-dimetil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (B) ve 2-[(5-amino-3-metil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (C), potansiyel antibakteriyel özelliklerini araştırmak için moleküler doking çalışmaları yapıldı.
📊
Temel Bulgular & Veri:Olası bağlanma konformasyonları ve inhibe edici etkileri belirlemek için E . coli beta-ketoaçil-açil taşıyıcı protein sentaz III (KAS III) aktif bölgesine ligandların (A, B ve C) bağlanma simülasyonları yapıldı.
💡
Sonuç & Katkı:Doking sonuçları ayrıca ticari bir antibakteriyel madde olarak kullanılan triklosan ile karşılaştırıldı ve B bileşiğinin en iyi antibakteriyel özelliğe sahip olduğu bulundu.
🔬Tür:Modelleme & Sayısal Simülasyon
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Molecular docking · Azo compound · Antibacterial properties

Özet

Bu çalışmada, önceki çalışmalarımızda sentezlediğimiz üç azo boyarmaddenin, 2 - [(3,5-diamino-1H-pirazol-4-il)diazenil]-5-nitrobenzoik asit (A), 2-[(3,5)-dimetil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (B) ve 2-[(5-amino-3-metil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (C), potansiyel antibakteriyel özelliklerini araştırmak için moleküler doking çalışmaları yapıldı. Modelleme, SwissDock web sunucusunda EADock DSS algoritması kullanılarak gerçekleştirildi. Olası bağlanma konformasyonları ve inhibe edici etkileri belirlemek için E . coli beta-ketoaçil-açil taşıyıcı protein sentaz III (KAS III) aktif bölgesine ligandların (A, B ve C) bağlanma simülasyonları yapıldı. Doking sonuçları ayrıca ticari bir antibakteriyel madde olarak kullanılan triklosan ile karşılaştırıldı ve B bileşiğinin en iyi antibakteriyel özelliğe sahip olduğu bulundu.

Abstract

In this study, molecular docking studies were applied to three azo dyes, 2-[(3,5-diamino-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (A), 2-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (B) and 2-[(5-amino-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (C), which synthesized in our previous studies, to investigate their potential antibacterial properties. Modelling was performed on SwissDock web server using EADock DSS algorithm. Docking simulations of ligands (A, B and C) were performed into the E . coli beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (KAS III) active site to determine the probable binding conformations and inhibitory effects. Docking results were also compared with triclosan used as a commercial antibacterial agent and it was found that compound B had the best antibacterial property.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

Atay, Ç. K., Tilki, T., Dede, B. (2019). Moleküler Docking Yöntemi ile Bazı Azo Bileşiklerinin Potansiyel Antibakteriyel Özelliklerinin İncelenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi, Volume: 14 Issue: 1. https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (16)

  1. J. Lee, S. Kim, J. Sim, D. Lee, H. H. Kim, J. S. Hwang, D. G. Lee, Z. Y. Park, and J. I. Kim, “A potent antibacterial activity of new short D-enantiomeric lipopeptide against multi drug resistant bacteria,” Biochim Biophys Acta Biomembr., 1861, 34-42, 2019.
  2. S. Tahir, T. Mahmood, F. Dastgir, I. Haq, A. Waseem, and U. Rashid, “Design, synthesis and anti-bacterial studies of piperazine derivatives against drug resistant bacteria,” Eur J Med Chem., 166, 224-231, 2019.
  3. M. Caniçaa, V. Manageiro, H. Abriouel, J. Moran-Giladd, and C.M.A.P. Franzg, “Antibiotic resistance in foodborne bacteria,” Trends Food Sci. Technol., 84, 41-44, 2019.
  4. I.J. Schalk, “Siderophoreeantibiotic conjugates: exploiting iron uptake to deliver drugs into bacteria,” Clin. Microbiol. Infect., 24, 801-802, 2018.
  5. F. R. Fields, S. W. Lee, and M. J. McConnell, “Using bacterial genomes and essential genes for the development of new antibiotics,” Biochem. Pharmacol., 134, 74–86, 2017.
  6. Ç. Karabacak Atay, T. Tilki, and B. Dede, “Design and synthesis of novel ribofuranose nucleoside analogues as antiproliferative agents: A molecular docking and DFT study,” J. Mol. Liq., 269, 315–326, 2018.
  7. P. Sledz, and A. Caflisch, “Protein structure-based drug design: from docking to molecular Dynamics,” Curr. Opin. Struc. Biol., 48, 93–102, 2018.
  8. S. Kumar, and S. Kumar, “Chapter 6: Molecular Docking: A Structure-Based Approach for Drug Repurposing,” In Silico Drug Design, 161-189, 2019.
  9. K. A. Ramsbottoma, D. F. Carrb, A. R. Jonesa, and D. J. Rigdena, “Critical assessment of approaches for molecular docking to elucidate associations of HLA alleles with adverse drug reactions,” Mol. Immunol., 101, 488-499, 2018.
  10. Ç. Karabacak Atay, M. Gokalp, S. Ozdemir Kart, and T. Tilki, “Mono azo dyes derived from 5-nitroanthranilic acid: Synthesis, absorption properties and DFT calculations,” J. Mol. Struct., 1141, 237-244, 2017.
  11. A. Grosdidier, V. Zoete, and O. Michielin, “SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS,” Nucleic Acids Res., 39, 270-277, 2011.
  12. Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H., Shindyalov, I.N., Bourne, P.E., (2000). The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res., 28(1), 235–242.
  13. Gaussian 09, Revision E.01, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. Marenich, J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian, J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young, F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone, T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega, G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas, J. B. Foresman, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2016.
  14. E.F. Pettersen, T.D. Goddard, C.C. Huang, G.S. Couch, D.M. Greenblatt, E.C. Meng, and T.E. Ferrin, “UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis,” J. Comput. Chem., 13, 1605-1612, 2004.
  15. A.D. Becke, “Density-functional exchange-energy approximation with correct asymptotic behavior,” Phys. Rev. A, 38, 3098-3100, 1988.
  16. C. Lee, W. Yang, and R.G. Parr, “Development of the Colle-Salvetti correlation-energy formula into a functional of the electron density,” Phys. Rev. B, 37, 785-789, 1988.