KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi / 2019 / Cilt: 30 - Sayı: 1

Küçük alt ünite ribozomal RNA gen analizine dayanarak Türkiye’nin Karadeniz kıyılarından Merlangius merlangus euxinus’u (Linnaeus, 1758) enfekte eden Hysterothylacium aduncum (Nematoda: Raphidascarididae) larvasının moleküler karakterizasyonu

Molecular characterization of Hysterothylacium aduncum (Nematoda: Raphidascarididae) larvae infecting Merlangius merlangus euxinus (Linnaeus, 1758) from the Turkish Black Sea coast based on mitochondrial small subunit ribosomal RNA gene analysis

Gökmen Zafer PEKMEZCİ
Sayfa
64–69
Yayın Tarihi
2019-06-30
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu çalışma ile ilk kez Karadeniz'den H. aduncum’un mitokondriyal rrnS geni moleküler olarak karakterize edildi.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Türkiye sularında Hysterothylacium cinsinin taksonomisi eksik ve belirsizdir.
📊
Temel Bulgular & Veri:H. aduncum’un nükleer ribozomal ITS gen bölgesi (ITS-1, 5.8S subunit, ITS-2) ile küçük alt ünite mitokondriyal ribozomal RNA (rrnS) gen bölgesi çoğaltıldı ve sekanslandı.
💡
Sonuç & Katkı:Bu çalışma ile ilk kez Karadeniz'den H. aduncum’un mitokondriyal rrnS geni moleküler olarak karakterize edildi.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Hysterothylacium aduncum · Moleküler Karakterizasyon · Mitokondriyal rrnS geni

Özet

Türkiye sularında Hysterothylacium cinsinin taksonomisi eksik ve belirsizdir. Bu araştırmada Türkiye’nin Karadeniz kıyılarında avlanan Merlangius merlangus euxinus’da H. aduncum larvaları morfolojik olarak teşhis edildi. H. aduncum’un nükleer ribozomal ITS gen bölgesi (ITS-1, 5.8S subunit, ITS-2) ile küçük alt ünite mitokondriyal ribozomal RNA (rrnS) gen bölgesi çoğaltıldı ve sekanslandı. BLAST analizleri H. aduncum’un mevcut ITS dizilerilerinin daha önce Türkiye Karadeniz’den kayıt edilen H. aduncum’un referans dizisiyle (erişim numarası JX413596) aynı olduğunu gösterdi. Türkiye Karadeniz’den H. aduncum türünün rrnS geni (MK886768), H. aduncum'un Akdeniz (MF000685-MF000691) ile Çin sularındaki (MF140344) izolatları ile %97.94-99.56 arasında benzerlik gösterdi. Bununla birlikte, Türkiye Karadeniz’den elde edilen H. aduncum’un rrnS dizisi ile H. aduncum'un Akdeniz (MF000685-MF000691) ile Çin sularındaki (MF140344) diğer izolatlarının ikili karşılaştırmasında %0,2 ile %1,7 arasında farklılık gözlendi. Bu çalışma ile ilk kez Karadeniz'den H. aduncum’un mitokondriyal rrnS geni moleküler olarak karakterize edildi.

Abstract

The taxonomy of Hysterothylacium genus remains incomplete and unclear in Turkish waters. In the present study, H. adumcum larvae were morphologically identified from Merlangius merlangus euxinus in the Black Sea, Turkey. The nuclear ribosomal ITS regions (ITS-1, 5.8S subunit, ITS-2) and the small subunit of the mitochondrial ribosomal RNA (rrnS) gene of H. aduncum were amplified and sequenced. The BLAST analysis indicated that present ITS sequences of H. aduncum were identical to that of the reference sequence of H. aduncum (accession no JX413596) recorded previously from the Black Sea, Turkey. The present rrnS gene of H. aduncum from the Black Sea, Turkey (MK886768) showed 97.94 to 99.56% identity with isolates of H. aduncum from the Mediterranean Sea (MF000685-MF000691) and the Chinese waters (MF140344). Moreover, pairwise comparison between the rrnS sequences of the H. aduncum from the Black Sea, Turkey (MK886768) and others H. aduncum isolates from the Mediterranean Sea (MF000685-MF000691), the Chinese waters (MF140344) showed differences ranged from 0.2 and 1.7%. With the present study, H. aduncum from the Black Sea was characterized for the first time by sequencing of the mitochondrial rrnS gene.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

PEKMEZCİ, G. Z. (2019). Küçük alt ünite ribozomal RNA gen analizine dayanarak Türkiye’nin Karadeniz kıyılarından Merlangius merlangus euxinus’u (Linnaeus, 1758) enfekte eden Hysterothylacium aduncum (Nematoda: Raphidascarididae) larvasının moleküler karakterizasyonu. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, Cilt: 30 - Sayı: 1, 64–69. https://ajindex.com/articles/118599

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (9)

  1. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ, (1990). Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215, 403-410.
  2. Amor N, Farjallah S, Merella P, Said K, Ben Slimane B, (2011). Molecular characterization of Hysterothylacium aduncum (Nematoda: Raphidascaridae) from different fish caught off the Tunisian coast based on nuclear ribosomal DNA sequences. Parasitol Res. 109, 1429-1437. Berland B, (1961). Nematodes from some Norwegian marine fishes. Sarsia 2, 1-50. Berland B, (1991). Hysterothylacium aduncum (Nematoda) in fish. ICES. 44, 1-4.
  3. Costa A, Graci S, Cammilleri G, Buscemi MD, Collura R, Vella A, Ferrantelli V, (2018). Molecular identification of Hysterothylacium spp. in fishes from the Southern Mediterranean Sea (Southern Italy). J Parasitol. 104(4), 398-406. D’Amelio S, Barros NB, Ingrosso S, Fauquier DA, Russo R, Paggi L, (2007). Genetic characterization of members of the genus Contracaecum (Nematoda: Anisakidae) from fish-eating birds from west-central Florida, USA, with evidence of new species. Parasitology 134, 1041-1051. Felsenstein J, (1985). Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39, 783-791.
  4. Gazzonis AL, Cavallero S, Zanzani SA, Olivieri E, Malandra R, Ranghieri R, D’ Amelio S, Manfredi MF, (2017). Anisakis sp. and Hysterothylacium sp. larvae in anchovies (Engraulis encrasicolus) and chub mackerel (Scomber colias) in the Mediterranean Sea: Molecular identification and risk factors. Food Cont. 80, 366-373.
  5. Guo YN, Xu Z, Zhang LP, Hu YH, Li L, (2014). Occurrence of Hysterothylacium and Anisakis nematodes (Ascaridida: Ascaridoidea) in the tanaka’s snailfish Liparis tanakae (Gilbert & Burke) (Scorpaeniformes: Liparidae). Parasitol Res. 113(4), 1289-1300.
  6. Hillis DM, Bull JJ, (1993). An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis. Syst Biol. 42, 182-192.
  7. Keskin E, Koyuncu CE, Genc E, (2015). Molecular identification of Hysterothylacium aduncum specimens isolated from commercially important fish species of Eastern Mediterranean Sea using mtDNA cox1 and ITS rDNA gene sequences. Parasitol Int. 64(2), 222-228.
  8. Klimpel S, Kleinertz S, Hanel R, Rückert S, (2007). Genetic variability in Hysterothylacium aduncum, a raphidascarid nematode isolated from sprat (Sprattus sprattus) of different geographical areas of the northeastern Atlantic. Parasitol Res. 101, 1425-1430.
  9. Kumar S, Stecher G, Tamura K, (2016). MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0