Determination of DNA fingerprinting of Turkish fat-tailed sheep breeds by RAPD-PCR method

Türkiye yağlı kuyruklu koyun ırklarında DNA parmak izinin RAPD-PCR yöntemi kullanılarak saptanması

Abstract

The aim of this research was to determine the genetic structure of Turkish fat-tailed sheep breeds (Akkaraman, Güney Karamanı, Morkaraman, Dağlıç, ivesi, Karakaş, Tuj and Norduz) using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers. By using 12 RAPD primers in 125 sheep obtained 218 polymorphic loci which were determined. Average allele number (na), average effective number of allel (ne), average heterozygosity (H), average expected heterozygosity (hj) Shannon's constant (H0), polymorphic loci number (np) and polymorphic loci ratio (Ppoly) were found as 2.00, 1.6256, 0.3636, 0.1784, 0.5408, 218 and 100 %, respectively. Used to determine genetic differences between sheep population; genetic diversity coefficient (HT), average heterozygosity within populations (HS) and total heterozygosity were found as 0.5117, 0.1784 and 0.3654, respectively. Genetic distance between sheep populations (D) was changed from 0.1349 to 0.5563. According to cluster analysis result, Akkaraman, Güney Karaman and Morkaraman created a cluster, Tuj breed was more close than ivesi to first cluster. Dağlıç and Karakaş took place another cluster. Norduz breed appeared to be most distance from other sheep breeds.

Özet

Bu araştırmada, Türkiye’de yetiştirilen yağlı kuyruklu koyun ırklarının (Akkaraman, Güney Karamanı, Morkaraman, Dağlıç, ivesi, Karakaş, Tuj ve Norduz) genetik yapılarının RAPD (Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA) markerleri kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada 12 RAPD primeri kullanılarak 125 koyundan elde edilen 218 lokusun tamamı polimorfik bulunmuştur. Bu araştırmada, ortalama allel sayısı (na) 2.000, ortalama etkili allel sayısı (ne) 1.6256, beklenen ortalama heterozigotluk (hj) 0.1784, ortalama heterozigotluk (H) 0.3636, Shannon sabiti (H0) 0,5408, polimorfik lokus sayısı (np) 218 ve polimorfik lokus oranı (Ppoly) % 100 olarak tespit edilmiştir. Koyun populasyonları arasındaki genetik farklılıkların belirlenmesinde kullanılan genetik farklılaşma katsayısı (GST) 0.5117, populasyonlar içi ortalama heterozigotluk (HS) 0.1784 ve toplam heterozigotluk (HT) 0.3654 olarak bulunmuştur. Koyun populasyonları arasındaki genetik mesafe değerleri (D) 0.1349-0.5563 arasında yer almıştır. Kümeleme analizi sonucuna göre; Akkaraman, Güney Karaman ve Morkaraman ırkları bir kümede, Tuj birinci kümeye yakın, ivesi ırkı bu ana kümeyle birleşmiştir. Dağlıç ve Karakaş diğer kümeyi oluşturmuş, Norduz ırkı ise diğer koyun ırklarından farklı yerde yer almıştır.