Journals / Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2012 / Cilt: 18 - Sayı: 2
MYF6 mRNA ifadesinin domuzlarda et kalitesi ile ilişkisi ve eQTL analizi
- Pages
- 235–242
- DOI
- —
Abstract
The aim of this research was to measure mRNA expression of porcine MYF6 (myogenic factor 6, also known in the medical literature as herculin and myogenic regulatory factor 4, MRF4) and to perform association study with meat quality traits as well as to unravel the transcriptional regulation of this gene by expression QTL (eQTL) study. For this purpose, Duroc × Pietrain F2 resource population (DuPi; n = 313) were used for association and eQTL study. The mRNA levels in Longissimus dorsi muscle tissue of MYF6 gene were evaluated by using qRT-PCR to identify association between gene expression and meat quality traits as well as to analyse eQTL. The mRNA expression of MYF6 associated with conductivity24L (P<0.01) and pH24L (P<0.1). Expression of MYF6 gene was higher in animals with high pH and conductivity of muscle. Linkage analysis using GridQTL revealed 4 trans-regulated eQTL on four porcine autosomes. Significant eQTL [P<0.01, CW (chromosome-wide)] were found for MYF6 on SSC2. A suggestive eQTL (P<0.05, CW) was identified on SSC8. These results revealed that gene expression of MYF6 associated with the meat quality traits and this gene could be potential functional candidate gene for meat quality traits in pigs. However, the analysis of eQTL also suggested that additional genes encoding for transcription factors (TF) could be considered, via fine-mapping underlying the eQTL peaks, in order to understand interaction among these genes.
Özet
Bu çalışmanın amacı literatürde herculin ve myogenic factor 4 (MRF4) olarak ta bilinen domuz MYF6 (myogenic factor 6) geninin et kalite özellikleri ile ilişkisi belirlenmesi ve transkripsiyon seviyesinde gen ifadesinin kontrölünün QTL (eQTL) yöntemiyle incelenmesidir. Bu amaçla, Duroc × Pietrain F2 deneysel populasyonu (DuPi; n = 313) asosiyasyon ve eQTL analizleri icin kullanılmıştır. MYF6 geninin mRNA düzeyleri Longissimus dorsi kas dokusu hücrelerinde asosiyasyon ve eQTL analizi icin qRT-PCR kullanılarak ölçülmüştür. MYF6 genin mRNA düzeyi iletkenlik24L (P<0.01) ve pH24L (P<0.1) ile ilişkili bulunmuştur. MYF6 ifade düzeyi iletkenliğin ve pH’nın yüksek olduğu kaslarda daha yüksek olarak bulunmuştur. GridQTL kullanılarak yapılan bağlantı analizinde dört domuz otozomal kromozomu üzerinde 4 trans-kontrollü eQTL tespit edilmiştir. SSC2 üzerinde MYF6 ifadesi için istatistiki olarak önemli eQTL [P<0.01, KÇ (kromozomal çapta)] bulunmuştur. SSC8 üzerinde önerim düzeyinde bir eQTL tespit edilmiştir (P<0.05, KÇ). Bu sonuçlar MYF6 ifadesinin et kalite özellikleri ile ilişkili olduğunu ve bu genin domuzlarda et kalitesinden sorumlu fonksiyonel bir aday gen olabileceğini göstermiştir. Ancak eQTL analizleri sonucunda, genler arasındaki etkileşimin anlaşılabilmesi için, detaylı haritalama çalışmaları ile eQTL bölgesindeki transkripsiyon faktörlerini (TF) kodlayan genlerin incelenmesi gerekmektedir.