AI Summary & Key Takeaways
AI InsightConclusion: The results of the study support the literature knowledge, wherethe copy number variations that cannot be detected with conventional cytogenetics methods in terms of size may happen in patients with ASD.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Aim: The development of whole-genome screening methodologies for the detection of copy number variations (CNVs), such as array-based comparative genomic hybridization (aCHG), provides a much higher resolution than karyotyping leading to the identification of novel microdeletion and microduplication syndromes often associated with an autism spectrum disease (ASD) phenotype. The aim of the study was to determine CNVs of patients with ASD by using array-based comparative genomic hybridization. Methods: Fifty-three patients diagnosed with ASD between 20.01.2014 and 14.01.2015 were included in the study. Chromosome analysis of the patients was performed from peripheral blood cultures and analysed as normal. All patients were evaluated with P064C1 and P096A2 MLPA probes in terms of 16 mental retardation related syndromes. For aCGH method, SurePrint G3 Human microarrays 8x60K were used with genomic DNA isolated from peripheral blood. Results: According to results of 53 patients who were included in andperformed with arrayCGH, 8 (15%) patients had CNVs classified as pathogenic or variant of unknown significance (VOUS) in the study. We detected a pathogenic NRXN1 gene partial CNV deletion (2p16.3) in two patients. Also we identified a 900 kb duplication of 4p15.31 including SLIT2 gene, and a 245 kb duplication of 15q11.2 including PWRN1 gene in one patient. Our other findings are considered to be a variant of unknown significance (VOUS). Conclusion: The results of the study support the literature knowledge, wherethe copy number variations that cannot be detected with conventional cytogenetics methods in terms of size may happen in patients with ASD.
Özet
Amaç: Kopya sayısı değişikliklerinin (KSD) tespiti için karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (KGH) gibi tüm genom tarama yöntemlerinin geliştirilmesi sayesinde sıklıkla otizm spektrum bozukluğu (OSB) fenotipi ile ilişkilendirilebilecek yeni mikrodelesyon ve mikroduplikasyon sendromları, karyotipleme yönteminden çok daha yüksek bir çözünürlükle tespit edilebilmektedir. Çalışmada KGH yöntemi kullanılarak OSB olan hastalarının KSD’lerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya 20.01.2014–14.01.2015 tarihleri arasında OSB tanısı koyulan 53 hasta dahil edildi. Hastaların kromozom analizi, periferik kan kültürlerinden yapıldı ve normal karyotipe sahip oldukları belirlendi. Tüm hastalar mental retardasyonla ilişkilendirilen 16 sendrom bölgesini kapsayan P064C1 ve P096A2 MLPA problarıyla analiz edildi. Periferik kandan izole edilen genomik DNA’larda, KGH yöntemi için 8x60K SurePrint G3 insan mikrodizin kiti kullanıldı. Bulgular: Çalışmada, KGH yöntemi kullanılarak analiz edilen 53 hastanın sonuçlarına göre, sekiz (%15) hastada patojenik veya klinik önemi bilinmeyen varyant olarak sınıflandırılan KSD’ler belirlendi. İki hastada patojenik NRXN1 geni kısmi KSD delesyonu (2p16,3) saptandı. Ayrıca, bir hastada SLIT2 genini de kapsayan 900 kb büyüklüğünde 4p15,31 duplikasyonu ve PWRN1 genini de içeren 245 kb büyüklüğünde 15q11,2 duplikasyonu tespit edildi. Diğer bulgular ise klinik önemi bilinmeyen varyant olarak değerlendirilmiştir. Sonuç: Çalışmanın sonuçları, OSB hastalarında geleneksel sitogenetik yöntemlerle saptanamayan KSD’lerin tespitinde KGH’ın başarı ile kullanılabileceğini ileri süren literatür bilgilerini desteklemektedir.