Journals / Klimik Dergisi / 2016 / Cilt: 29 - Sayı: 2

Are Commercial Systems Used for the Identification of Yeasts Enough Alone?: A Case Report

Mayaların Tanımlanmasında Kullanılan Ticari Sistemler Tek Başına Yeterli mi?: Bir Olgu Sunumu

Pages
96–99
Publication Date
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

In conclusion, this case report demonstrated that there is a need for confirmation of results with conventional methods for determination of rare species such as Trichosporon spp. identified with commercial systems based on biochemical properties, and antifungal susceptibility tests should be performed in clinical microbiology laboratories.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:Infections developing due to Trichosporon species especially in immunosuppressed patients have started to increase also in our country as well as in the world.
📊
Key Findings & Data:Accurate and rapid identification of yeast species is very important to ensure determination of the appropriate antifungal agent in treating these infections.
💡
Conclusion & Impact:In conclusion, this case report demonstrated that there is a need for confirmation of results with conventional methods for determination of rare species such as Trichosporon spp. identified with commercial systems based on biochemical properties, and antifungal susceptibility tests should be performed in clinical microbiology laboratories.
🔬Design:Research Article
📍Scope:2016 Verileri
⚙️Variables:Domain Parameters

Abstract

Infections developing due to Trichosporon species especially in immunosuppressed patients have started to increase also in our country as well as in the world. Some difficulties have been encountered in identification and treatment of Trichosporon spp. which are relatively more resistant to antifungal treatment. Accurate and rapid identification of yeast species is very important to ensure determination of the appropriate antifungal agent in treating these infections. Due to long time span and intense effort required, determination using conventional methods has recently been replaced by common use of commercial systems allowing rapid identification. However, the commercial systems used to determine yeasts are reported to have higher correct identification rates for frequently isolated species, whereas lower rates for rarer species. In this report, we aimed to address that the commercial systems are enough alone for identification by evaluating a case of urinary tract infection with a positive urine culture yielding yeasts. A urine culture revealed dry, wrinkled, waxy, pink, yeast-like colonies on blood agar and eosin-methylene blue agar after a 24-hour incubation. These colonies were identified as Cryptococcus sp. using VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) system. On the other hand, this isolate had been demonstrated as Trichosporon asahii by microscopic and macroscopic appearance, carbohydrate assimilation test results and urease positivity. Additionally, antifungal susceptibility of isolate was determined using microdilution (amphotericin B, voriconazole, fluconazole) and Etest® (AB Biodisk, Solna, Sweden) methods (caspofungin, anidulafungin) according to Clinical Laboratory Standards Institute M27-A3 standard. In conclusion, this case report demonstrated that there is a need for confirmation of results with conventional methods for determination of rare species such as Trichosporon spp. identified with commercial systems based on biochemical properties, and antifungal susceptibility tests should be performed in clinical microbiology laboratories. Klimik Dergisi 2016; 29(2): 96-9

Özet

Trichosporon türlerine bağlı gelişen infeksiyonlar, özellikle immünosüprese hastalarda olmak üzere, tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de artan sıklıkta görülmektedir. Antifungal tedaviye göreceli olarak daha dirençli olan Trichosporon türlerinde tanı ve tedavi açısından çeşitli zorluklar dikkati çekmektedir. Bu tür infeksiyonların tedavisinde kullanılacak uygun antifungal ilaçların belirlenebilmesi için, maya türlerinin doğru ve hızlı tanımlanması oldukça önemlidir. Maya türlerinin geleneksel yöntemlerle tanımlanması, uzun zaman ve yoğun emek gerektirdiğinden, son zamanlarda hızlı tanımlama sağlayan ticari sistemler yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bununla birlikte bu ticari sistemlerin doğru tanımlama oranlarının, sık izole edilen türlerde daha yüksek, nadir türlerde ise daha düşük olduğu bildirilmektedir. Bu yazıda, üriner sistem infeksiyonu olan ve idrar kültüründe maya üreyen bir olgunun değerlendirilmesiyle, ticari sistemlerin tanımlamada tek başına yeterliliğinin irdelenmesi amaçlanmıştır. Kanlı agarda ve eozin-metilen mavisi agarında kültürü yapılan bir idrar örneğinde 24 saatte kuru, buruşuk, mumsu, pembe renkli maya benzeri koloniler üremiştir. Bu koloniler VITEK® 2 (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) sistemiyle Cryptococcus sp. olarak tanımlanmıştır. Buna karşılık, mikroskopik ve makroskopik görünümleri, karbonhidrat asimilasyon testi sonuçları ve üreaz pozitifliği, izole edilen suşun Trichosporon asahii olduğunu göstermiştir. Suşun Clinical Laboratory Standards Institute M27-A3 standardına göre mikrodilüsyon (amfoterisin B, vorikonazol, flukonazol) ve Etest® (AB Biodisk, Solna, İsveç) yöntemleriyle (kaspofungin, anidulafungin) antifungal duyarlılığı da belirlenmiştir. Sonuç olarak bu olgu sunumu göstermiştir ki, klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında, biyokimyasal özellikleri esas alan ticari sistemlerle nispeten nadir görülen Trichosporon spp. gibi maya türleri tanımlandığında, sonuçların geleneksel yöntemlerle de doğrulanması ve antifungal duyarlılık çalışmalarının yapılması gerekmektedir. Klimik Dergisi 2016; 29(2): 96-9

🔖

Cite This Article

NEDRET, A. K., ATALAY, M. A., ÇALGIN, M. K., ÇETİNKOL, Y., ALTUNÇİÇEK, A. Y. (2022). Are Commercial Systems Used for the Identification of Yeasts Enough Alone?: A Case Report. Klimik Dergisi, Cilt: 29 - Sayı: 2, 96–99. https://ajindex.com/articles/573574

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (10)

  1. Sun W, Su J, Xu S, Yan D. Trichosporon asahii causing nosoco- mial urinary tract infections in intensive care unit patients: geno- types, virulence factors and antifungal susceptibility testing. J Med Microbiol. 2012; 61(Pt 12): 1750-7.
  2. Achkar JM, Fries BC. Candida infections of the genitourinary tract. Clin Microbiol Rev. 2010; 23(2): 253-73.
  3. Atalay MA, Koç AN, Sav H, Demir G. Yatan hastaların idrar kültür- lerinden izole edilen Candida türleri ve antifungal duyarlılıkları. Türk Hijyen Den Biyol Derg. 2013; 70(4): 185-90. Kaufmann CA. Diagnosis and management of fungal urinary tract infection. Infect Dis Clin North Am. 2014; 28(1): 61-74.
  4. Karabıçak N, Uludağ Altun H, Karatuna O, et al. Mikrobiy- oloji laboratuvarlarında maya türlerinin tanımlanmasında sık kullanılan ticari sistemlerin değerlendirilmesi: çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyol Bül. 2015; 49(2): 210-20.
  5. Graf B, Adam T, Zill E, Göbel UB. Evaluation of the VITEK 2 sys- tem for rapid identification of yeasts and yeast-like organisms. J Clin Microbiol. 2000; 38(5): 1782-5. Basic Local Alignment Search Tool [İnternet]. Bethesda MD, USA: National Center for Biotechnology Information [erişim 20 Şubat 2016]. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Clinical Laboratory Standards Institute. Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts. Ap- proved Standard. 3rd ed. CLSI document M27-A3. Wayne, PA: CLSI, 2008.
  6. Nayman Alpat S, Özgüneş İ, Ertem OT, et al. Kandidürisi olan hastalarda risk faktörlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bül. 2011; 45(2): 318-24. Kauffman CA1, Fisher JF, Sobel JD, Newman CA. Candida uri- nary tract infections--diagnosis. Clin Infect Dis. 2011; 52(Suppl. 6): S452-6. Paul N, Mathai E, Abraham OC, Michael JS, Mathai D. Factors associated with candiduria and related mortality. J Infect. 2007; 55(5): 450-5.
  7. Freydiere AM, Guinet R, Boiron P.Yeast identification in the clini- cal microbiology laboratory: phenotypical methods. Med Mycol. 2001; 39(1): 9-33.
  8. Borman AM, Szekely A, Palmer MD, Johnson EM. Assessment of accuracy of identification of pathogenic yeasts in microbiol- ogy laboratories in the United Kingdom. J Clin Microbiol. 2012; 50(8): 2639-44.
  9. Hata DJ, Hall L, Fothergill AW, Larone DH, Wengenack NL. Mul- ticenter evaluation of the new VITEK 2 advanced colorimetric yeast identification card. J Clin Microbiol. 2007; 45(4): 1087-92.
  10. Meletiadis J, Arabatzis M, Bompola M, et al. Comparative evalu- ation of three commercial identification systems using co