AI Summary & Key Takeaways
AI InsightSimilar to the previous reports from Turkey, our results showed that four HCV genotypes (1, 2, 3, and 4) prevailed in the Eastern Black Sea Region and the predominant genotype and subtype were genotype 1 (92.8%) and 1b (87.5%), respectively.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Hepatitis C virus (HCV), the major cause of transfusion-associated hepatitis, is an important public health problem in the world as well as in Turkey. HCV is grouped as six distinct genotypes and a large number of closely-related subtypes. Genotyping of HCV is an important tool for providing epidemiological data, prediction of prognosis, and optimization of antiviral therapy. This study was carried out to determine the distribution of HCV genotypes in hepatitis C patients residing in different provinces of the Eastern Black Sea Region, Turkey. A total of 304 HCV-RNA positive cases (151 male, 153 female; age range: 11-93 years, mean age: 55.2 ± 13.3 years) who were admitted to the Molecular Microbiology Unit of Department of Medical Microbiology, Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, between January 2009 to December 2012, were included in the study. HCV genotypes were detected in plasma samples of the patients by using commercial assays [INNO-LiPA HCV II (Innogenetics, Belgium) or Abbott RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular Inc, USA)]. Due to the ambiguous genotyping results in some samples with these methods, an in-house multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay with genotype-specific primers was also used in the study. Similar to the previous reports from Turkey, our results showed that four HCV genotypes (1, 2, 3, and 4) prevailed in the Eastern Black Sea Region and the predominant genotype and subtype were genotype 1 (92.8%) and 1b (87.5%), respectively. Distrubution of genotypes were observed to vary according to the province. Prevalences of subtype 1a, genotype 2, 3, and 4 were noted as 5.3%, 1.6%, 4.9%, and 0.7%, respectively. Furthermore, the samples from Giresun, Gumushane and Bayburt provinces, which are relatively less immigrated, had higher genotype 1, and the prevalence rates in the region was affected by the presence of non-citizen residents. This study is the first report on distribution of HCV genotypes in chronic hepatitis C patients living in the provinces of Eastern Black Sea Region. Moreover, genotype-specific multiplex PCR assay could be useful in resolving certain methodological problems such as “ghost bands” encountered in line probe assay (Li- PA) and multiple genotypes (including genotype 4) observed in real-time PCR during the characterization of HCV genotypes seen in Turkey.
Özet
Hepatit C virusu (HCV), transfüzyonla ilişkili kronik hepatitin majör etkeni olup, tüm dünyada olduğu gibi Türkiye’de de önemli bir halk sağlığı sorunudur. Altı majör genotipi ve çok sayıda yakın ilişkili alttipleri olan HCV’nin genotiplendirmesi; epidemiyolojik verilerin toplanması, antiviral tedavinin şekillendirilmesi ve prognozun belirlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Türkiye’nin Doğu Karadeniz Bölgesi illerinde yaşayan HCV-RNA pozitif bireylerde, HCV genotip dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2009-Aralık 2012 tarihleri arasında Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarı Moleküler Mikrobiyoloji Birimine kabul edilen, HCV-RNA pozitif 304 hasta (151 erkek, 153 kadın; yaş aralığı: 11-93 yıl, yaş ortalaması: 55.2 ± 13.3 yıl) dahil edilmiştir. Hastalara ait plazma örneklerinde HCV genotipleri ticari yöntemler [INNO-Li- PA HCV II (Innogenetics, Belçika) veya Abbott RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular Inc, ABD)] kullanılarak belirlenmiştir. Bu yöntemler ile bazı örneklerde ortaya çıkan şüpheli genotip sonuçları nedeniyle, çalışmada ayrıca genotipe özgül primerlerin kullanıldığı “in house” bir multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi de uygulanmıştır. Çalışmamızda, ülkemizin genel verilerine paralel olarak, Doğu Karadeniz Bölgesi’nde illere göre değişen oranlarda dört genotipin (1, 2, 3 ve 4) var olduğu; baskın genotipin 1 (%92.8) ve baskın alttipin 1b (%87.5) olduğu gösterilmiştir. HCV alttip 1a, genotip 2, 3 ve 4 prevalansı ise sırasıyla %5.3, %1.6, %4.9 ve %0.7 oranlarında belirlenmiştir. Ayrıca çalışmada, göreceli olarak daha az göç alan Giresun, Gümüşhane ve Bayburt’ta HCV genotip 1’in daha yüksek olduğu ve Trabzon, Rize ve Artvin’e ait verilerin yabancı uyruklu hasta yerleşiminden etkilendiği gözlenmiştir. Bu çalışma, Doğu Karadeniz Bölgesi illerinde yaşayan kronik hepatit C hastalarındaki HCV genotip dağılımı verilerinin sunulduğu ilk araştırmadır. Ayrıca bu çalışmada, HCV genotiplendirmesinde kullanılan ticari “line probe assay” (LiPA) testinde karşılaşılan “hayalet bant” ve gerçek zamanlı PCR testinde karşılaşılan genotip 4 içeren çoklu genotip saptanması gibi yöntemsel sorunların çözümünde, genotipe özgül multipleks PCR yönteminin Türkiye’de görülen genotipleri tanımlamada yararlı olabileceği kanısına varılmıştır.