AI Summary & Key Takeaways
AI InsightEven though the low sensitivity of DFA restricts its use in routine diagno sis of adenovirus infections, it should always be kept in mind that the quality of the clinical samples is most reliably evaluated by this method.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Adenoviruses which are one of the causative agents of acute respiratory tract infections at all age groups worldwide, can lead to epidemic, endemic or sporadic infections year-round. Adenovirus infections in lower respiratory tract can be presented as bronchitis, bronchiolitis and pneumonia. The aim of this study was to investigate the presence of adenoviruses as the etiologic agent of lower respiratory tract infections (LRTIs) in children by cell culture, polymerase chain reaction (PCR) and direct fluorescence antibody (DFA) test. The results of the laboratory tests were evaluated in the light of patients clinical findings. The study consisted of 206 patients aged between 0-5 years old and who were admitted to the hospital with the complaints of LRTI between January 2011 and April 2012. The clinical, radiological and laboratory findings of the patients were recorded. Nasopharyngeal specimens were taken with flocked swab from all patients and adenoviruses were investigated by shell-vial cell culture, real-time PCR and DFA test, simultaneously. Of all the samples 89.3% were taken in January, February and March and 38% of the patients have one or more chronic underlying diseases as chromosomal abnormalities, congenital heart disease, heart failure, asthma, cystic fibrosis, leukemia, kidney failure and prematurity. Adenovirus was detected in 12 (5.8%) of the samples by PCR, seven (3.4%) of the samples by cell culture method. While seven samples were found positive with both PCR and cell culture, 194 samples yielded negative results in both tests. Five samples, which were found positive by PCR, were not grown in cell culture method. Twelve of the 153 samples examined with DFA test, could not be evaluated due to insufficient amount of cells, however 2.8% (4/141) of the samples were found positive for adenovirus antigens by DFA method. Those samples were also positive ones in the other two methods. Compared with cell culture, the sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of PCR were 100%, 97.5%, 58.3% and 100%, respectively; those values were 57%,100%,100% and 97.7%, respectively for DFA testing. Compared to PCR the sensitivity of cell culture is very low (16.6%) after three days of incubation, however, it increased to 58.3% after five days of incubation. There was no significant relationship between adenovirus positivity and the presence of chronic diseases, the radiological findings and the laboratory findings. Of all adenovirus positive samples 83.3% were obtained in January, February and March. Our data indicated that the etiological agent was adenovirus in approximately 6% of children with LRTI. The most important step for the isolation of adenovirus from respiratory tract, is high quality and sufficient amounts of sample. The flexible flocked swabs made it easy to take nasopharyngeal swab from children. Although cell culture is still the gold standard for the diagnosis of adenovirus infections, PCR which is a fast method with high sensitivity and specificity can also be used. However, specific care should be taken during the DNA extraction stage, since the amount of the nucleic acid in the sample is critical for the best results. Even though the low sensitivity of DFA restricts its use in routine diagno sis of adenovirus infections, it should always be kept in mind that the quality of the clinical samples is most reliably evaluated by this method.
Özet
Adenoviruslar tüm dünyada epidemik, endemik veya sporadik olarak yıl boyunca ve her yaşta görülebilen akut solunum yolu enfeksiyonlarına yol açmaktadır. Adenovirus enfeksiyonları alt solunum yollarına ilerleyerek, bronşit, bronşiyolit ve pnömoni tablolarına da sebep olmaktadır. Bu çalışmada alt solunum yolu enfeksiyonu (ASYE) olan çocuklarda etken olarak adenovirusların hücre kültürü, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve direkt floresan antikor testi (DFA) yöntemleriyle araştırılması ve sonuçların hastaların klinik bulgularıyla birlikte değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2011-Nisan 2012 tarihleri arasında hastanemize başvuran ve ASYE tanısı konulan 0-5 yaş arasındaki 206 hasta alınmıştır. Hastaların klinik, radyolojik ve laboratuvar bulguları kaydedilmiştir. Tüm hastalardan nazofarengeal sürüntü örnekleri flocked eküvyon ile alınarak, shell-vial hücre kültürü, gerçek zamanlı PCR ve DFA testi ile adenovirus varlığı araştırılmıştır. Örneklerin %89.3ü Ocak, Şubat ve Mart aylarında alınmış olup, %38inde eşlik eden kromozomal anomali, konjenital kalp hastalığı, kalp yetmezliği, astım, kistik fibrozis, lösemi, böbrek yetmezliği ve prematürite gibi bir veya birden fazla kronik hastalık bulunmaktadır. Örneklerin 12 (%5.8)sinde PCR ile, 7 (%3.4)sinde hücre kültürü ile adenovirus pozitifliği saptanmıştır. Yedi (%3.4) örnek hem hücre kültürü hem de PCR ile pozitifken, 194 (%94.2) örnek her iki testle de negatif bulunmuştur. PCR ile pozitif bulunan beş örnek hücre kültüründe ürememiştir. DFA testi ile incelenen 153 örnekten 12si hücre miktarı yetersiz olduğundan değerlendirilememiş, geri kalan örneklerin %2.8 (4/141)inde adenovirus antijenleri saptanmıştır. Bu örnekler diğer iki testle de pozitif bulunan örneklerdir. Hücre kültürüyle karşılaştırıldığında PCR testinin duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değeri sırasıyla %100, %97.5, %58.3, %100; DFA testinin ise sırasıyla %57, %100, %100, %97.7 olarak belirlenmiştir. PCR testi ile karşılaştırıldığında hücre kültürünün duyarlılığı, üç günlük inkübasyon sonrasında çok düşükken (%16.6), beş günlük inkübasyon sonrasında %58.3e yükselmiştir. Adenovirus pozitifliği, kronik hastalık varlığı, radyolojik bulgular ve laboratuvar bulgularıyla ilişkili bulunmamıştır. Adenovirus pozitif örneklerin %83.3ünün Ocak, Şubat ve Mart aylarında alınan örnekler olduğu izlenmiştir. Sonuç olarak çalışmamızda, ASYE olan çocukların yaklaşık %6sında adenovirusların etken olduğu saptanmıştır. Solunum yollarında adenovirus izolasyonunda en önemli basamak kaliteli ve yeterli miktarda örnek alınmasıdır. Esnek flocked eküvyonlar çocuklarda nazofarengeal sürüntü örneği alınmasını kolaylaştırmaktadır. Adenovirus enfeksiyonlarının tanısında altın standart hücre kültürü olmakla birlikte, tanıda yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip aynı gün sonuç veren PCR yöntemi kullanılabilir, ancak ekstraksiyon aşamasında yeterli örnek alınıp alınmadığı kontrol edilmelidir. DFAnın düşük duyarlılığı, kullanımını kısıtlamakla birlikte örnek kalitesinin bu yöntemle anlaşılabildiği akılda tutulmalıdır.