Journals / Hacettepe Journal of Biology and Chemistry / 2020 / Cilt: 48 - Sayı: 4

DNA from Leaf or Stem: A Comparative Work on Dianthus L. for DNA Barcoding Analysis with Four Commercial Extraction Kits

Pages
333–339
Publication Date
2020-07-06
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

Tüm ekstraksiyon kitleri PCR amplifikasyonu bakımından başarılı olmasına rağmen en yüksek verim GeneMATRIX kiti kullanılarak elde edilmiştir.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:GeneAll GenExTM Plant kiti, GeneMATRIX Plant & Fungi DNA Purification kiti, DNeasy Plant kiti ve E.Z.N.A.
📊
Key Findings & Data:Sonuçlar, DNA barkodlama çalışmalarında kullanılabilecek PCR başarısı bakımından değerlendirilmiştir.
💡
Conclusion & Impact:Tüm ekstraksiyon kitleri PCR amplifikasyonu bakımından başarılı olmasına rağmen en yüksek verim GeneMATRIX kiti kullanılarak elde edilmiştir.
🔬Design:Research Article
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Dianthus · DNA barcoding · DNA isolation

Abstract

GeneAll GenExTM Plant kiti, GeneMATRIX Plant & Fungi DNA Purification kiti, DNeasy Plant kiti ve E.Z.N.A. Plant DNA kiti yaprak ve gövde dokusu DNA barkodlama çalışmaları için kaliteli ve yüksek genomik DNA elde etmek amacıyla test edilmiştir. Geleneksel olarak yaprak dokusu genomik DNA kaynağı olarak kullanılmaktadır fakat Dianthus taksonları yaprak sklerankima dokusu nedeniyle bu bakımdan sorunludur. Genomik DNA, üretici firmanın sağladığı protokole göre elde edilmiştir ve yedi barkod bölgesi PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. DNA konsantrasyonu florometrik yöntemle ölçülmüş, PCR ürünleri agaroz jelde görüntülenmiştir. Sonuçlar, DNA barkodlama çalışmalarında kullanılabilecek PCR başarısı bakımından değerlendirilmiştir. Ayrıca, kullanılan ekstraksiyon kitleri zahmet, fiyat ve zaman bakımından değerlendirilmiştir. Sonuçlarımıza göre, yaprak ve gövde dokusundan genomik DNA ekstraksiyonu başarıyla gerçekleştirilmiştir. Tüm ekstraksiyon kitleri PCR amplifikasyonu bakımından başarılı olmasına rağmen en yüksek verim GeneMATRIX kiti kullanılarak elde edilmiştir.

🔖

Cite This Article

AYDIN, Z. U., ŞENOVA, M. K., KOCH, M., DÖNMEZ, A. (2020). DNA from Leaf or Stem: A Comparative Work on Dianthus L. for DNA Barcoding Analysis with Four Commercial Extraction Kits. Hacettepe Journal of Biology and Chemistry, Cilt: 48 - Sayı: 4, 333–339. https://ajindex.com/articles/255705

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (17)

  1. Z. Xin, J. Chen, A high throughput DNA extraction method with high yield and quality, Plant Methods, 8 (2012) 26
  2. M.P. Griffith, M. Porter, Back to the basics: A simple method of DNA extraction for mucilaginous cacti, Bradleya 21 (2003) 26–28
  3. J.F. Manen, O. Sinitsyna, L. Aeschbach, A.V. Marlov, A fully automatable enzymatic method for DNA extraction from plant tissues, BMC Plant Biol. Rep. 5 (2005) 23
  4. S. Bashalkhanov, O.P. Rajora, Protocol: A high-throughput DNA extraction system suitable for conifers, Plant Methods 4 (2008) 20
  5. J. Steenkamp, I. Wild, A. Lourens, P. Van Helden. Improved method for DNA extraction from Vitis vinifera, Am. J. Enol. Vit. 45 (1994) 102-106
  6. S.M. Aljanabi, I. Martinez, Universal and rapid salt-extraction of high quality genomic DNA for PCR based techniques, Nucleic Acids Res. 25 (1997) 4692-4693
  7. X. Xu, S. Kawasaki, T. Fujimura, C. Wang, A protocol for highthroughput extraction of DNA from rice leaves, Plant Mol. Biol. Rep. 23 (2005) 291-295
  8. E. Sözen, I. Poyraz, Rapid and high quality DNA isolation from Origanum onites for RAPD and ISSR analysis, Z Naturforsch C, 63c (2008) 595-598, 2008
  9. D. Yin, H. Liu, X. Zhang, D. Cui, A protocol for extraction of high-quality RNA and DNA from peanut plant tissues, Mol. Biotechnol. 49 (2011) 187-191
  10. S.D. Fehlberg, J.M. Allen, K. Church, A novel method of genomic DNA extraction for Cactaceae, Appl. Plant Sci. 1(3) (2013)
  11. Ç. Karaaslan, H. Akel, S. Ünlü, I. Perçin, Comparison of six commercial DNA extraction kits for DNA extraction from wheat, Hacettepe J. Biol. Chem. 42 (2014) 395-400
  12. İ. Poyraz, An efficient DNA isolation method from Nigella sativa L. (Ranunculaceae) seeds for RAPD and ISSR analysis, Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, 1 (2014) 2148-2330
  13. V.A. Scobeyeva, D.O. Omelchenko, L.M. Dyakov, A.S. Konovalov, A.S. Speranskaya, A.A. Krinitsina, Comparison of some plant DNA extraction methods. Russ. J. Genet. 5 (2018) 54
  14. J.J. Doyle, J.L. Doyle, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochemical Bulletin 19 (1987) 11-15
  15. D.E. Pearse, K.A. Crandall, F.S.T. Beyond, Analysis of population genetic data for conservation. Conserv. Genet. 5 (2004) 585-602
  16. J. Anerao, V. Jha, N. Desai, Optimization of DNA Extraction Methods from Garcinia species for ISSR-PCR, RAPD-PCR and DNA Barcoding, Asian J. Biotechnol. 9 (2017) 35-42
  17. M. Akkurt, Comparison between modified DNA extraction