Tür bazında moleküler filogenetik analiz yapılan bu çalışmada Kocaeli Üniversitesi’nde yayılış gösteren kertenkelelerin Podarcis siculus türüne (İstanbul Kertenkelesi) ait oldukları tespit edildi.
📌 3 Key Takeaways
🎯
Objective & Hypothesis:Kocaeli Üniversitesi Umuttepe Yerleşkesi’nde sıklıkla rastlanan kertenkeleler, moleküler düzeyde tür teşhisi yapılmak üzere yakalanıp, kuyruk bölgelerinden doku örnekleri alındı.
📊
Key Findings & Data:Ardından DNA izolasyonu, evrensel mitokondrial COI ve 16S rRNA primerleri kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve DNA dizi analizleri yapıldı.
💡
Conclusion & Impact:Tür bazında moleküler filogenetik analiz yapılan bu çalışmada Kocaeli Üniversitesi’nde yayılış gösteren kertenkelelerin Podarcis siculus türüne (İstanbul Kertenkelesi) ait oldukları tespit edildi.
🔬Design:Araştırma Makalesi
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Barkod Genleri · DNA · Filogenetik Analiz
Özet
Kocaeli Üniversitesi Umuttepe Yerleşkesi’nde sıklıkla rastlanan kertenkeleler, moleküler düzeyde tür teşhisi yapılmak üzere yakalanıp, kuyruk bölgelerinden doku örnekleri alındı. Ardından DNA izolasyonu, evrensel mitokondrial COI ve 16S rRNA primerleri kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve DNA dizi analizleri yapıldı. Elektroferogramları değerlendirildi ve elde edilen sonuçlar NCBI veri tabanında kayıtlı kertenkele türleri ile karşılaştırıldı. Tür bazında moleküler filogenetik analiz yapılan bu çalışmada Kocaeli Üniversitesi’nde yayılış gösteren kertenkelelerin Podarcis siculus türüne (İstanbul Kertenkelesi) ait oldukları tespit edildi.
Polat, F., Durgun, A. M., Olacam, A., İnci, G. S., Doğan, M. B., Uzun, E. D., Işık, E. (2019). Kocaeli Üniversitesi Umuttepe Yerleşkesi’nde Yayılış Gösteren Kertenkelelerin Moleküler Düzeyde Tür Tayini. Kocaeli Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, Cilt: 2 Sayı: 1, 1–6. https://ajindex.com/articles/1521169
Eroğlu A. İ, 2017. Türkiye’deki Podarcis Cinsi Kertenkele Türlerine Ait Bazı Popülasyonlardaki Yaş Yapısının İncelenmesi. Doktora Tezi, Karadeniz Teknik Üniversitesi.
Budak A., Göçmen B., 2005. Herpetoloji. Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Kitaplar Serisi, No. 194, Ege Üniversitesi Basımevi, Bornova-İzmir, 226 s. (ISBN 975-483-658-2).
Kurnaz M., 2015. Artvin Kertenkelesi (Darevskia Derjugini; Nikolsky, 1898)’nin Türkiye’de Yayılış Gösteren İki Alttürüne Ait Morfolojik Varyasyonların İncelenmesi. Yüksek Lisans Tezi, Karadeniz Teknik Üniversitesi.
Podnar M., Mayer W., Tvrtkovič N., 2005. Phylogeography of the Italian wall lizard, Podarcis sicula, as revealed by mitochondrial DNA sequences. Molecular Ecology, 14, 575-588.
Baran İ., Ilgaz Ç., Avcı A., Kumlutaş Y., Olgun, K., 2012. Türkiye Amfibi ve Sürüngenleri. Tübitak Popüler Bilim Kitapları, Ankara.
Ortman B.D., Bucklin A., Pages F., Youngbluth M., 2010. DNA barcoding the Medusozoa using mtCOI. Deep-Sea Res Pt II, 57, 2148-2156.
Sparmann S. F., 2012. Contributions To The Molecular Phylogeny, Phylogeography, and Taxonomy Of Scyphozoan Jellyfish. The University of British Columbia, Master of Science, September.
Aravind K., Ravikanth G., Shaanker R. U., Chandrashekara K., Kumar, A. R. V., Ganeshaiah, K.N., 2007. DNA barcoding: An exercise in futility or utility? Current Science, 92, 1213-1216.
Folmer O., Black M., Hoeh W., Lutz, R., Vrijenhoek, R., 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology And Biotechnology, 3, 294-299.
Kress W.J., Erickson D. L. 2008. DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics. Proceedings of The National Academy Of Sciences, 105, 2761-2762.
Orhan F., 2013. Doğu Anadolu Bölgesindeki Tuzlu Topraklardan İzole Edilen Tuza Dayanıklı Bakterilerin Moleküler Karakterizasyonu. Doktora Tezi, Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü.
Hıdıroglu N., 2015. Bakteriyorodopsin Üretme Potansiyeline Sahip Halofilik Arke Halobacterium Salinarum’un İzolasyonu ve Nanobiyomolekül Olarak Kullanılabilecek Bakteriyorodopsin’in Saflaştırılması ve Karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi, Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü.
Mücahit Ç., 2013. Türkiye’de Yaşayan Duvar Kertenkelesi (Podarcıs Muralıs)’nin Taksonomik Durumunun Morfolojik ve Moleküler Yönden İncelenmesi. Yüksek Lisans Tezi, Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü.
Nurhan S., 2009. Trabzon ve Bursa'da yayılış gösteren yılan kertenkele (Anguis fragilis Linnaeus, 1758)' nin helmint faunası / Helminth parasites of the slowworm, Anguis fragilis (Linnaeus;1758) (Squamata: Anguidae) from Trabzon and Bursa. Uludağ Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı.
Koç H., Kutrup B., Eroğlu O., Bülbül U., Kurnaz M., Afan F., Eroğlu A. İ. 2017. Phylogenetic relationships of D. rudis (Bedriaga,1886) and D. bithynica(Mehely, 1909) based on microsatellite and mitochondrial DNA in Turkey. Mitochondrial DNA, 28, 814–825.
Candan K., Kankılıç T., Güçlü Ö., Kumlutaş Y.¸ Durmuş S. H., Lymberakis P., Poulakakis N., Ilgaz Ç., 2014. First assessment on the molecular phylogeny of Anatololacerta (Squamata, Lacertidae) distributed in Southern Anatolia: insights from mtDNA and nDNA markers. Mitochondrial DNA, 27, 1740-1744.