Journals / Acta Veterinaria Eurasia / 2018 / Cilt: 44 - Sayı: 1

Kıvırcık Kuzularda PCR-RFLP Metodu Kullanılarak Calpastatin Geninin MspI ve NcoI Enzimleri ile Genetik Çeşitliliğinin Belirlenmesi

Determining Genetic Variation of Calpastatin Gene with MspI and NcoI Enzymes by Using PCR-RFLP Method in Kivircik Lambs

Pages
39–43
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

Kırklareli ilinde yetiştirilen Kıvırcık kuzuları MspI ve NcoI lokusları için Hardy-Weinberg dengesinde bulunmuştur.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:Bu çalışmanın amacı Kıvırcık kuzularda PCR-RFLP yöntemi ile MspI ve NcoI enzimleri kullanılarak kalpastatin geninin genetik çeşitliliğini belirlemektir.
📊
Key Findings & Data:Kırklareli ilinde bulunan sekiz farklı çiftlikten toplanan Kıvırcık kuzularının (n=153) kan örnekleri DNA izolasyonu için kullanılmıştır.
💡
Conclusion & Impact:Kırklareli ilinde yetiştirilen Kıvırcık kuzuları MspI ve NcoI lokusları için Hardy-Weinberg dengesinde bulunmuştur.
🔬Design:Research Article
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Domain Parameters

Abstract

Bu çalışmanın amacı Kıvırcık kuzularda PCR-RFLP yöntemi ile MspI ve NcoI enzimleri kullanılarak kalpastatin geninin genetik çeşitliliğini belirlemektir. Kırklareli ilinde bulunan sekiz farklı çiftlikten toplanan Kıvırcık kuzularının (n=153) kan örnekleri DNA izolasyonu için kullanılmıştır. PCR amplifikasyonundan sonra, ürünler %2’lik ve %3’lük agaroz jel elektroforezinde M ve N allellerini ayırt etmek için MspI ve NcoI enzimleri ile kesilmiştir. M ve N allellerinin frekansı MspI lokusunda sırasıyla %88,2 ve %11,8, NcoI lokusunda %98,7 ve %1,3 olarak bulunmuştur. MspI lokusu için MM, MN ve NN genotiplerinin frekansları sırasıyla 0,77, 0,22 ve 0,01 olarak tespit edilmiştir. NcoI lokusu için MM ve MN genotiplerinin frekansları sırasıyla 0,97 ve 0,03 olarak belirlenmiştir, NN genotipi ise gözlenmemiştir. Gözlenen heterozigotluk MspI lokusu için (0,22), NcoI lokusundan (0,03) daha yüksek olarak bulunmuştur. Kırklareli ilinde yetiştirilen Kıvırcık kuzuları MspI ve NcoI lokusları için Hardy-Weinberg dengesinde bulunmuştur.

Özet

The aim of this study was to determine the genetic variation of calpastatin gene by using PCR-RFLP method with MspI and NcoI enzymes in Kivircik lambs. Blood samples of Kivircik lambs (n=153) that were collected from eight different farms located in Kirklareli province, were used for DNA isolation. After PCR amplification, products were digested with MspI and NcoI enzymes to differentiate M and N alleles on 2% and 3% agarose gel electrophoresis. The frequency of M and N alleles were found 88.2% and 11.8% for MspI locus and 98.7% and 1.3% for NcoI locus respectively. The frequencies of MM, MN and NN genotypes were identified 0.77, 0.22 and 0.01 respectively for MspI locus. The frequencies of MM and MN genotypes were determined 0.97 and 0.03 respectively for NcoI locus, NN genotype was not observed. Observed heterozygosity was higher in MspI (0.22) than NcoI locus (0.03). MspI and NcoI loci were found in Hardy-Weinberg equilibrium in Kivircik lambs raised in Kirklareli province.

🔖

Cite This Article

AVANUS, K. (2018). Kıvırcık Kuzularda PCR-RFLP Metodu Kullanılarak Calpastatin Geninin MspI ve NcoI Enzimleri ile Genetik Çeşitliliğinin Belirlenmesi. Acta Veterinaria Eurasia, Cilt: 44 - Sayı: 1, 39–43. https://ajindex.com/articles/144000

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (4)

  1. Aali, M., Moradi-Shahrbabak, M., Sadeghi, M., 2014. Detecting novel SNPs and breed-specific haplotypes at calpastatin gene in Iranian fat- and thin-tailed sheep breeds and their effects on protein structure. Gene 537, 132-139. [CrossRef] Asadi, N., Nanekarani, S., Khederzadeh, S., 2014. Genotypic frequency of calpastatin gene in lori sheep by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. African Journal of Biotechnology 13, 1952-1954. [CrossRef] Ata, N., Cemal, I., 2008. Calpastatin gene polymorphism in Çine Çapari and Karya sheep. Scientific Papers Series D Animal Science 56, 48-51.
  2. Avanus, K., 2015. Genetic Variability of CAST Gene in Native Sheep Breeds of Turkey. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 21(6), 789-794.
  3. Azari, M.A., Dehnavi, E., Yousefi, S., Shahmohamadi, L., 2012. Polymorphism of calpastatin, calpain and myostatin genes in native Dalagh sheep in Iran. Slovak Journal of Animal Science 12, 1-6.
  4. Byun, S.O., Zhou, H., Forrest, R.H.J., Frampton, C.M., Hickford, J.G.H., 2008. Association of the ovine calpastatin gene with birth weight and growth rate to weaning. Animal Genetics 39, 572-573. [CrossRef] Casas, E., White, S.N., Wheeler, T.L., Shackelford, S.D., Koohmaraie, R., Riley, D.G., Smith, T.P.L., 2006. Effects of calpastatin and μ-calpain markers in beef cattle on tenderness traits. Journal of Animal Science 84, 520-525. [CrossRef] Chung, H., Davis, M., 2012a. Effects of genetic variants for the calpastatin gene on calpastatin activity and meat tenderness in Hanwoo (Korean cattle). Meat Science 90; 711-714. [CrossRef] Chung, H., Davis, M., 2012b. PCR-RFLP of the ovine calpastatin gene and its association with growth. Asian Journal of Animal Science & Veterinary Advances 7, 641-652 [CrossRef] Ciobanu, D.C., Bastiaansen, J.W.M., Lonergan, S.M., Thomsen, H., Dekkers, J.C.M., Rothschild, M.F., 2004. New alleles in calpastatin gene are associated with meat quality traits in pigs. Journal of Animal Science 82, 2829-2839. [CrossRef] Curi, R., Chardulo, L.L., Mason, M.C., Arrigoni, M.D.B., Silveira, C., Oliveira, H.N., 2009. Effect of single nucleotide polymorphisms of CAPN1 and CAST genes on meat traits in Nellore beef cattle (Bos indicus) and in their crosses with Bos taurus. Animal Genetics 40, 456-462. [CrossRef] Dagong, M.I., Sumantri, C., Noor, R.R., Herman, R., Yamin, M., 2011. Genetic polymorphisms of the coding region (exon 6) of calpastatin in Indonesian sheep. Media Peternakan 34, 190