Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi

Sonuç olarak ucuz, hızlı ve duyarlı metot olan multiplex-PZR’ların belirli somatik, flagellar 1 ve 2 antijenlerinin tespitinde konvansiyonel serolojik yönteme destek olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır.

📌 3 Key Takeaways

🎯

Objective & Hypothesis:Bu çalışmanın amacı, Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü (VKMAE), Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı sorumluluğunda 2009-2011 yılları arasında Salmonella Prevalans çalışması kapsamında, Kauffmann-White serotiplendirme şeması ile tiplendirmesi yapılan toplam 907 Salmonella izolatının, serogrup Salmonella multiplex- PZR, Faz 1 Salmonella multiplex-PZR ve Faz 2 Salmonella multiplex-PZR kullanarak sahada yaygın olarak sirküle olan Salmonellla serovarları için dizayn edilen primerler ile maksimum 2-3 gün gibi kısa sürede, düşük maliyetle tiplendirmesini yapabilmektir.

📊

Key Findings & Data:Bu çalışmayla, konvansiyonel yöntemle faz 1 ve faz 2 antijenlerinin eş zamanlı sergilenmemesi sonucunda ekstra laboratuvar iş yükü, olası çarpraz reaksiyonlar sebepli ekstra antiserum harcanması dolayısıyla yaşanılan zaman kaybı ve yüksek maliyetin üstesinden gelineceği öngörüldü.

💡

Conclusion & Impact:Sonuç olarak ucuz, hızlı ve duyarlı metot olan multiplex-PZR’ların belirli somatik, flagellar 1 ve 2 antijenlerinin tespitinde konvansiyonel serolojik yönteme destek olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır.

🔬Design:Lab & Field Experiment

📍Scope:2009-2011 Verileri

⚙️Variables:Salmonella serovarları · Multiplex-PZR

Özet

Bu çalışmanın amacı, Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü (VKMAE), Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı sorumluluğunda 2009-2011 yılları arasında Salmonella Prevalans çalışması kapsamında, Kauffmann-White serotiplendirme şeması ile tiplendirmesi yapılan toplam 907 Salmonella izolatının, serogrup Salmonella multiplex- PZR, Faz 1 Salmonella multiplex-PZR ve Faz 2 Salmonella multiplex-PZR kullanarak sahada yaygın olarak sirküle olan Salmonellla serovarları için dizayn edilen primerler ile maksimum 2-3 gün gibi kısa sürede, düşük maliyetle tiplendirmesini yapabilmektir. Bu çalışmayla, konvansiyonel yöntemle faz 1 ve faz 2 antijenlerinin eş zamanlı sergilenmemesi sonucunda ekstra laboratuvar iş yükü, olası çarpraz reaksiyonlar sebepli ekstra antiserum harcanması dolayısıyla yaşanılan zaman kaybı ve yüksek maliyetin üstesinden gelineceği öngörüldü. Ayrıca, 2 testin (multiplex-PZR ve konvansiyel serotiplendirme) örtüşmediği durumlar bakterilerin 6.5 kb operonunu inceleyen ribotiplendirme desteğiyle çözülmesi yoluna gidilmiştir. Çalışmada kullanılacak primerler ile 907 izolatın % 29.32’sinin (266 izolat; 15 farklı serovar) üç antijenik yapısı da tam olarak identifiye edilip, isimlendirilebilmiştir. İncelenen izolatların somatik, flagellar 1 ve flagellar 2 antijenlerinin sırasıyla; %54.56 (490), %90.95 (825) ve %78.94 (716)’ü tespit edilebilmiştir. İzolatların en azından % 50’sinin tam olarak isimlendirilebileceği öngörülmüştür ancak Salmonella Infantis (S. Infantis) ve S. Mbandaka suşarında somatik antijeni amplifiye eden primer olmasına rağmen somatik antijen tespit edilememiştir. Bu suşlar ribotiplendirmeye alınmıştır. Konvansiyonel seroloji, multiplex-PZR ve ribotiplendirme değerlendirildiğinde; ribotiplendirme ve multiplex-PZR’ların gold standart metoda destek metodlar olarak kullanabileceği tespit edilmiştir. Özet olarak; çalışmada mevcut olan primerler sadece sahada yaygın olan serovarların somatik, faz 1 ve faz 2 antijenlerine spesifik oldukları için PZR tüm serovarları identifiye etmekte yetersiz kalmıştır. Sonuç olarak ucuz, hızlı ve duyarlı metot olan multiplex-PZR’ların belirli somatik, flagellar 1 ve 2 antijenlerinin tespitinde konvansiyonel serolojik yönteme destek olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır.

Keywords

Salmonella serovarları Multiplex-PZR

🔖

Cite This Article

GÜNAYDIN, E., ŞEN, S., DİKER, K. S., YENİ, D. K., KARDOĞAN, Ö., MÜŞTAK, H. K., ŞAHAN, Ö. (2017). Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, Cilt: 28 - Sayı: 2, 85–95. https://ajindex.com/articles/118604

📄 Full Text PDF Viewer

Open in New Tab ↗

↗New Tab

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (11)

Aarts HJ, LA Van Lith, J. Keijer, (1998). High resolution genotyping of Salmonella strains by AFLP-fingerprinting. Lett Appl Microbiol, 26, 131-135
Bastin DA, Reeves PR, (1995). Sequence and Analysis of the O antigen gene (rfb) cluster of Escherichia coli O111. Gene, 16, 17-23
Bayindir Bilman F, Gunaydin E, Turhanoglu M, Akkoc A, (2014). The Value of PCR Method in the Species-Level Identification of a Mucoid Salmonella sp. Strain Isolated from the Urine Culture of a Case with Asymptomatic Nephrolithiasis. Mikrobiol Bul, 48(1), 151-159
Echeita MA and Usera MA, (1998). Rapid Identification of Salmonella spp. phase 2 antigens of the H1 antigenic complex using ‘multiplex PCR’. Res Microbiol, 149, 757-761
Echeita MA, Herrera S, Garazier J and Usera MA, (2002). Multiplex PCR- based detection and identification of the most common Salmonella-second-phase flagellar antigens. Research in Microbiol, 153, 107-113
Fitzgerald C, Sherwood R, Gheesling LL, Brenner FW, Fields PI, (2003). Molecular analysis of the rfb O antigen gene cluster of Salmonella enterica serogroup O:6,14 and development of a serogroup-specific PCR assay. Appl Environ Microbiol, 69(10), 6099-105
Grazier J, Lopez-Molina N, Laconcha I, Bagessen DL, Rementeria A, Vivanco A, Audicana I, Perales A, (2000). Suitable of PCR fingerprinting, Infrequent-Restriction-Site PCR, and Pulsed-Field Gel Electrophoresis, combined with computerized gel analysis, in library typing of Salmonella enterica serovar Enteritidis. Appl Environ Microbiol, 66, 5273-5281
Guibourdenche M, Roggentin, P Mikoleit M, Fields PI, Bockemühl J, Grimont PA.D, Weill François-Xavier, (2010). Supplement 2003-2007 (No. 47) to the White- Kauffmann-Le Minor scheme. Res Microbiol, 161(1), 26-9
Herrera-Leon S, McQuiston JR, Usera MA, Fields PI, Garazier J and Echeita MA, (2004). Multiplex PCR for Distinguishing the Most Common Phase-1 Flagellar Antigens of Salmonella spp. J Clin Microbiol, 42(6), 2581- 2586
Herrera-Leon S, Ramiro R, Arroyo M, Diez R, Usera MA, Echeita MA, (2007). Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes. Research in Microbiology, 158, 122-127
Hong Y, Liu T, Lee MD, Hofacre CL, Maier M, White DG, Ayers S, Wang L, Berghaus R, Maurer JJ, (2008). Rapid screening of Salmonella enterica serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg and Typhimurium using a serologicallycorrelative allelotyping PCR targeting the O and H antige