SavedAdd your journal

Journals / Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi / 2015 / Cilt: 26 - Sayı: 2

Filogenetik Ağaçlandırma Metotları

Seyyide SARIÇAM
Hamit Kaan MÜŞTAK
Pages
58–64
Publication Date
2015-12-15
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

Özetle bu derlemede temel filogenetik bilgisinin verilmesi amaçlandı.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:Bu derlemede; filogenetik bilimi ve esasları, temel terminolojisi, ağaç gösterim şekilleri hakkında bilgi verilip, bir filogenetik analizde izlenmesi gereken adımlar anlatıldı.
📊
Key Findings & Data:Analiz sonucu elde edilen ağacın güvenilirliği ve bu değerin yorumlanması üzerinde duruldu.
💡
Conclusion & Impact:Özetle bu derlemede temel filogenetik bilgisinin verilmesi amaçlandı.
🔬Design:Review & Systematic Survey
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Ağaçlandırma metotları · filogenetik · takson

Özet

Bu derlemede; filogenetik bilimi ve esasları, temel terminolojisi, ağaç gösterim şekilleri hakkında bilgi verilip, bir filogenetik analizde izlenmesi gereken adımlar anlatıldı. Analizde kullanılacak verinin taşıması gereken başlıca kriterler, veri tabanlarından referans birimlerin elde edilmesi ve genlerin analiz süreci ele alındı. Filogenetik ağaç oluşturmada kullanılan bilgisayar tabanlı metotların başlıca özellikleri ve üstünlükleri belirtildi. Analiz sonucu elde edilen ağacın güvenilirliği ve bu değerin yorumlanması üzerinde duruldu. Özetle bu derlemede temel filogenetik bilgisinin verilmesi amaçlandı.

🔖

Cite This Article

SARIÇAM, S., MÜŞTAK, H. K. (2015). Filogenetik Ağaçlandırma Metotları. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, Cilt: 26 - Sayı: 2, 58–64. https://ajindex.com/articles/118533

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (15)

  1. Woese C.R, Stackebrandt E, Macke T.J, Fox G.E. (1985). A Phylogenetic Definition of the Major Eubacterial Taxa. System. Appl. Microbiol 6: 143-151
  2. Morrıson Davıd A. (1996). Phylogenetic Tree-building. Internalionol Journal for Parasitology, Vol 26. No 6
  3. Freeman S, Herron J. C. (1999). Evrimsel Analiz. Çıplak, B, Başıbüyük H, Karaytuğ, S, Gündüz, İ. (eds). Palme Yayıncılık. Ankara. 28-29: 438-708
  4. Felsensteın J. (1987). Estimation of hominoid phylogeny from a DNA hybridization data set. Moleculer Evolution. 26: 123-31
  5. Felsensteın J. (1985). “Confidence Limits on Phylogenies: an Approach using the Bootstrap”, Evolution. 39: 783-791
  6. Sıngh Gautam B. (2015). Fundamentals of Bioinformatics and Computational Biology, Methods and Exercises in MATLAB. Vol 6: 235-270
  7. Xıong Jın. (2006). Essential Bioinformatics: 127-169 8. Kress W.J. (2005). “The Molecular Phylogeny of Alpinia (Zingiberaceae): A Complex and Polyphyletic Genus of Gingers”, American Journal of Botany. 92/1: 167-178
  8. Podsıadlo L., Polz-Dacewıcz M. (2013). Molecular evolution and phylogenetic implications in clinical research. Annals of agricultural and Environmental Medicine. Vol 20.No 3: 455-459
  9. Mount D.W. (2001). Bioinformatics Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Chapter 3. Alignment of pairs of sequences: 52-137
  10. Saıtou N, Neı M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstruction phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4: 406- 425
  11. Onursal Sıla Suzan, Uğur Avni. (1997). Böceklerin Filogenisi. Türk.entomol. derg. 21(1): 65-80
  12. Anonim, (2015). RCSB Protein Data Bank. Erişim adresi: http://www.rcsb. org/pdb/home/home.do, Erişim tarihi: 30.05.2015
  13. Anonim, (2015). European Molecular Biology Laboratory. Erişim adresi: http://www.embl.org/, Erişim tarihi: 30.05.2015 15. Anonim, (2015). DNA Data Bank of Japan. Erişim adresi: http://www.ddbj. nig.ac.jp/, Erişim tarihi: 30.05.2015 16. Anonim, (2015). Distance Methods. Erişim adresi: http://www.cs.rice. edu/~nakhleh/COMP571/Slides/Phylogenetics-DistanceMethods.pdf, Erişim tarihi: 03.06.2015
  14. Anonim, (2015). Bayes Teoremi. Erişim adresi: http://tr.wikipedia.org/wiki/ Bayes_teoremi, Erişim tarihi: 07.06.2015 18. Anonim, (2015). Tree of Life. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/wiki/ Tree_of_life_%28biology%29, Erişim tarihi: 04.06.2015
  15. Anonim, (2015). Phylogenetic Fundamentals. Erişim adresi: http://artedi. ebc.uu.se/course/X3-2004/Phylogeny