Dergiler / Journal of Medicine and Palliative Care / 2021 / Cilt: 2 - Sayı: 4
Investigation of the presence of OXA 48 and mcr-1 genes in carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa strains by in house-PCR method
- Sayfa
- 118–123
- DOI
- —
Özet
Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae (KRE)’nin neden olduğu enfeksiyonlar, küresel sağlık için ciddi bir sorundur. Karbapenemler, kapsamlı uygulamaları nedeniyle günümüzde direnç mekanizmaları gelişmiştir. Karbapenemaz sentezleyen izolatların saptanması, dağılımlarının takip edilmesi ve uygun tedavinin sağlanabilmesi açısından oldukça önemlidir. Günümüz ilaç direncinin saptanmasında Real-time-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR), başta olmak üzere çeşitli ticari moleküler tanı yöntemleri kullanılmaktadır. Ancak testlerin yapılabilmesi için pahalı ekipmanlara ihtiyaç duyulması nedeni ile, rutin bakteriyoloji laboratuvarlarında uygulanabilecek güvenilir, pratik ve düşük maliyetli testlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma, Etlik İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde çeşitli servislerde yatan hastalardan izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) pozitif, karbapenemlere dirençli dirençli, kolistine duyarlı toplam 60 Gram-negatif bakteri (39 suş Acinetobacter baumannii (A. baumannii), 11 suş Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae ve 10 suş Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa))’de izolatın mcr-1 ve blaOXA-48 gen bölgelerinin varlığını belirlemek amacıyla yapılmıştır. Klinik örnekler konvansiyonel yöntemler ile izole edildikten sonra kesin tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize sistemle çalışılmıştır. GSBL ve kolistin direncinin doğrulanması disk difüzyon testi ve gradyen testleri ile yapıldı. PZR sonuçlarına göre A. baumannii suşunun 10 tanesinde, K. pneumoniae suşunun bir tanesinde ve P. aeruginosa suşunun bir tanesinde mcr-1 geni saptandı. A. baumannii suşunun 5 tanesinde, K. pneumoniae suşunun 2 tanesinde blaOXA-48 geni saptandı. A. baumannii suşunun bir tanesinde her iki genin varlığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak, karbapenemaz enzimi üretimi ve gen bölgesinin belirlenmesinde hızlı, tekrarlanabilir ve yüksek doğrulukta yeni tanı yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır.
Abstract
Infections caused by carbapenemresistant Enterobacteriaceae (CRE) are a serious problem for global health. Carbapenems have developed resistance mechanisms due to their extensive applications. Identification of isolates expressing carbapenemase is important for that terms of monitoring their distribution and providing appropriate treatment. For detection of drugresistance, it is used various commercial molecular diagnostic methods, especially Real Time-polymerase chain reaction (RT-PCR). However, nowadays due to the needed for expensive equipment to carry out the tests, it is needed reliable, practical and low-cost tests that can be applied in routine bacteriology laboratories. Our study was carried out to determine the presence of mcr-1 and blaOXA-48 gene regions of 60 ESBL positive, carbapenems resistant, colistin sensitive Gram negative bacteriae (39 strains of Acinetobacter baumannii (A. baumannii), 11 strains of Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), and 10 strains of Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa)) from patients hospitalized in various wards of Etlik İhtisas Training and Research Hospital. The clinical samples were isolated by conventional methods, after that precise identificationand antibiotic susceptibility tests were performed with an automated system. Confirmation of ESBL and colistin resistance was done by disc diffusion and gradient testing. According to PCR results, mcr-1 gene was detected in ten A. baumannii strains, one K. pneumoniae and one P. aeruginosa strain. The blaOXA-48 gene was detected in five A. baumannii strains and two K. pneumoniae strains. Both genes were detected in one of the A. baumannii strain. gene. As a result, it was needed new diagnostic methods that rapid, reproducible, highly accurate for determine carbapenemase enzyme production and gene presence.