Dergiler / Türk Doğa ve Fen Dergisi / 2017 / Cilt: 6 - Sayı: 2
Sıvı fazda Timin molekülünün yapısının belirlenmesi ve radikallerinin ESR parametrelerinin yoğunluk fonksiyonel teorisi ile hesaplanması
- Sayfa
- 62–67
- DOI
- —
Özet
Bu çalışmada DNA biyosentez sürecine katılan, ayrıca genetik bilginin transferi ve korunmasında önemli rol oynayan Timin molekülünün kararlı yapısını elde etmek için Spartan14 programı aracılığıyla konformasyon analizi yapılmıştır. Konformasyon analizi sonucunda iki konformasyon elde edilmiştir. Bu konformasyonların geometri optimizasyon hesaplamaları yapılmıştır. En kararlı yapı kullanılarak olası radikaller modellenmiş, Radikallerin Elektron Paramanyetik Rezonans parametreleri hesaplanmış ve deneysel değerlerle karşılaştırılarak radikal yapısı ilk defa bu çalışmada verilmiştir. Bu hesaplamaların hepsi Yoğunluk Fonksiyonelleri Teorisi (DFT) kullanılarak Gaussian03 programında yapılmıştır. Literatürde sıvı fazda hidrojen peroksitle karıştırılarak yapılan Elektron Paramanyetik Rezonans çalışması mevcuttur ve karşılaştırmalarda bu çalışmadan faydalanılmıştır. Molekülün ışınlanması ile oluşabilecek radikallere ait deneysel bir çalışma literatürde mevcut olmadığından, bu şekilde oluşabilecek radikallerin yapıları ve Radikallerin Elektron Paramanyetik Rezonans parametreleri ilk defa bu çalışmada verilmiştir.
Abstract
In this study, conformational analysis was performed via the Spartan14 program to obtain the stable structure of the Thymine molecule involved in the DNA biosynthesis process, which also plays an important role in the transfer and conservation of genetic information. Two conformations were determined by the conformation analysis. The geometry optimization calculations of these conformations have been made. Possible radicals were modeled by using the most stable structure, the electron paramagnetic resonance parameters of the radicals were calculated and the radical structure was given for the first time in comparison with the experimental values. All of these calculations were performed in the Gaussian03 program using the Density Functional Theory (DFT). There are studies about Electron Paramagnetic Resonance made by mixing hydrogen peroxide in the liquid phase in the literature and comparisons in these studies utilized from this study. Since there is no experimental study of radicals that can be formed by molecular irradiation in the literature, the structures of such radicals and the Electron Paramagnetic Resonance parameters of radicals are given for the first time in this study.