Ankara’da bir Referans Hastanede Fırsatçı Patojen Tüberküloz DışıMikobakterilerin Epidemiyolojisi

Epidemiology of Opportunistic PathogenNontuberculous Mycobacteria in a Referral Hospitalin Ankara

Özet

Giriş: Son yıllarda tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM) klinik vakalardan daha sık izole edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, 2010-2019yılları arasında bir tüberküloz referans hastanesinde akciğer tüberkülozü ön tanısı alan hastaların pulmoner örneklerinden izole edilenTDM’lerin ticari Line Prob Assay (LPA, GenoType Mycobacterium CM/AS, Hain Lifescience, Nehren) testiyle tanımlanması ve tür dağı lımının gösterilmesidir. Materyal ve Metod: Toplam 47.161 şüpheli tüberküloz (TB) hastasının pulmoner örneklerinden elde edilen toplam 538 TDM suşuçalışmaya dahil edildi. Numuneler laboratuvarda daha önce tanımlanan rutin referans yöntemlerle (homojenizasyon-dekontaminasyon,aside dirençli boyama ve kültür) işlendi. Aside dirençli basilden (ARB) DNA izolasyonu ve LPA GenoType testi üreticinin önerilerine göreyapıldı ve değerlendirildi. Bulgular: Çalışmada en yaygın türler Mycobacterium avium kompleksi (MAC), Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium abscessus veMycobacterium chelonae sırasıyla %35.7, %18.6, %16.0, and %11.2 oranında bulunmuştur. Mycobacterium szulgai/Mycobacteriumintermedium, Mycobacterium kansasi, Mycobacterium simiae sırasıyla %5.2, %4.3 ve %3.0 oranlarında iken Mycobacterium lentifla vum, Mycobacterium celatum, Mycobacterium mucogenicum ve Mycobacterium asiaticum %1.0’den daha az olarak izole edilmiştir. Sonuç: Çalışmamız, ticari multipleks PCR ve ters hibridizasyon kullanan LPA GenoType® Mycobacterium CM/AS testinin, rutin birhastane laboratuarında şüpheli TB hastalarından izole edilen mikobakterilerin hızlı teşhisi için yararlı bir araç olduğunu ve TDM’ninepidemiyolojik dağılımının gösterilmesinde iyi bir potansiyele sahip olduğunu göstermiştir.

Abstract

Introduction: Non tuberculous mycobacteria (NTM) have been isolated more frequently from clinical cases in recent years. The aimof this study was to show the distribution and identification of NTM isolated from pulmonary samples of patients pre-diagnosed astuberculosis between 2010-2019 in a referral tuberculosis hospital by commercial Line Probe Assay (LPA, GenoType MycobacteriumCM/ AS, Hain Lifescience, Nehren Germany). Materials and Methods: A total of 528 NTM strains obtained from pulmonary samples of 47.161 suspected tuberculosis (TB) patientswere included in the study. The samples were processed by routine methods (homogenization-decontamination, acid-fast staining andculture) in the laboratory according to previously described reference procedures. DNA isolation from acid-fast bacilli and LPA GenoTypeassay were performed and evaluated according to the manufacturer’s recommendations. Results: In the study, the most common species were found a Mycobacterium avium complex (MAC), Mycobacterium fortuitum,Mycobacterium abscessus and Mycobacterium chelonae, with a rate of 35.7%, 18.6%, 16.0%, and 11.2% respectively. Mycobacteriumszulgai/Mycobacterium intermedium, Mycobacterium kansasi, Mycobacterium simiae were isolated at the rate of 5.2%, 4.3% and3.0% respectively, while Mycobacterium lentiflavum, Mycobacterium celatum, Mycobacterium mucogenicum and Mycobacteriumasiaticum were less than 1.0%. Conclusion: Our study showed that LPA method, The GenoType® Mycobacterium CM/AS assay, which uses multiplex PCR and reversehybridization, is an useful tool for rapid diagnosis of mycobacteria isolated from suspected TB patients in a routine hospital laboratoryand has a good potential to show epidemiological distribution of NTM.