Psödoeksfoliasyon Sendromu ve Psödoeksfoliasyon Glokomu Bulunan Bir Türk Popülasyonunda LOXL1’in Üç Tek Nükleotid Polimorfizmi

Three Single Nucleotide Polymorphisms of LOXL1 in a Turkish Population with Pseudoexfoliation Syndrome and Pseudoexfoliation Glaucoma

Fezan MUTLU, Oğuz ÇİLİNGİR, Nilgün YILDIRIM, Zafer YÜKSEL, Yasemin AYDIN YAZ, Yetkin YAZ

Özet

Amaç: Türk toplumunda psödoeksfoliyasyon sendrom (XFS) ve psödoeksfoliyasyon glokom olgularında (XFG) LOXL1 geninin üç teknükleotit polimorfizmini (SNPs) (rs3825942, rs1048661 ve rs2165241) araştırmaktır.Gereç ve Yöntem: XFS’li 48 ve XFG’li 58 olgu ile 171 kontrol olgusuna ait kan örneklerinden DNA elde edilerek, prob temelli birgenotipleme yöntemi olan RT-PCR ile LOXL1 genine ait üç SNP (rs3825942, rs1048661 ve rs2165241) araştırıldı.Bulgular: LOXL1 geninde her üç SNP’nin XFS ve XFG ile anlamlı derecede ilişki saptandı (XFS için rs3825942 p=3,54x10-6odds oranı [OR]=∞, rs1048661 p=0,008 OR=2,18 ve rs2165241 p=8,69x10-9 OR=4,30 XFG için rs3825942 p=3,41x10-7 OR=∞,rs1048661 p=1,75x10-5 OR=3,78 ve rs2165241 p=3,85x10-11 OR=4,90). Hiçbir SNP’de XFS ile XFG arasında anlamlı bir ilişkibulunamadı. Psödoeksfoliyatif olguları sağlıklı kişilerden ayırt etmede rs3825942 SNP’yi daha değerli bulundu (SE=1,00). rs2165241’inhomozigot TT genotipi 6 kat artmış XFS riski (p=8,15x10-8 OR=6,32) ve 7 kat artmış XFG riski (p=1,45x10-10 OR=7,95) ileilişkiliydi. Her üç risk alleli içeren haplotip (GGT) XFS/XFG’da güçlü ilişki ve 7 kat artmış risk taşıyordu (p=8,65x10-14 OR=7,45).Erkeklerde rs2165341 SNP’yi 3 kat daha riskli olarak değerlendirildi (p=6,78x10-5 OR=3,202).Sonuç: Türk popülasyonunda LOXL1 polimorfizmi psödoeksfoliasyon için artmış bir risk ile ilişkilidir. rs2165241’in T alleli, çalışmagrubumuzda en önemli ayırt edici risk faktörü olarak bulunmuştur. Tüm SNP dağılımlarının Avrupalı ve Amerikalı toplumlar ile benzerolduğu görülmektedir.

Abstract

Objectives: To investigate the three single nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs3825942, rs1048661, and rs2165241) of the LOXL1 gene in pseudoexfoliation syndrome (XFS) and pseudoexfoliation glucoma (XFG) in the Turkish population. Materials and Methods: DNA was obtained from blood samples of 48 XFS, 58 XFG, and 171 control subjects. Three LOXL1 SNPs (rs3825942, rs1048661, rs2165241) were investigated with real time PCR, a probe-based genotyping method, and melting curve analysis. Results: All three SNPs of LOXL1 were significantly associated with XFS (rs3825942 p=3.54x10-6, odds ratio [OR]=∞; rs1048661 p=0.008, OR=2.18; rs2165241 p=8.69x10-9, OR=4.30) and XFG (rs3825942 p=3.41x10-7, OR=∞; rs1048661 p=1.75x10-5, OR=3.78; rs2165241 p=3.85x10-11 OR=4.90). No significant differences were observed between the XFS and XFG groups for any of the SNPs. The GG genotype of rs3825942 was more valuable for distinguishing pseudoexfoliative cases from healthy individuals. The homozygous TT genotype of rs2165241 was associated with 6-fold increased XFS risk (p=8.15x10-8, OR=6.32) and 7-fold increased XFG risk (p=1.45x10-10 OR=7.95). The GGT haplotype consisting of all three risk alleles was associated with a 7.45-fold higher risk of XFS/XFG (p=8.65x10-14, OR=7.45). Presence of T allele of rs2165241 conferred 3 times higher risk for men than women (p=6.78x10-5, OR=3.202). Conclusion: LOXL1 SNPs are associated with increased risk for pseudoexfoliation in the Turkish population. T allele of rs2165241 was found to be the most important characterized risk factor for our cohort. All SNP distributions were similar to other European and American populations.