Klinik Örneklerde Mycobacterium tuberculosis Saptanmasında İki Gerçek Zamanlı PCR Sisteminin Tanısal Performansının Karşılaştırılması§

Comparison of the Diagnostic Performance of Two Real-Time PCR Systems for the Detection of Mycobacterium tuberculosis in Clinical Samples

Halis AKALIN, Fatih COŞKUN, Emel SAYILAR IŞIKTAŞ, Ahmet GÜLTEPE, Meltem TORLAK ÖNER, Gökhan COŞGUN, Coşkun ATEŞ, Yavuz AYAR, Alparslan ERSOY

Özet

Amaç: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarına kabul edilen klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis suşlarını belirlemek için iki gerçek zamanlı PCR sistemlerinin tanısal performansının karşılaştırılması amaçlan- mıştır. Gereç ve Yöntem: Mikobakteriyoloji Laboratuvarına tüberküloz tanısı amacıyla gönderilen toplam 50 klinik örnek çalışmaya alın- dı. Kültür pozitif örneklerin 25i M. tuberculosis kompleks (MTBC) grubu ve 7si tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) olarak tanımlan- dı. BACTEC MGIT 960 sistem ile duyarlılık testleri çalışıldı. Toplam 50 klinik örneğin moleküler tanısı ise, Mycobacterium tuberculosisi belirleyen gerçek zamanlı PCR; artus® M. tuberculosis RG PCR Kit (Qiagen, Hilden, Almanya) (artus® MTB-PCR) ve GeneXpert MTB/RIF (Cepheid, Sunnyvale, CA, ABD) sistemleri ile yapıldı. Bulgular: Her iki sistemde de klinik örneğin; %58inde MTBC pozitif ve %42sinde negatif olarak bulundu. Kültür yönteminin altın standart kabul edildiği bu çalışmada, artus® MTB-PCR ve GeneXpert MTB/RIF testlerinin sırasıyla duyarlılığı %72 ve %96, özgüllüğü %56 ve %80, pozitif prediktif değeri (PPD) %62 ve %82 ve negatif prediktif değeri (NPD) %66 ve %95 olarak saptandı. Artus® MTB-PCR ve GeneXpert MTB/RIF testi bulgularının karşı- laştırılmasında da istatistiksel olarak fark yoktu (p>0.05). Kabul edilebilir düzeyde belirlendi (kappa=0.507; p

Abstract

Objective: This study is aimed to compare the diagnostic perfor- mance of two real-time polymerase chain reaction (PCR) systems for detecting Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. Materials and Methods: Total of 50 clinical specimens sent for the diagnosis of tuberculosis to Mycobacteriology Laboratory of Erciyes University, Medical Faculty, were included in the study. Twenty-five of the culture positive samples were defined as Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) and 7 as non- tuberculous mycobacteria (TDM). Susceptibility tests were perfor- med with BACTEC MGIT 960 system. Mycobacterium tuberculosis real-time PCR; artus® M. tuberculosis RG PCR Kit (Qiagen, Hilden, Germany) (artus® RTUS MTB-PCR and GeneXpert MTB/ RIF (Cepheid, Sunnyvale, CA, USA) assay systems were used for the molecular diagnosis of the 50 clinical samples. Results: The results of the both of the molecular diagnostic systems tested revealed that 58% of the clinical samples were MTBC positive, and 42% were negative. When culture was consi- dered as the gold standard; sensitivity, specificity, positive predic- tive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of artus® MTB-PCR and GeneXpert MTB/RIF were found to be 72% vs 96%, 56% vs 80%, 62% vs 82%, 66% vs 95%, respectively. There was no significant statistical difference between the results of GeneXpert MTB/RIF and artus® MTB-PCR (p>0.05). The compli- ance of the two systems was accetable (kappa=0.507; p