Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae Üyelerinin Rektal Sürüntü Örneklerinden Saptanmasında BD MAXTM CRE Yönteminin Etkinliği

Efficiency of BD MAXTM CRE Method on Detection of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae spp. from Rectal Swab Samples

Özet

Amaç: BD MAXTM CRE Assay, karbapenem dirençli Enterobacteriaceae üyelerinde KPC, OXA-48 ve NDM direnç genlerinin belirlenmesinde kullanılan, DNA eldesi gibi basamakları otomatize olan, bir gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi (PZT) kitidir. Bir seferde 24 örneğin çalışılabildiği bu sistemde, örneklerin yaklaşık 20-30 dakika süren ön işlemlenmesinden sonra, 2.5-3 saatte sonuç alınabilmektedir. Bu çalışmada, BD MaxTM CRE Assay yöntem etkinliğinin Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarımızda kullanılan yöntem ile karşılaştırarak araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde riskli ünitelerde yatan hastalardan alınan rektal sürüntü örneklerinde, BD MaxTM CRE Assay ve Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarı'mızda kullanılan kültür ve "in-house" polimeraz zincir tepkimesi (PZT) yöntemi ile karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae (KÜE) taranmıştır. Her iki yöntem için de 46 hasta örneği çalışmaya dâhil edilmiş olup, karbapenemaz genleri bilinen iki örnek de pozitif kontrol olarak eklenmiştir. Bulgular: Enterobacteriaceae üyelerinde herhangi bir karbapenemaz geninin pozitifliği esas alınarak değerlendirme yapıldığında, her iki yöntemle de 26 örnekte Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenemaz geni saptanmamıştır. On beş örnekte ise saptanan enzimler arasında fark olmakla birlikte, her 2 yöntemle de en az bir karbapenemaz geni saptanmıştır. Kalan 5 örneğin 3'ünde kültür ve PZT yöntemi ile 2'sinde ise BD MAXTM CRE ile karbapenemaz geni saptanmıştır. BD MAXTM CRE için duyarlılık %88, özgüllük %90, negatif prediktif değer %93 ve pozitif prediktif değer %83 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: BD MAXTM CRE sistemi etkinliğinin belirlenmesinde daha fazla sayıda çalışmaya gereksinim olmakla birlikte, çalışma bulgularımız, yöntemin karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae üyelerinin hızla saptanmasını ve taşıyıcıların belirlenmesini sağlamak amacıyla kullanılmaya uygun olduğunu göstermektedir.

Abstract

Efficiency of BD MAXTM CRE Method on Detection of Carbapenemase-Objective: BD MAXTM CRE is a real-time polymerase chainreaction (PCR) assay kit which determines KPC, OXA-48 andNDM genes where all steps like DNA extraction are automatized.Twenty- four samples can be loaded to the system in one run andresults can be obtained in 2.5-3 hours. In this study, our aim wasto investigate efficiency of BD MAXTM CRE assay's by comparingthe system with in-house method used in our molecularepidemiology laboratory.Material and Method: Carbapenemase- producing Enterobacteriaceae(CPE) were screened in rectal swab samples of patients hospitalizedin units with increased risk for nosocomial infection. Both BD MAXTMCRE assay and culture followed by an "in-house" PCR methodalready in use in our molecular epidemiology laboratory, wereperformed. Forty-six rectal swab samples were included in the studyand also two samples with predetermined carbapenemase gene typeswere included as positive controls in each run.Results: When evaluation based on any carbapenemase genepositivity in Enterobacteriaceae members was performed, nocarbepenemase genes were detected in twenty-six samples by bothmethods. In although different enzyme types were identified infifteen samples, at least one carbapenemase gene was found by twomethods. In three samples, carbapenemase genes were detected onlyby the "in house" method following the bacterial culture and for theremaining two only by BD MAXTM CRE assay. Sensitivity, specificity,positive, and negative predictive values for BD MAXTM CRE assaywere 88, 90, 83, and 93%, respectively.Conclusion: Although further studies are needed to determine theefficiency of BD MAXTM CRE system. Our results indicate thatBD MAXTM CRE Assay is suitable for use in that it enables rapiddetection of carbapenemase-producing Enterobacterteriaceaestrains, and carriers.