Comparison of four methods for dna extraction from echinococcus granulosus protoscoleces

Echinococcus granulosus protoskolekslerden dna izolasyonu için dört farklı yöntemin karşılaştırılması

Özet

Amaç: Köpek tenyası adı da verilen Echinococcus granulosus'un sebep olduğu Kistik ekinokokkosiz, ekonomik önemi de olan ve dünya çapında görülen zoonotik bir enfeksiyondur. Başta Orta Doğu ülkeleri olmak üzere birçok ülkede halk sağlığını tehdit eden önemli bir parazitozdur. Suş karakterizasyonunun yapılması endemik alanlarda önleme ve kontrol stratejilerinin geliştirilmesinde esastır. Moleküler çalışmalar öncesinde parazit DNA'sının izolasyonu gerekli olduğu için bu çalışmada İran'ın Batı Azerbaycan ilinden elde edilen E. granulosus protoskolekslerinden DNA izolasyonu için dört farklı yöntemin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Yöntemler: İldeki birkaç mezbahadan koyun ve ineklerden hidatik kistlerin toplanmasından sonra, DNA örnekleri ticari DNA ekstraksiyon kiti, kaynatma, parçalama ve cam boncukların kullanımını içeren dört farklı yöntemle ekstrakte edilmiştir. Ekstrakte edilen bütün DNA örnekleri %1.3'lük agaroz jel elektroforezinde yürütülmüştür.Bulgular: Töntemler DNA kalitesi açısından, zaman, maliyet ve laboratuvar olanakları açısından karşılaştırılmıştır. Bütün yöntemlerde bazı avantaj ve dezavantajların olduğu belirlenmiştir. En fazla zaman alan ve maliyeti yüksek olan ticari kit yöntemi ile bir bant elde edilemezken cam boncuk yönteminin elektroforezde en iyi sonucu verdiği görülmüştür.Sonuç: Cam boncuk ve kaynatma yöntemlerinin hızlı, kolay ve maliyeti az olduğu için en uygun yöntemler olduğu belirlenmiştir. (Turkiye Parazitol Derg 2012; 36: 100-4)

Abstract

Objective: Cystic echinococcosis caused by the dog tapeworm Echinococcus granulosus, is a global zoonotic infection which is economically important and constitutes a major threat to public health in many countries, especially in Middle Eastern countries. Strain characterization is essential for the establishment of a preventive and control strategy in every endemic area. Before all molecular studies, it is necessary to achieve DNA of the parasite. The aim of this study was to compare four simple methods of DNA extraction from protoscolecses of E. granulosus in samples from the West Azerbaijan province of Iran.Methods: After collecting sheep and cow hydatid cysts from several slaughterhouses of the province, DNA samples were extracted using four different methods involving the use of glass beads, commercial DNA extraction kit, boiling and crushing. For all DNA samples extracted, electrophoresis on 1.3% agarose gel was performed.Results: The methods were compared regarding DNA, time and cost effectiveness and facility. All methods showed some advantages and disadvantages. The commercial kit method, which was the most time and cost effectiveness method, achieved no bands and glass beads method had the best results on gel electrophoresis.Conclusion: Glass beads and boiling methods were the most suitable methods regarding their ease, quickness and cost effectiveness. (Turkiye Parazitol Derg 2012; 36: 100-4)