Dergiler / Türkiye Parazitoloji Dergisi / 2013 / Cilt: 37 - Sayı: 1
Blastocystis sp. subtip 3 small-subunit ribozomal geninin klonlanması
- Sayfa
- 13–18
- DOI
- —
Özet
Amaç: Blastocystisin farklı alttipleri veya genetik varyasyonlarının farklı klinik semptomlara sebep olduğu veya asemptomatik seyrettiği düşünülmektedir. Bu çalışmada Blastocystisin SSUrDNA gen kısmının klonlanması amaçlanmıştır. Yöntemler: Çalışmada Blastocystis sp. ile enfekte bir hastanın dışkısından DNA izole edilmiştir. SSUrDNA genomik kısmının çoğaltılması için Blastocystis spesifik primerler kullanılmıştır. Çoğaltılan DNA parçası plazmid spesifik primerler kullanılarak bir plazmid içine klonlanarak sekanslanmıştır. Elde edilen DNA dizisi BLAST ile analiz edildi ve MEGA yazılımı kullanılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Bulgular: Çalışmamızda elde edilen Blastocystis izolatının subtip 3 olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Klonlanan ve sekanslanan hedef genomik bölgesinin filogenetik analiz çalışmalarında kullanılabileceği düşünülmektedir. (Turkiye Parazitol Derg 2013; 37: 13-8)
Abstract
Objective: Different sub-types or genetic variations of Blastocystis sp. are thought to play a role in the differential symptoms caused by the parasite or asymptomatic cases. In this study, it was aimed to clone a fragment of SSUrDNA gene of Blastocystis from a patient in order to define its phylogenetic subtype. Methods: In this study, DNA isolation from the stool of a Blastocystis infected patient was performed. Blastocystis specific primers were used to amplify a SSUrDNA genomic fragment. The amplified DNA fragment was cloned into a plasmid and sequenced using plasmid specific primers. The obtained DNA sequence was analyzed using BLAST and a phylogenetic tree was constructed using the software MEGA. Results: It was found that the Blastocystis isolate in our study is subtype 3. Conclusion: Cloning and sequencing of the target genomic region is suggested for phylogenetic analysis studies. (Turkiye Parazitol Derg 2013; 37: 13-8)