Dergiler / Türkiye Parazitoloji Dergisi / 2020 / Cilt: 44 - Sayı: 1
Sağlıklı Sığırlarda Enterocytozoon bieneusi’nin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu
- Sayfa
- 36–42
- DOI
- —
Özet
Amaç: Bu çalışmada sağlıklı sığırlarda Enterocytozoon bieneusi’nin moleküler prevalansının ve genotiplerinin belirlenmesiamaçlanmıştır.Yöntemler: Çalışmada, Ekim 2017 ve Mart 2018 tarihleri arasında Sivas yöresindeki sağlıklı görünümlü 150 sığırdan dışkıörnekleri toplanmış ve genomik DNA (gDNA) izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen gDNA izolatları, E. bieneusi’nin identifikasyonuamacıyla, ITS rRNA gen bölgesini amplifiye eden Nested PZR ile işlenmiştir. E. bieneusi pozitif izolatların ITS rRNA gen bölgesiamplikonları genotiplendirme ve filogenetik analizler için sekanslanmıştır. Elde edilen sekanslar uygun genetik yazılımlarlaişlenerek genotipik yapıları ve sonrasında da filogenetik ilişkileri ortaya çıkarılmıştır.Bulgular: Nested PZR ile incelemesi yapılan örneklerden 29’u (%19,3) E. bieneusi yönünden pozitif bulunmuştur. Sekansanalizleri sonucu beş ayrı genotip belirlenmiştir. En yaygın genotip olarak bulunan ERUSS1 genotipi ile ERUSS2-4 genotipleriyakın genotipler olarak karakterize edilmiş ve ilk kez rapor edilmiştir. İki izolatın ise Almanya’da bir sığırdan rapor edilmiş olan Ngenotipinde olduğu belirlenmiş ve diğer genotiplerden daha farklı olduğu görülmüştür. Filogenetik analizler çalışmada karakterizeedilen tüm genotiplerin genogrup 2’de yer aldığını ortaya koymuştur.Sonuç: Bu çalışma ile Türkiye’de sığırlarda E. bieneusi enfeksiyonları üzerine ilk moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmiştir.
Abstract
Objective: In this study, it was aimed to determine the molecular prevalence and genotypes of Enterocytozoon in healthy cattle. Methods: Fecal samples were collected from 50 cattle in Sivas between October 2017 and March 2018 and genomic DNA (gDNA) isolations were performed. gDNA isolates were processed by Nested PCR specifically amplifying ITS rRNA gene region to identify E. bieneusi. ITS rRNA region of E. bieneusi positive isolates were sequenced for genotyping and phylogenetic analyzes. Obtained sequences were assembled with appropriative genetic software, then phylogenetic relationships were revealed. Results: According to Nested PCR analyses, 29 (19.3%) out of totally examined samples were found positive for E. bieneusi. As a result of the sequence analyses, five distinct genotypes were determined. The most frequent genotype ERUSS1 and the other ERUSS2-4 genotypes were characterized as close to each other, which was reported for the first time in the world. Two isolates were determined in N genotype that was reported from cattle in Germany and were more different from the other genotypes. Phylogenetic analysis revealed that all the genotypes characterized in the study belonged to the genogroup 2. Conclusion: First molecular epidemiological data on E. bieneusi in cattle from Turkey were obtained with this study