Meme kanseri mikrodizin verilerinin biyoinformatik yöntemler ile bir araya getirilmesi - Meta-analiz yaklaşımları

Combination of breast cancer microarray data by using bioinformatic methods - Meta-analysis approaches

Özet

Meme kanseri kadınlarda en yaygın görülen kansertürüdür ve akciğer kanserinden sonra kadınlarda kanserölümlerinde ikinci sıradadır. Çok sebepli, kompleks birgenetik hastalık olan meme kanseri moleküler düzeydedetaylı bir şekilde çalışılmış ve yüksek işlem hacimlimikrodizin çalışmaları sayesinde moleküler alt tipleresınıflandırılmıştır. Meme kanserine sebep olan vegelişiminde rol oynayan pek çok gen tespit edilmiş olsa dameme kanserinin regülasyonunda rol oynayan molekülermekanizmalar hala tam olarak açıklanamamıştır. Bueksiklik, meme kanseri oluşumunu öngörücü yenibiyobelirteçlerin aranmasını zorunlu kılmıştır. Yüksekişlem hacimli bir yöntem olan mikrodizin aynı andabinlerce genin ifadesinin belirlenmesine olanaksağlamaktadır. Mikrodizin yöntemi ile elde edilmişham ve işlenmiş verilerin, hatta deneylerde kullanılanörneklerin klinik ve/ veya patolojik özelliklerininbulunduğu halka açık veritabanları bulunmaktadır.Mikrodizin veritabanlarına yüklenmiş olan bağımsızmikrodizin verilerinden daha fazla bilgi sağlamakmeta-analiz yöntemiyle mümkün olmakta ve var olanveriyi değerli kılmaktadır. Meta-analiz yöntemleri farklıkanser tiplerinde ve çeşitli hastalıklarda her geçen gündaha fazla kullanılmaktadır. Meme kanserinde de metaanalizçalışmaları çok fazla olmamakla birlikte sayısıgün geçtikçe artmaktadır. Bu yöntem hastalığın tanısınıve gidişatını öngörebilecek ayrıca tedavisine katkısağlayabilecek yeni biyobelirteçlerin belirlenmesinimümkün kılmaktadır. Ciddi bütçelerle yapılan mikrodizin çalışmalarının çeşitli meta-analiz yöntemleriyle biraraya getirilmesi her bir çalışmanın kendi başına ortayaçıkaramayacağı sonuçların alınmasında önemlidir.Meta-analiz çalışması pek çok veriyi bir araya getirmeşansı tanıdığı için, elde edilen sonuçlar yalnızca birvakaya özel değil; daha genel bilgiyi yansıtmaktadır.Bu nedenle meme kanserinin de içerisinde bulunduğubirçok hastalıktaki mekanizmaların meta-analizyöntemlerinin yardımıyla detaylı ve kapsamlı bir şekildearaştırılmasının tanı ve tedavi için alternatif ve etkinhedeflerin belirlenmesine olanak sağlaması mümkündür.

Abstract

Today breast cancer is one of the major cancer types among women in the world. After lung cancer, it is the second leading cause of cancer death in women. Breast cancer is a multi-factorial and complex genetic disease, which was studied in detail at the molecular level. With the use of microarray technology breast cancer was classified into molecular subtypes. Although some genes were found to be responsible for the development and the progression of the disease, many of the molecular mechanisms underlying breast cancer progression remain poorly understood. This deficit has led to significant interest in the quest for novel predictive markers for breast cancer. Microarray is a high throughput technique, which provides to detection of thousands of genes' expression. There are many publicly accessible databases, which have raw and processed data of microarray analysis and clinical and /or pathological information of samples. Metaanalysis approaches are provided more information from independent microarray datasets, which were uploaded on publicly accessible databases. Meta-analysis approaches are used for different cancer types and various diseases including breast cancer increasingly in recent years. These methods allow the finding of predictive biomarkers for the development and progression of the disease while they can also be used for new or alternative targets for the treatment of the disease. Meta-analysis might increase the knowledge by gathering and processingindividual microarray datasets. Accordingly it ispredicted that new or alternative targets mightbe identified by researching on numerous diseasemechanisms including breast cancer.