Hayvan prion proteinleri üzerine dinamik çalışma

Özet

Amaç: Normal hücre prion proteininin (PrPc), Scrapie izoformuna (PrPsc) yapısal dönüşümü prion hastalıklarının gelişmesinde merkezi bir olaydır.Gereç ve Yöntemler: Hayvansal prion proteinin moleküler temelde yapısal kararlılığını anlamak için, kaplumbağa prion proteini (tPrPc) ve bank vole prion proteini (bvPrPc) üzerinde 10 ns moleküler dinamik (MD) ve akış moleküler dinamikleri (FMD) simülasyonların gerçekleştirilmiştir.Bulgular: Bu iki model proteinin dinamikleri ve mekanik özellikleri incelenmiştir.Sonuç: Her iki protein içinde, bükülüm, uzama ve açılım gibi ? - pilili tabakası hareketleri ortaya çıkmıştır. ?-helix için, bvPrPc sistemi daha karasızdır. Bundan başka, heliksle çakışmayan koruyucu duvarın, kesik akış altında PrPc dengelemek için yeteri kadar güçlü olduğu bulunmuştur

Abstract

Aim: Structural conversion of normal cellular prion protein (PrPc) into the scrapie isoform (PrPsc) is the central event in the development of prion diseases. Materials and Methods: To get more insight into the molecular basis of the stability of animal prion protein, 10 ns molecular dynamics (MD) and flow molecular dynamics (FMD) simulations of turtle prion protein (tPrPc) and bank vole prion protein (bvPrPc) have been performed in this paper. Results: The dynamics and mechanical properties of the two model proteins have been studied. Conclusion: Various motions of β-sheet appeared in the two proteins, such as twisting, elongation and unfolding. For α-helix, it is more readily to unfold in bvPrPc system. Furthermore, the protective wall staggered with helix is found to be strong enough to stabilize PrPc under the shear flow