[Karadeniz'in Türkiye kıyılarından örneklenen üç mersin balığı türü (A. stellatus, A. gueldenstaedtii ve H. huso)'nün tRNApro-Dloop bölgelerinde heteroplazmi ve boy varyasyonu]

Heteroplasmy and length variation in the tRNApro-DEDE Dloop regions of three sturgeon species (A. stellatus, A. gueldenstaedtii and H. huso) from the Turkish coast of the Black Sea

Özet

Amaç: Karadeniz'in Türkiye sahillerinden örneklenen 3 Mersin balığı türünde (A. stellatus, A. gueldenstaedtii ve H. huso) heteroplazmi ve sıralı tekrar polimorfizminin belirlenmesi.Yöntemler: Üç mersin balığı türünde mtDNA'nın tRNApro ve D-loop segmenti PCR yardımı ile yükseltgenmiş ve nükleotit dizilimleri belirlenmiştir. Her bir tür için, farklı ürün boyuna, tekrar motiflerine ve bölgelerine sahip homoplazmik bireyler tespit edilmiş ve tekrar sayıları ve frekansları hesaplanmıştır. Türkiye sularından mersin balığı örneklerinin hepsinde bulunan mtDNA'daki varyasyon hiyerarşik bileşenlerine paylaştırılmıştır. Ayrıca, tür içi ve türler arası genetik varyasyonun hesaplanmasında diğer araştırmacıların tanımladığı istatistiksel yaklaşımlar kullanılmıştır.Bulgular: Çalışma bulgularına göre, üç mersin balığı türü 82-84 baz çifti içeren tekrar dizilerinin değişen kopya sayılarına atfedilebilecek 2-6 tekrarlı, farklı mtDNA boy türevlerini ortaya çıkarır. Mersin balıklarının %9.9'u 3-5 tekrar türevlerine sahip heteroplazmiktir. En fazla gözlenen tekrar birimi A. gueldenstaedtii örneklerinde %45,8 oranı ile 3 tekrarlı morf olmuştur. Tür içi ortalama genetik farklılık (Kb) A. gueldenstaedtii ve A. stellatus'da H. huso'dan daha yüksektir (0,625, 0,620, ve 0,500, veriliş sırasıyla).Sonuç: Boy varyasyonu ve heteroplazmiden sorumlu olan tekrar bölgesi, D-loop bölgesinin sonuna yakın konumdadır ve kontrol bölgesi tRNApro geninden birkaç nükleotid ile ayrılmaktadır.

Abstract

Objective: To determine tandem repeat polymorphism and heteroplasmy in three sturgeon species (A. stellatus, A. gueldenstaedtii and H. huso) from the Turkish coast of Black Sea.Methods: tRNApro and D-loop segment of mtDNA from three sturgeon species were amplified via PCR and sequenced. For each species, homoplasmic individuals with different product lengths, repeat motifs and regions were determined and the repeat numbers and frequencies were calculated. The variation in mtDNA size present in the overall sample of sturgeon from Turkish waters was apportioned into hierarchical components. Also, the statistical approach described by other researchers was used for the calculation of interspecies and intra-species genetic variation.Results: The results showed that all three species reveal 2-6 copies of different mtDNA length variants attributable to varying copy numbers of an 82-84bp repeat sequences. A total of 9.9% of the sturgeons were heteroplasmic, bearing three to five repeat variants. The highest number of observed repeat units rate was 45.8% in 3 repeats morph in A. gueldenstaedtii. The mean genetic diversity within individuals (Kb) was higher in A. gueldenstaedtii and A. stellatus than in H. huso (0.625, 0.620, and 0.500, respectively).Conclusion: The repeat region, responsible for length variations and heteroplasmy, is located near the end of the D-loop and control region separated by only a few nucleotides from the tRNApro gene.