Dergiler / Türk Biyokimya Dergisi / 2019 / Cilt: 44 - Sayı: 5
Farklı Kalori Kısıtlaması Uygulanmış Meme Kanseri Model Farenin Timusundaki İmmün Sistem İlişkili Genlerin Belirlenmesi
- Sayfa
- 635–645
- DOI
- —
Özet
Öz Amaç: Bu çalışmada, MMTV-TGF-a meme kanseri fare modeli kullanılarak, farklı kalori kısıtlaması (KK) uygulamaları için immün yanıtın moleküler mekanizmalarını açıklamak amacıyla RNA sekanslama aracılıklı transkriptom analizi yapılmıştır.Gereç ve Yöntem: Farelere üç farklı beslenme uygulanmıştır; ad libitum (AL), kronik kalorili kısıtlama (KKK) ve aralıklı kalori kısıtlaması (AKK). Timus dokuları alınarak üç beslenmedeki diferansiyel eksprese olan genlerin toplamda 6091 tane olduğu tanımlanmıştır. Bu genler genler Gen Ontolojisi (GO) kategorileri kullanılarak sınıflandırılmıştır. İmmün sistem proses (GO: 0002376) GO kategorisinde toplam 400 gen tespit edilmiştir. Bu genler için KEGG yolak ve ortak ifade ağ analizi, String veritabanı kullanılarak yapılmıştır. Daha sonra, kantitatif gerçek zamanlı PCR kullanılarak seçilmiş dört immün sistemde görevli geninin (Casp3, Thy1, IL-16 ve CD4) mRNA ekspresyon seviyeleri ölçülmüştür.Sonuç: Üç RNA-seq datasında immün sistemle ilişkili genlerin ekspresyon seviyelerinin farklı olduğu gözlemlenmiştir.Tartışma: Sonuçlar, iki farklı kalori kısıtlaması uygulanan meme kanseri fare modelinin timus dokusunda immün sistem ile ilgili transkripsiyonel profili araştırmak için ve kanser gelişimi sırasında kalori kısıtlamasına yanıt olarak spesifik fonksiyonel immün sistem ilişkili genleri tanımlamamıza yardımcı olacak bilgiler sağlamaktadır.
Abstract
AbstractIntroduction: In the present study, RNA sequencing-mediated transcriptome analysis was performed in order to elucidate the molecular mechanisms of the immune response for different types of calorie restriction (CR) application using MMTV-TGF-α breast cancer mouse model.Methods: Animals were applied to three different dietary regiments; ad libitum (AL), chronic calorie restriction (CCR) and intermittent calorie restriction (ICR). Usingthymus tissues, 6091 differentially expressed genes (DEGs) were identified in three dietary groups. After clustering of total of 6091 DEGs using Gene Ontology (GO) categories, a total of 400 genes were identified to be involved in immune system process (GO:0002376) GO categories. KEGG pathway and gene co-expression network analysis of these immune-related DEGs were done using Stringdatabase. The results were confirmed with measuringmRNA expression levels of four selected immune-related DEGs genes (Casp3, Thy1, IL-16 and CD4) using quantitativereal-time PCR (qPCR).Results: The expression levels of immune-related genes were different in three RNA-seq data.Conclusion: The results provide useful information to investigate the immune-related transcriptional profiling in thymus tissue of breast cancer mouse model applied to twodifferent types of CR and to identify the specific functional immune related genes in response to CR during cancer development.