SKA1’in potansiyel bir kanser biyobelirteci olarak bilgisayımsal değerlendirilmesi

Özet

Amaç: Spindle and kinetochore associated complex subunit 1 (SKA1), kinetochore-microtubule bağlantısının ve zamanlı mitotik ilerlemenin doğru oluşumu için gerekli olan SKA kompleksinin önemli bir bileşenidir. Bu çalışmanın amacı, kanserlerde SKA1’in genomik ve ekspresyon değişikliklerinin ayrıntılı analizlerini yapmak ve SKA1’i insan kanserlerini ve hasta prognozunu tahmin etmek için bir biyobelirteç olarak değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: İnsan kanserlerine ait yanlış anlamlı mutasyonlar çıkarıldı, patojenik yanlış anlamlı mutasyonlar tahmin edildi ve 3D SKA1 proteini üzerinde gösterildi. İnsan kanserlerinde SKA1 ekspresyonu ve bunun hastanın sağkalımı üzerindeki etkisi araştırıldı. Bulgular ve Tartışma: Patojenik olduğu tahmin edilen mutasyonların çoğunun, SKA1’in mikrotübül bağlama bölgesi üzerinde tespit edilmesi bu bölgenin insan kanserlerinde daha önemli olabileceğini gösteriyor olabilir. Çeşitli kanserlerde yüksek SKA1 ekspresyonu tespit edildi. Ek olarak, yüksek SKA1 ekspresyonu olan hastalar, meme, akciğer ve mide kanserlerinde düşük SKA1 ekspresyonu olan hastalara kıyasla düşük genel sağkalım gösterdi. Sonuç: Bu sonuçlar, yüksek SKA1 ekspresyonun çok sayıda kanser için prognostik ve tahmin edici bir biyobelirteç olabileceğini ve çoğunlukla SKA1’in mikrotübül bağlama bölgesindeki mutasyonların SKA1 için patojenik özellikte olabileceğini göstermiştir.

Abstract

Background: Spindle and kinetochore associated complex subunit 1 (SKA1) is an essential component of SKA complex, which is required for the proper formation of kinetochore–microtubule attachment and timely mitotic progression. The aim of this study is to perform detailed analyses of SKA1 genomic and expression alterations in cancers and to assess SKA1 as a biomarker for predicting human cancers and patient prognosis. Materials and methods: Missense mutations from human cancers were extracted, deleterious missense mutations were predicted and shown on 3D SKA1 protein. SKA1 expression and the effect of SKA1 expression on patient survival were investigated in human cancers. Results and discussion: Most of the predicted deleterious mutations were detected on microtubule-binding domain of SKA1, suggesting mutations on microtubule-binding domain might be more relevant in human cancers. High SKA1 expression was detected in various cancers. In addition, patients with high SKA1 expression showed poor overall survival compared to patients with low SKA1 expression in breast, lung and gastric cancers. Conclusion: These results suggest that high SKA1 expression might be a prognostic and predictive biomarker for several cancers and mainly mutations in the microtubule-binding domain of SKA1 might have a deleterious effect for SKA1.