Dergiler / Türk Biyokimya Dergisi / 2020 / Cilt: 45 - Sayı: 2
G6PC gen ailesinin sazan, Cyprinus carpio,balığındaki filogenisin ve ekspresyonunun analizi
- Sayfa
- 91–98
- DOI
- —
Özet
Amaç: Glikoz 6-fosfatazın (G6Pase) katalitik alt birimi (G6PC), glikoz 6-fosfat (G6P)’ı inorganik fosfat ve glukoza katalize ederek endojen enerji kaynağında kritik bir rol oynar. Buradaki G6PC gen ailesi, sazanlarda (Cyprinus carpio) araştırılmış ve karakterize edilmiştir. Yöntemler: Dizileme ve filogenetik analiz MEGA5 kullanılarak yapılmıştır. HMM profilleri, motif yapısı sırasıyla Pfam ve MEME kullanılarak analiz edilmiştir. Ekspresyon profillerini test etmek için kantitatif gerçek zamanlı PCR kullanılmıştır. Bulgular: Sazanların tüm genom dizisinde G6PC ailesinin dört varsayım üyesi, sırasıyla g6pca ve g6pcb alt tipleri olarak sınıflandırılan cg6pca.1, cg6pca.2a, cg6pca.2b ve cg6pcb olarak tanımlanmaktadır. Evrimsel analizler, cg6pca.2a ve cg6pca.2b’nin daha evrimsel bir ilişkiye sahip olduğunu ve aynı alt tipteki üyelerin farklı türler arasında daha yüksek homolojiye sahip olduğunu ortaya çıkarmıştır. Dört gende klasik bir PAP2-glukoz fosfat bölgesi bulunur ve bu yüksek oranda korunmuştur. Ekspresyon paternleri, hem cg6pca.2a’nın hem açlık hem de soğuk tedavisinden 12 ve 24 saat sonra anlamlı derecede yükseldiğini ortaya koymuştur (p
Abstract
Objective: The Glucose 6-phosphatase (G6Pase) catalytic subunit (G6PC) catalyzes glucose 6-phosphate (G6P) to inorganic phosphate and glucose, playing a critical role in endogenous energy supply. Here, the G6PC gene family was investigated and characterized in common carp (Cyprinus carpio). Methods: Sequence alignment and phylogenetic analysis were performed using MEGA5. The HMM profiles, motif structure were analyzed using Pfam and MEME, respectively. Quantitative real-time PCR was used to test the expression profiles. Results: Four assumptive members of G6PC family in common carp whole-genome sequence were identified as cg6pca.1, cg6pca.2a, cg6pca.2b and cg6pcb which were classified into g6pca and g6pcb subtypes, respectively. Evolutionary analysis revealed that cg6pca.2a and cg6pca.2b have a closer evolutionary relationship, and the same subtype members have higher homology among different species. A classical PAP2-glucose phosphates domain is found in four genes and were highly conserved. The expression patterns revealed that only cg6pca.2a elevated significantly after 12 and 24 h of both starvation and cold treatment (p