Dergiler / Türk Biyokimya Dergisi / 2009 / Cilt: 34 - Sayı: 4
HPGD ve SMAD3 genlerindeki nükleotid değişimlerinin kanser ve dijital çomak parmaklılık ile ilişkisi
- Sayfa
- 226–233
- DOI
- —
Özet
Amaç: Otozomal resesif kalıtımlı izole konjenital çomak parmaklılıktan sorumlu tutulan tekgen olan HPGD, prostaglandin metabolizmasının düzenlenmesinde rol oynayan bir enzimkodlamaktadır. Smad ailesi üyesi olan SMAD3, üzerindeki değişikliklerin çeşitli kanserlerdegörülmesi nedeniyle muhtemel tümör baskılayıcı genler arasında gösterilmektedir. Bu çalışmada, dijital çomak parmaklılık ve kanser görülen yedi kuşaklı bir ailede HPGD ve SMAD3gen mutasyonlarının araştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler: Çalışma grubu, dijital çomak parmaklılığın ve birçok farklı kanser türünün görüldüğü 7 kuşaklı bir aile ile sağlıklı kontrol bireylerden oluşmaktadır. HPGD ve SMAD3genleri nükleotid değişimleri açısından DNA dizi analizi yöntemiyle değerlendirilmiştir. Ailede belirlenen SMAD3 tek nükleotid polimorfizmlerinin biyokimyasal karakterizasyonu dayapılmıştır. Bulgular: DNA dizi analizi neticesinde HPGD geninde, ailede hastalık fenotipini ortayaçıkarabilecek herhangi bir fonksiyonel dizi varyantı belirlenmemiştir. Fakat bu çalışma- da, SMAD3 geninde ilk kez c.1278G>A tek nükleotid polimorfizmi ve daha önce tanımlanmış olan IVS2+59C>G, c.309A>G ve c.508A>G polimorfizmleri tespit edilmiştir. Kodon170’deki tek nükleotid polimorfizmine (c.508A>G) ait genotip ve allel frekansları hasta vekontrol grubu arasında değerlendirildiğinde anlamlı bir farklılık bulunmuştur. Fakat bu polimorfizmin aile içerisinde etkilenmiş bireylerin yanı sıra sağlıklı bireylerde de görüldüğü tespit edilmiştir. Biyokimyasal araştırmalar sonucunda, bu polimorfizmler ile dijital çomak parmaklılık arasında bir ilişki bulunamamıştır. Sonuç: Elde edilen sonuçlar, açıklanamayan dijital çomak parmaklılık ve kanser patogenezinde HPGD ve SMAD3 genlerinin bu aile için etkin rol oynamadığını göstermektedir.
Abstract
Objectives: HPGD encoding an enzyme that plays an important role on regulation of prostaglandin metabolism is the only gene underlines autosomal recessive isolated congenital nailclubbing. SMAD3 gene is a member of Smad family, are possibly tumor suppressor genesbecause alterations of these genes occurred in various carcinomas. The aim of this study wasexamined HPGD and SMAD3 mutations in seven-generation family with digital clubbingand cancer. Methods: The study group consisted of a seven-generation family with clinical features ofdigital clubbing and different types of cancer, and healthy controls. The family members andcontrol group were evaluated for HPDG and SMAD3 gene mutations by DNA sequencingmethod. The present study also focused on biochemical characterization of SMAD3 singlenucleotide polymorphisms in the family.Results: DNA sequencing analysis of the HPGD gene identified no functional sequencevariant causing disease-phenotype in the family. But in this study, a novel single nucleotidepolymorphism c.1278G>A and three previously described polymorphisms IVS2+59C>G,c.309A>G, c.508A>G were identified in SMAD3 gene. Only A/G transition in codon 170 wasfound significant but this polymorphism was segregated with the affected and unaffectedmembers of the family. Biochemical examination did not show statistically significant correlation between SMAD3 polymorphisms and digital clubbing.Conclusion: These findings suggest that the HPGD and SMAD3 genes may not play an important role in the pathogenesis of unexplained digital clubbing and cancer in this family.