Farklı Metotlar Kullanılarak Elde Edilen Aynı Miktar Bakteriyel DNA’lar Arasındaki Konsantrasyon Farklılıklarının Belirlenmesi

Determination of Concentration Differences Between Bacterial DNAs Obtained by Using Different Methods

Özet

Bu çalışmada kültüre alınmış olan L. garvieae izolatları Triptic Soy Agar (TSA) ve miktarı (20ml) ile aynı çevresel şartlarda (7,4pH, 21oC, 24 saat) inkübe edilmiştir. İzolatların identifikasyonları Real-Time PCR ile 16S rRNA gen bölgesine spesifik primer assay ile teyitedilmiştir. 24 saatlik inkübasyon periyodunun ardından 10ml’lik Triptic Soy Broth (TSB) besiyerinde gelişen izolatlar 600 nm dalga boyunda1.0 Optik Dansite (OD)’ye eşitlenmiştir. Farklı gruplardan DNA izolasyonları; sıvı besiyerinde kaynatma, katı besiyerinde (Eşit OD) kaynatma,2 farklı ticari kit kullanılarak manuel izolasyon ve otomatik izolasyon robotu olmak üzere toplam 5 farklı metotla gerçekleştirilmiştir. İzoleedilen DNA’ların ve gerçekleştirilen Real-Time PZR işleminin ardından izolasyon robotu ile elde edilen sonuçlarda DNA kalitesinin en iyiolduğu, bunu takiben ticari kitler, sıvı besiyeri izolasyonu ve katı besiyeri izolasyonları olduğu görülmüştür. Real-Time PZR grafiğinde, çalışmagrupları arasındaki tekerrürler içerisinde en büyük sapma sıvı besiyeri izolasyonu ve ticari kit izolasyonunda gözlenmiştir.

Abstract

In this study, cultured L. garvieae isolates were incubated with Triptych soy agar (TSA) and amount (20ml) under the same environmental conditions (7.4 pH, 21oC, 24 hours). Identifications of the isolates were confirmed by Real-Time PCR and 16S rRNA gene region specific primer assay. After a 24 hour incubation period, the isolates produced in 10 ml Triptych soy broth (TSB) were adjusted to 1.0 optical density (OD) density at 600 nm wavelength. Total DNAs were made by boiling in liquid media, boiling in solid medium (equal OD), manual isolation using 2 different commercial kits and automatic isolation robot. Following the Real-Time PCR with the DNAs obtained, the results obtained with the isolation robot were the best in DNA quality, followed by commercial kits, liquid medium isolation and solid medium isolation. In the Real-Time PCR graph, the largest deviation between the working groups was seen in the isolation of the liquid medium and the isolation of the commercial kit.