Hastalık Semptomları Gösteren Gökkuşağı Alabalıklarından İzole Edilen Chryseobacterium piscicola İzolatlarının Fenotipik, Filogenetik Karakterizasyonu ve Antimikrobiyal Duyarlılıklarının Belirlenmesi

Phenotypic, Phylogenetic Characterization and Antimicrobial Susceptibility Determination of Chryseobacterium piscicola Isolates Recovered from Diseased Rainbow Trout

Özet

Çalışmamızda iştahsızlık, ekzoftalmus, renkte kararma ve sırt yüzgeci erozyonu bulgularını gösteren 1-4 gram ağırlıkları arasında gökkuşağı alabalıklarından izole edilen oniki adet Chryseobacterium piscicola izolat kullanılmıştır. Konvansiyonel mikrobiyolojik testlerin yanısıra Biolog GENIII mikroplate kullanılarak geniş kapsamlı fenotipik karakterizasyon yapılmıştır. 16S rRNA bölgesi kullanılarak moleküler identifikasyon ve karakterizasyon yapılmıştır. Çalışmada kullanılan izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. 16S rRNA bölgesine dayalı dizi analizi ile yapılan moleküler identifikasyonda izolatlarımız %99 oranında C. piscicola olarak tanımlanmıştır. İzolatlarımız ile Amerika, Şili ve Finlandiya’daki üç farklı konakçıdan elde edilen izolatlarla yapılan filogenetik analizde, beş farklı genogrup yüksek benzerlik oranı ile belirlenmiştir..Finlandiya, Şili ve ABD'den izole edilen izolatlar ve C-316 (Türkiye) izolatı aynı genogrupta bulunmuştur. 16S rRNA bölgesi ile oluşturulan filogenetik analizin bakterinin izole edildiği konakçı ayrımının yapamadığı görülmüştür. Filogenetik analize göre seçilen altı temsili izolatın fenotipik özellikleri Biolog GENIII mikroplakası ile belirlenmiştir. Temsili izolatların Biolog GENIII sonuçlarına göre, 94 testin 40'ının sonuçlarının değişken olduğu bulunmuştur. Bu sonuçla, C. piscicola izolatlarının fenotipik olarak homojen bir yapıda olmadığı görülmüştür. Ayrıca çalışmamızda izolatlarımızın florfenikol, enrofloksasin ve sülfametoksazol/trimetoprime karşı oluşan zon çaplarının diğerlerine göre daha yüksek olduğu ve C-41’in en dirençli izolat olduğu bulunmuştur.

Abstract

Twelve Chryseobacterium piscicola isolates recovered from rainbow trout weighing1-4 grams showing signs of anorexia, exophthalmos, darkening, and dorsal fin erosion were usedin our study. In addition to conventional microbiological tests, comprehensive phenotypiccharacterization has been performed using the Biolog GENIII microplate. Molecularidentification and characterization were performed using the 16S rRNA region. Antimicrobialsusceptibilities of the isolates were determined using the Kirby-Bauer disk diffusion method. Ourisolates were identified as C. piscicola in molecular identification performed by sequence analysisbased on the 16S rRNA region. In a phylogenetic analysis of our isolates, obtained from threedifferent hosts in America, Chile, and Finland, five genogroups were determined with highsimilarity rate. Isolates from Finland, Chile, the United States, and Turkey (only C-316) werefound in the same genogroup. It was determined that the phylogenetic analysis created with the16S rRNA region could not distinguish the host from which the bacteria was isolated. Thephenotypic characterization of six representative isolates selected according to phylogeneticanalysis was determined with the Biolog GENIII microplate. Based on the Biolog GENIII resultsof the representative isolates, the results of 40 out of 94 tests were found to be variable. With thisresult, it was found that C. piscicola isolates were not phenotypically homogeneous. Besides, itwas found that the zone diameters of our isolates against florfenicol, enrofloxacin, andsulfamethoxazole/trimethoprim were higher than the other isolates, in addition to that C-41 wasthe most resistant isolate.