Dergiler / JOURNAL OF ANATOLIAN ENVIRONMENTAL AND ANIMAL SCIENCES / 2020 / Cilt: 5 - Sayı: 3
Türkiye’deki Fırat nehri drenajından Oxynoemachelius (Teleostei: Nemacheilidae) türlerinin COI-barkod bölgesine dayalı genetik tanımlaması ve filogenetik ilişkileri
- Sayfa
- 408–418
- DOI
- —
Özet
Bu çalışmada, DNA barkodlama tekniği ile Türkiye’nin Fırat nehir havzasındakiOxynoemacheilus türlerini güvenilir bir şekilde tanımlama yeteneği araştırılmıştır.Oxynoemacheilus genusunu temsilen 6 türe ait 167 bireyi barkodlamak için mitokondri sitokromc oksidaz altünite I' in (COI) barkod bölgesi (627 bp) kullanıldı. Kimura 2 parametresine dayalıolarak (K2P), maksimum tür içi ve minimum türlerarası genetik mesafeleri sırasıyla % 0,59 ve %1,62‘dır. En yakın komşu türler arası mesafeler, ortalama tür içi mesafeden 7 kat daha yüksektirve belirgin bir DNA barkod aralığı fark edilmiştir. Filogeni tabanlı DNA barkodlama başarısıtestine göre komşu-birleştirme fenogramları K2P modeli kullanılarak 1000 seç-bağlareplikasyonu ile üretildi ve örneklerin tümünün türlerin taksonomik durumları ile uyumlu olarakkümelendiği belirlenmiştir. MP ve ML filogenileri, Doğu ve Batı Anadolu gruplarına karşılıkgelen iki klad içeren bir ortak ağaç topolojisi gösterdi. Bu çalışmanın sonuçları, COI genininyaklaşık % 81 başarı oranıyla Oxynoemacheilus türlerinin belirlenmesi ve sınırlandırılması içinuygun bir DNA barkod belirleyicisi olabileceğini göstermektedir.
Abstract
The present study investigated the ability of DNA barcoding to reliably identify Oxynoemacheilus species in Euphrates River basin of Turkey, known as biodiversity hotspots. The barcode region (627 bp) of the mitochondrial cytochrome c oxidase I (COI) were used to barcode 167 individuals belonging to six Oxynoemacheilus species. Based on Kimura two-parameter (K2P), the intraspecific diversity and minimum interspecific genetic distance were 0.59% and 1.62% respectively. Nearest neighbor distance was 7-fold higher than maximum intra-specific distance on average and a distinct DNA barcoding gap was observed. According to the phylogeny-based succes test neighbour-joining phenograms were generated with 1000 bootstrap replications using the K2P model and all the specimens clustered in concurrence with the taxonomic status of the species. The MP and ML phylogenies indicated a consensus tree topology containing two clades corresponding to the geographical origins: Western and Eastern Anatolia groups. The results of present study indicated that the COI gene could be a suitable DNA barcode marker for the Oxynoemacheilus species identification and delimitation with approximately 81% success rate.